托马斯·乔纳森·杰克逊在极其无奈的情况下，选择了免费的西点军校作为自己进入军界的跳板。因为杰克逊没有受过良好教育，入学笔试表现不佳，但在随后的面试中让战争部长印象深刻，从而顺利入学。
入学那天，粗手粗脚的杰克逊一身土布衣衫不说，还到处显示着古怪的举止，让人一看他20岁的年龄就好像有40岁了，一个地地道道的乡巴佬。一些老学员以为终于找到一个理想的欺负愚弄对象，可他们算盘打错了！这个1824年1月21日生于弗吉尼亚克拉克堡（今天属于西弗吉尼亚州）的苏格兰移民虽然外表温和，可性格却十分坚毅，勇气过人，以至于让他们迅速的改变了方向：让杰克逊当老大。这对2岁丧父7岁丧母，又被叔父养育的体型清瘦，完全靠毅力自学成才的杰克逊来说，真是天大的荣幸。值得一说的是，他的很多同班同学，像是斯通曼、麦克莱伦、吉本等人，将在后来的南北战争中统率联邦军队和他兵戎相见。
毕业后，杰克逊上尉以炮兵的身份参与了美墨战争。一次战斗中，他拒绝执行上级的撤退命令，并向指挥官阐述了他拒绝撤退的理由。最后的结果证明杰克逊的判断是正确的，他的抗命行为不仅没有受到惩罚，还得到指挥官的晋升推荐。在墨西哥，杰克逊结识了罗伯特·爱德华·李中校，开始了他们长达15年的友谊。战后，他又被指派到号称“南方的西点”的弗吉尼亚军事学院担任教官，负责教授自然和经验哲学。内战期间，该军事学院为南方输送了大批军训教官。
在别人眼里，杰克逊只是军事学院一个十分敬业的教书匠，虽然其才华得到公认，他本人却并不受学生欢迎。除了身边最亲近的人，大概没有人可以在他身上看到名将的一丝影子。1857年，杰克逊在瞻仰英军统帅沃尔夫将军的纪念碑时，大声诵读沃尔夫的遗言“我死而无憾”，情绪激动难以自制，挥舞着双手感叹道：“能像他这样死得其所，谁还会有遗憾呢！”没有任何人——甚至他自己都不知道在几年以后他将会得偿所愿，获得比沃尔夫将军更不朽的名誉。
1860年11月，亚伯拉罕·林肯当选为美国第16任总统，他是美国历史上最受欢迎的总统之一。当时，美国北方的工业资本家与南方的种植园主早已发展到了水火不相容的境地。在林肯之前，美国就有11位总统是南方的种植园主捧上台的，遇有南北之间发生摩擦，这些总统在解决矛盾时难免会偏袒于南方。在南方种植园主看来，林肯当总统将是北方资本家进行反攻的开始，为了维持以奴隶为基础的种植园，他们便采取各种各样对抗林肯的策略。1861年4月，南方佐治亚、南卡罗来那、佛罗里达、密西西比、亚拉巴马、路易斯安那和得克萨斯7州先后宣布脱离林肯的联邦政府，独自成立邦联政府。之后，阿肯色、维吉尼亚、田纳西等州也相继响应。几天后，林肯总统下令对南方各州进行经济封锁，南北战争正式拉开序幕。
1861年4月17日，十分敬业的杰克逊被罗伯特·爱德华·李一眼看中，派往连接北方的重要渡口——亨利渡口，负责指挥防务。几天后，杰克逊被授予邦联军队上校军衔，并出任维吉尼亚第1步兵旅旅长。同年7月，又被晋升为准将，参加第一次纳尔萨斯会战。
在这次会战中，北方军队在军乐声中排着整齐的队形，向里士满进军。由于北方军事先大张声势，华盛顿许多市民、记者、国会议员等好像过节一样身着盛装，携妻带子，前来战地看热闹。南方军也不示弱，他们在纳尔萨斯调兵遣将列阵相迎。在一片呐喊助威声中，北方军队对南军展开了进攻，就在一瞬间，猛烈的炮火密集地射向南军阵地。炮轰之后，北军便向布尔河对岸展开进攻。有着丰富作战经验的南军指挥官杰克逊沉着应战，连续击退了北军5次冲锋。因为南北双方军服的颜色差不多，敌我不分的战场一片混乱。迅速赶到的南军援军也发起英勇的反攻。强劲的北军想不到会遭受这样的抵抗，丢下大批枪支弹药溃退下去。北军这一仗损兵折将，南军损失却很少。毕将军说：“杰克逊像石墙一样屹立在那里”，使杰克逊获得“石墙”的美称，而第1步兵旅也从此被称为“石墙旅”。
杰克逊作战十分注重保密，他的战斗计划连身边的将领都不知道。杰克逊常说：“假如我能蒙蔽我的朋友，那么一定可以蒙蔽我的敌人。”他还经常引用腓特烈大帝的一句名言：“倘若我怀疑我的大衣知道了我的作战计划，我一定会把大衣拿出去烧掉。”
杰克逊在第二次纳尔萨斯战役后，率领军队渡过波托马克河去占领北军的哈伯渡口。杰克逊指挥着部队占据城周围的有利地形，用大炮猛轰城内北方守军。南军入城以后，北方军的俘虏拥挤在道路两旁争睹“石墙”杰克逊的风采，不少人上前同他握手。北军的一个士兵说：“他真是貌不惊人，要是我们这边要是有他这样的能人，也不至于败得这么惨呢。”
安特提姆战役以后，林肯终于对麦克莱伦的谨小慎微再也容忍不了，愤然将他撤换，原波托马克集团军第4军军长伯恩塞德接任北军统帅。
1862年12月13日，爆发了南北战争最为有名的战斗——弗雷德里克堡战役。由于北军为发动此次战斗准备时间过长，给了南军充裕的时间布防。在弗雷德里的高地上，朗斯特里特指挥左翼，杰克逊指挥右翼。北军向杰克逊的部队进行试探性进攻，遭到猛烈反击以后便改弦易辙，集中优势兵力攻击朗斯特里特的左翼。伯恩塞德重演波普战役的拙劣指挥，到黄昏时分，其下属的军官不愿再看到手下的士兵继续伤亡下去，请求他放弃战斗，这次战役因此成为1862年的谢幕战。伯恩塞德在这次战役之后被迫引咎辞职，波托马克集团军司令一职由胡克将军接任。
1863年春天，经过休整的波托马克集团军慢慢恢复了进攻能力。北军攻势的策划十分大胆周密，胡克将军断定：“本次战役的胜率在80%到100%之间。”按照计划，胡克将军所率领部队调动到指定地点同李的南军对峙，然后留下少量部队牵制南军，主力暗中向西北方向运动，渡过拉帕哈努克河以后折向东南迂回到李的侧后发动进攻。同一时刻，北军准将斯通曼率领一个骑兵军袭击南军的后勤供给。有趣的是，斯通曼曾经是杰克逊在西点军校的室友。
4月27日，胡克率领7万军队在钱塞勒维尔附近渡河，以小镇为核心占据了几个高地。北军的动向逃脱不了李的眼睛，他遂率军赶来阻击北军，留下厄利少将同北军对峙。有了前几次战役的教训，学乖了的胡克采用严阵以待的守势，试图利用坚固阵地和优势火力来取胜。
李将军面对北军的优势，毅然决定冒险正面同北军对峙，暗中派杰克逊率部急行军20公里，迂回到北军防线的右侧发动进攻。5月2日下午，杰克逊的部队进入攻击位置。镇守北军防线右翼的是霍华德少将，这个军团一半的士兵是德国移民，因而增大了指挥的困难。霍华德从未想过杰克逊的部队会在侧翼出现，其人马猝不及防，被打得溃不成军。深夜，杰克逊率领部队穷追不舍。当他骑马去视察部队时，不幸被自己的士兵误判断为是北军偷袭的骑兵，遭到一阵乱枪射击。他的几个副官不幸中弹身亡，他的左臂连中三弹。
杰克逊受伤之后，南军将领斯图亚特接任杰克逊的职务，率领部队继续猛烈攻击北军防线，占领了钱塞勒维尔小镇，迫使北军被迫紧急收缩防线。北军赛奇维克军团早就应该发动进攻，可是他直到5月3日才有所行动，但是大势已去。胡克退守联邦渡口以后，李立刻调集主力进攻赛奇维克军团。北军不敌，被迫全线撤退，钱塞勒维尔战役结束。
钱塞勒维尔战役的失败对北方起到了沉重的打击，林肯像个老太婆一样喃喃自语：“我的上帝！我的上帝！这下国人该怎么说三道四啊！”几个北军将领，包括胡克在内——由于拙劣表现被解职。可南军损失更为惨重，李失去了杰克逊这个左膀右臂。
即便杰克逊受的并不是致命伤，可他实施截肢手术之后感染肺炎医治无效，于5月10日去世。躺在病床上的杰克逊终于从昏迷中醒来，当他得知只能活两个小时左右时，说：“很好，没关系。”然后又进入昏迷状态。杰克逊的临终遗言依旧显示着其敬业为魂的本质：“让我们渡河到对岸的树阴下休息。”得知杰克逊去世的消息以后，一向沉着冷静的李再也无法克制自己的心情，他向在场的所有下属们失声吼叫：“杰克逊不会死！他不能死！”他在战后曾经这样慨叹，“在葛底斯堡假如我有杰克逊，必能赢得战役。”
后来，谷地战役成为德国各个军校教授的经典战例，德国总参谋长、陆军大元帅毛奇认为：杰克逊在战役中的指挥艺术惊天动地。杰克逊能够彪炳战史，另一方面是他无懈可击的德行。他是一位虔诚的基督教徒，朴实谦逊，完全依靠个人能力和指挥艺术赢得官兵们的崇敬、信任。