一 营级单位
1949年10月，部队整编进疆执行屯垦戍边任务，继续保持着军队组织形式，团以下行政机构，设营、连两级建制单位。1950年，四十七团设一、二、三营、卫生队（营级）。1952年1月6日，中国人民解放军六军十六师四十七团下达部队整编的命令，“大团改小团”紧缩机关，充实连队。团机关保持下辖司令部、后勤处、卫生队编制，撤销营的建制，4月3日又恢复三个营的建制，其各营领导人，详1953年2月18日部队整编，全团设两个营，一营下辖三个连，二营下辖四个连建制。1954年2月4日，撤销营的建制。
二 连级单位
连级机构经历了从战斗到生产的演变。1949年10月，四十七团整编为3个营，每个营编制4个连，计12个连，加上团直6个连队，共计18个连队。1953年2月18日，部队整编为一至七连、运输队，团部成立托儿所。1954年2月4日，增设了合作社、试验场、鞋厂。1955年1月成立水管所。1956年2月，撤销运输队合编给养畜队，成立新四连，并根据农五师指示精神，撤销排的建制，建立拖拉机队、林业队、工作队。
1957年3月6日，水管所行政属红星二分场水管所管理，但业务仍由红星总场基建科领导。同时成立二分场干部队，并将原十三团支援铁路的工作队，调吐鲁番三分场。1959年1月22日，撤销奶牛场、养兔队，合并干部队，为九连。1959年6月7日，将化工一、二、三连改名为工业一、二、三队；撤销联合加工厂，成立石灰厂、鸡鸭场。1960年2月，成立作业站，下设三个作业队（8月撤销）。8月将一队改为园艺队，将工一队、工三队合并为加工副业队，工二队改为采矿队；12月成立林业队。1964年，成立由七连管辖的业余演出队（1970年演出队为独立建制。1984年演出队撤销）。1965年在哈密成立砖队，成立民兵连为十连。1966年撤销砖队。1977年卫生队改为职工医院。1980年成立啤酒花连，1985年撤销。1984年5月，成立脱水菜厂。
至2001年，农业连队有一、二、三、四、五、六、七、九、十、十一、十二连，还有科技推广中心、园林场（下辖园艺一、二、三连、青年民兵连）、机耕一队、机耕二队、水管所、供电所、粮棉加工厂、砖厂、建安五分公司、学校、医院、物业管理中心、新东食品厂等基层单位。