（一）政府机构改革
1.政府机构存在的问题
（1）政府部门职能分工尚不合理
董方军等认为，我国政府部门职能分工的状况仍不适应经济社会发展和市场经济体制的需要。一是政府职能转变还没有完全到位，过多地涉足微观经济领域，淡化了政府的社会管理和公共服务职能。二是政府部门之间的职能交叉、政出多门、权责不清现象十分突出。三是政府部门设置过多。四是决策、执行、监督职能配置不够科学，政府机构设置仍需要进一步调整和优化。五是一些政府部门出现利益集团化和非公共机构化倾向，导致所谓“权力部门化，部门利益化，利益集团化、政策化甚至法律化”。
（2）反公共地悲剧
应千伟等认为，由于中国是处于转轨时期的发展中国家，计划经济遗留下来的审批程序纷繁复杂，虽然有些必要的审批可以在减少企业项目负外部效应（如环境污染）等方面起到正面作用，属于社会公共选择，但很多审批程序并非目前社会和市场经济发展的内生选择，而是计划经济遗留下来的“过度干预”或者是官僚机构利用权力“设槛收费”。即使一个普通项目的审批，往往也有多个机构同时拥有独立否决权，形成“多头管理”的局面。这种“多头管理”的审批制度容易导致经济有效的投资项目被否决，造成反公共地悲剧，并促使行贿受贿成为企业和机构利益一致、减少净效率损失的社会次优选择。
（3）行政资源管理粗放
建设节约型政府的财政政策研究课题组认为，我国政府的行政资源存在诸多问题：一是行政运行成本总体偏高，行政管理费占财政支出的比重自改革开放以来总体呈上升趋势；二是行政资源在地区间、部门间和政府级次间分配不均衡；三是行政单位国有资产管理缺位，流失严重；四是我国行政经费管理中，一方面存在经费保障不足的问题，另一方面也存在铺张浪费现象。
（4）国资委的职能和定位问题
张文魁认为，当前我国的国有资产管理体制在实践中仍存在一些问题：一是国资委离集中行使出资人职能仍然有相当的距离。组织部门仍然保持大型重要国有企业领导人的任免权，国资委无法成为集中行使国有资产出资人权利的机构。二是国资委仍未摆脱行政职能。党政系统常常把国资委当作国有企业的归口管理部门，国资委还承担了一些由政府交办的与出资人职能没有直接关系的事项。第三，上下级国资委之间的关系仍然不够清晰。上级国资委承担着对下级国有资本有关事项进行指导与监督的职责，这些工作是与出资人职能无关的“国资监管”工作。四是未由国资委履行出资人职能的国有工商企业也不少，对这部分资产该如何管理是一个不容回避的问题。五是国资委与所出资企业之间的关系未理顺，国资委仍然受到出资企业的质疑。六是国资委所管理资产的覆盖范围和经营属性日益复杂，给国资委的出资人职责带来很大挑战。
2.深化政府改革的对策建议
（1）着力构建公共服务型政府
孙立等认为，应转变政府职能，由投资型政府变为服务型政府，促进经济持续增长。把用于教育、科学研究和其他社会发展需要的支出占总支出的比重提高到与我国和谐社会建设目标相匹配的水平，以改善公共支出的再分配效率；减少不必要的行政管理支出，提高公共基础设施的投资效率，以更好地控制公共支出在这些领域的增长。同时，应根据社会公共需要，在转变政府职能和界定政府事权的基础上，确定财政支出的职能范围。
（2）进行大部制改革
高洁等认为，避免政府部门平行管理造成反公地悲剧，要进行大部制改革。所谓大部制改革，就是在政府的部门设置中，将那些职能相近、业务相似的多个政府部门精简合并为一个大部门，从而解决政府职能交叉、政出多门、多头管理的问题。推进大部制改革必须注意把握三个关键问题：一是按照“决策、执行、监督”三权分立推进大部制改革。这种分立不能像现在很多中国学者在讨论时狭隘地理解为在政府内部决策、执行和监督三权分立，而是指在人大—政府—司法等部门之间建立起制衡关系。二是政府的行政、执法必须同部门利益脱钩。政府的行政、执法成本与费用应全额由财政负担，各种行政处罚收入直接进国库，完全与政府部门的办公、工资、福利等利益无关。三是循序渐进地推进大部制改革。大部制改革实际上是对政府部门职能的一次重新认识和定位，而这要有一个过程。因此首先应选择从那些职能交叉突出、涉及服务对象广泛、外部呼声较大的部门开始，通过积累经验再逐步扩大。767董方军等认为，大部制改革应纳入政治体制改革方案中。行政管理体制是连接经济体制、政治体制和社会管理体制的中介点，要求经济、政治和社会管理体制的改革同步推进，改革方案必须重视整体设计，避免“孤军深入”，其中最重要的是必须稳妥推进政治体制改革，尤其是干部选拔制度的改革。
（3）建设节约型政府
《建设节约型政府的财政政策研究》课题组认为，节约型政府是指以科学发展观和节约型社会理论为指导，以政府职能的明确界定和公共权力的科学配置为基础，按照规模适当、结构优化、运转高效、成本低廉原则建立的政府。建设节约型政府，应充分发挥财政政策的作用：一是完善预算分配方法，强化预算约束。二是创新支出管理方法，降低行政运行成本。三是加强行政单位国有资产管理，提高资产利用效率。四是完善行政支出绩效评价体系，推动绩效行政管理工作的开展。
（4）进一步改革国有资产管理体制
张文魁指出，应按以下思路改革国有资产管理体制：一是国务院国资委应明确地定位为“企业的出资人”，地方国资委如何定位要允许探索，有些地市取消国资委也无妨，总之需要一种更具弹性的国资委体系。二是国资委应使其拥有完整的出资人权力，最关键的是要将组织部门掌握的对一些重要国有企业负责人的任免权交给国资委。三是国资委并不是纯粹的民事法人，也不是行政法人，而是特殊法定机构，要在现有的相关法律法规中，把特殊法定机构纳入其中。四是国资委直接履行出资人职责的国有企业应加紧进行股份制改造，如此才能理顺国资委与企业之间的关系。五是要研究国资委本身的治理结构，如何对其进行评价、约束与激励。六是严格界定上下级国资委的职权。七是研究如何对未纳入国资委管理范围的国有企业和国有资产的管理。
（二）地方政府存在的问题及其改革
1.地方政府规模膨胀
袁飞等认为，在地方日益依靠转移支付和预算外收入的同时，地方财政供养人员比重却表现出较快增长。就县乡基层政府来看，即使在发达地区也出现了“预算内搞吃饭，预算外搞建设”的情况，而欠发达地区则是“本地税收和相当部分转移支付搞吃饭，部分转移支付搞建设”。整体来看，预算内财政在很大程度上成了“吃饭”财政。部分原因是：在我国目前的政府管理体制下，上级政府面临着无论增加哪种转移支付都可能带来问题的两难处境。近年来政府开始明显增加更具有规则性、按公式计算并分配的一般性转移支付。但由于地方在一般性转移支付的使用上具有较大自主性，地方政府就很容易把上级转移支付用于“吃饭财政”和人头费开支。而财政上更加分权和行政管理上更有基层参与性的体制将不仅有利于控制政府冗员的增长，也将促进公共服务的有效提供。
杨灿明等人通过检验政府规模与外部风险、贸易开放之间的关系，发现外部风险与全国各地区，以及东部和中部地区的政府规模之间的关系在1%水平下显著为正，且由于不同地区经济发展存在较大差异，外部风险对各地区的影响程度不一致，政府通过社会保障和社会福利支出对人们“风险厌恶”的补偿程度也不尽相同，从而使各地区的政府规模也表现出一定的差异。最后结论是，在当前我国更为开放的市场经济中，由于贸易开放程度不断提高，各地区所面临的外部风险也在不断提高，地方政府为了抵御外部风险，必须把一部分经济资源配置到政府部门，用于增加在社会保障和社会福利等方面的支出，从而导致了地方政府规模的扩大。
2.“软化”环境中的机会主义倾向
欧阳日辉认为，地方政府存在利用渐进式改革过程中形成的“软化”制度环境的机会主义倾向。在渐进式改革过程中，由于缺乏足够的创新知识，中央政府通常要借助地方政府进行制度创新“试验”，以便对其加以事后的追认或制止。中央政府在预留给地方政府制度创新空间的同时，客观上也留下了“模糊产权”、“残缺产权”和“预算软约束”的不规范制度环境。地方政府迫于财政压力、辖区间竞争、政绩显示和其他职能的压力，滥用“模糊产权”和“预算软约束”的制度真空，攫取制度模糊租金。具体表现为攫取现行制度安排中存在产权界定模糊（土地征用）的“公地”资源；在合法的融资渠道不畅的情况下，热衷于攫取国有银行“金融租金”，进行大量变通方式的隐性融资，并积累了巨额债务。解决这些问题，必须“硬化”相关制度约束：一是改变地方政府追求自身利益垄断租金最大化倾向的有效途径，减少地方政府的自由裁量空间，建立产权清晰、硬预算约束的制度环境。二是通过“硬化”产权制度环境实现我国制度变迁由“自上而下”的强制性制度变迁向“自下而上”的诱致性制度变迁。三是明确界定“公共利益”和土地产权，建立和完善土地征用制度。四是完善我国的政府预算制度及相关配套制度，“硬化”政府预算制度。
（三）中央与地方政府间关系
张永生认为，在我国，由于上级政府既控制下级政府的人事任免，也控制地方的财政收入，就会出现上级政府侵犯地方政府利益的情况，即将支出责任尽量推给下级政府，而尽量保留财权，从而导致基层政府出现事权过大，财权不足。其结果是：第一，基层政府服务不足。目前，中国基层财政困难是一个普遍存在的问题，很多地方政府的财政只能满足“吃饭财政”，即发放工资和维持基本的运转，根本无力提供更好的政府公共服务。第二，地方政府向市场寻租。由于上、下级政府间缺乏有效的制衡，上级政府对下级政府的机会主义行为就会导致下级政府财政困难，而在缺乏有效的横向权力制衡的情况下，下级政府就会有动力和压力去向市场寻租。第三，变相举债。现有的基层政府为了缓解经费压力、追求高GDP增长和政绩工程，往往以各种形式变相举债。解决中国基层政府事权与财权不匹配的改革方向，主要不是大幅增强地方的税收权，而是要通过改革地方人事制度，以在上下级政府之间建立起有效的相互制衡关系，并在此基础上完善财政转移支付制度。
周波认为，解决分权体制下我国现行政府间事权财权划分中的问题，必须构建和完善我国政府间事权财权划分的法治化体系：一是在宪法中增加关于我国政府间事权财权划分，确定我国政府间事权财权划分的宪法基础，逐步使中央政府与地方政府的经济、行政和立法方面的职责权限、财政支出责任及其财权由宪法明确规定和原则上的具体划分。二是制定《中央与地方关系法》。在法治基础上形成新型的权利义务关系，不断以法律形式将改革形成的中央与地方政府各自的权力范围、权力运作方式、利益配置结构等明确下来，形成中央与地方政府之间法定的权力利益关系，从而将政府间关系纳入到法制化轨道。三是制定中央和地方政府财政收入权划分的法律。包括：在《税收基本法》中考虑与政府间事权财权划分相适应的内容，规范中央和地方政府的税收收入，适度增加地方政府的税权；建议制定《政府间转移支付法》，以法律形式规范政府间的财力转移。四是完善《预算法》，调整地方政府税权、费权与债权。细化政府预算收入内容；实行规范和细化中央和地方政府财政收支的部门预算；增强地方财权的约束与制衡力量。
（四）关于腐败问题的探讨
王一江等认为，非制度性的运动无法从根本上抑制腐败，没有民主透明的运作过程和严格的监督、法制机制，腐败难以根除。实证研究发现，提高官员受教育水平、对高层领导加以监督、对正职的权力适当分散、对一些重点部门如交通部门加强管理，会对降低腐败水平有帮助。因此，越往高级、控制资源更多的官员应该受到更多监督，而正副职的差别明显，反映了我国部分县级、市级最高领导管理了该地大部分寻租能力较强事务的现实，应该适当分散其权力和使其受更多监督。在教育、年龄等问题上，如何使《党政领导干部选拔任用工作暂行条例》等有利于防止腐败的法律法规更好的落实，是一个切实的问题。
逯进认为，当前我国行政管理体制中存在激励扭曲和代理扭曲，同时，代理人——地方政府官员的权力边界也较为模糊，从而刺激了部分官员的设租、寻租动机，并诱发了权力腐败，进而降低了资源的配置效率。从宏观层面来看，这也反映出我国现行行政管理体制尚不完善，垂直和平行两方面的监督功能无法充分发挥作用。今后推进政治体制改革，应重点明确界定不同行政主体的权力边界及公平分配不同阶层的利益，从而在尽可能满足效率与公平并举的前提下，建立行之有效的政府治理结构，为深化经济体制改革、有效遏制官员权力腐败提供制度保障。
吴一平采用分省数据实证检验了财政分权与腐败之间的关系，认为财政分权与腐败之间存在着显著的正相关关系，即财政分权恶化了中国腐败问题；政府规模与腐败之间存在显著的负相关关系；地方政府预算外收入份额与腐败之间存在显著的正相关关系；随着公务员相对工资水平的提高，腐败问题将会得到缓解，这说明了“高薪养廉”政策在反腐败中的重要作用。依据分析提出的政策建议：一是逐步完善财政分权体制。目前财政分权最大的缺陷在于，财政只侧重于对收入的划分，而对支出责任的划分则不明确。中国财政改革的思路在于中央将收入集中，同时将支出留给地方政府，导致了预算外资金的大幅度增长，产生了大量腐败问题。二加强相关制度的供给。中国的财政体制改革是在制度供给失衡的前提下进行的，这个失衡表现在三个方面，即财政分权没有法律保障、财政分权和行政垂直集权矛盾以及分权制度安排本身不规范。不规范的财政分权产生了负面影响，对今后中国长期经济发展都是不利的。可以通过管理制度的完善来抑制腐败，管理制度包括工资结构和下级官员的监督制度等。