从上一节的分析中可以看出，国有资本经营预算资金的管理工作最适宜由财政部门承担，相应地应当把国有资本经营收支结算纳入到财政结算体系中来。我国自提出建设公共财政框架以来，预算管理改革取得了明显成效，现有的财政结算体系和资金管理模式完全可以满足国有资本经营预算资金收支结算的需要。此外，还要注意充分吸纳非税收入的改革成果，通过适当的方式保持国有资本经营预算资金的相对独立。
一、我国现行财政资金管理概况
近年来，围绕着建立和完善我国公共财政体制框架，通过部门预算、国库管理制度、政府采购制度等预算管理制度改革，财政初步建立起了科学规范的现代预算管理制度，形成了一套相对完整的财政资金分配运作机制，财政资金的分配、使用和管理等各项制度正在沿着确保资金规范、安全及其有效性的轨道上不断推进。这些制度建设是保证国有资本经营预算资金规范、安全及其有效性的基础性保障。
1.我国现行财政资金管理的主要环节及其制度特点
财政资金的管理主要包括三个环节：分配、使用及其管理。经过近年来改革的不断深化，在这三个环节的制度安排及其特点大致如下：
财政资金分配环节。对此，主要的制度安排是部门预算、收支两条线、转移支付制度。部门预算是从规范预算决策、预算编制程序的角度出发，一个部门一本预算，反映部门所有收入和支出。落实到编制中还有一些具体的“两上两下”、定额标准体系、项目库等机制或办法加以规范，目的就是要使政府预算编制逐步向公平、透明、规范、高效发展，改变我国预算编制方法陈旧、透明度不高、约束力较差的状况。目前这项改革已从2000年要求中央预算单位试编部门预算，发展到近两年覆盖到所有中央预算单位都按照基本支出和项目支出编报部门预算，地方部门预算改革也在稳步推进，全国省、自治区和直辖市的本级财政基本实行部门预算。收支两条线改革则是针对预算外资金的制度，下面还要详细分析，此处不赘述。转移支付制度规范的是政府间的分配机制，重点关注公共服务均等化问题。
财政资金的执行环节。其中主要的制度安排是国库集中收付制度。这项制度应当成为国有资本经营预算资金管理的重要保障，在下面将重点进行阐述。其次，还有政府采购等制度。通过这些制度安排，目的都是强化预算执行约束，监控财政资金运行，保证资金使用符合预算规定的用途，保证资金的支付和使用控制在用款计划和财政授权支付额度之内，保证资金能够严格按照规定的程序执行，防止预算单位或代理银行违反规定向其他账户划拨资金等问题的产生。
财政资金的评价环节。尚是财政预算管理中的一个薄弱环节，目前正处于研究和试点阶段。按照中共十六届三中全会提出的“建立预算绩效评价体系”的要求，近年来中央部门和财政部做了一些积极的探索工作，制定了有关行业绩效考评工作的管理办法，如2005年财政部预算司研究制定了《中央部门预算支出绩效考评管理办法（试行）》并选择了一些重点项目进行考评试点，有的还选择整个部门进行绩效考评，取得了一定的成效。但总的看，现在进行的绩效考评工作还是初步的。
2.国库集中收付制度在我国逐步推进和完善
2000年以来，我国财政国库管理制度改革取得了长足进展。相关的试点工作表明，国库集中支付制度是“最终规范政府性资金收付的最彻底、最完善、最可靠的模式”。具体做法一是财政统一开设国库单一账户，各单位不再设有银行账户；二是所有财政收入缴入国库，所有财政支出根据部门预算均由财政集中支付到商品和劳务的提供者；三是财政设立专门的国库现金管理和支付执行机构。在这种制度下，有利于解决财政资金层层支付、资金分散沉淀的问题，财政收支实现了规范管理，收入不能随意退库，支出得到了事前监督，资金使用效益明显增加。而且，为了全面实施财政国库管理制度改革，财政体系建设了许多保障措施，例如“金财工程”的投入，在技术上保证了国库管理业务实现实时运行、安全可靠、高效快捷的要求。应该认识到，以国库集中支付体系为代表的财政结算体系是改革开放以来财税体制改革的宝贵成果，如果国有资本经营预算能够利用这一成果，其效用十分明显。首先，节约了大量的技术和人力成本，避免重复建设。如果国有资本经营预算重新建立一条至少涉及中央和省两个级次的收支结算体系，要牵扯到大量的技术问题，需要投入资金建设和人力去管理，必然造成新的浪费。其次，财政结算体系的方向就是要保证资金的高效使用和监督，能够满足国有资本经营预算必须和方便接受监督的需求。目前，国库集中支付制度还有待于进一步推进和完善，不一定要求中央和地方的国有资本划拨和收入结算全部进入这一渠道，即使这样，财政现有的收支结算体系仍然可以满足国有资本经营预算收入与划拨结算的需要。
3.非税收入收缴管理的逐渐规范
非税收入是财政收入的重要组成部分，建立科学规范的非税收入管理模式，具有从源头上预防和治理腐败，加强财政管理，提高财政资金使用效益，做好财政增收节支的重要意义。非税收入在国际上有不同口径的界定方法，在我国纳入财政资金管理的主要指的是一种中口径的划分，即政府拥有的除税收收入之外的所有收入再减去债务收入，包括政府性基金、罚没收入、行政事业性收费、国有资产经营收入、专项收入等等。我国的非税收入管理以预算外收入改革为主线和突破点，从理论基础到具体实践都在不断突破，历经了从集中到放权再到集中的漫长过程，即高度集中阶段（新中国成立～1978年）、分散管理阶段（1978～1986年）、专户存储阶段（1986～1996年）、严格的“收支两条线”管理阶段（1996～2002年）、国库集中收缴改革阶段（2002年至今）。近年来，对非税收入的针对性改革主要集中在收入收缴环节。在1986年之后，改革总的方向是不断加强规范管理。在新的国库集中收缴改革阶段，目标是继续深化收支两条线改革，规范执收单位的执收行为，有效地治理隐瞒、截留、坐支、挪用政府非税收入等违法乱纪现象，确保财政收入及时缴入国库或财政专户，实现对收入收缴的全过程监控；同时在支出环节参照其他财政资金的支出管理办法，并逐步纳入财政国库集中支付体系。
二、国有资本经营收支结算纳入财政结算体系的现实依据
对财政资金管理制度的描述及概括，是要说明现行财政制度建设完全有能力为国有资本收支提供良好的结算条件，符合国有资本经营预算资金管理的基本要求。同时，财政部门管理多类型非税收入的丰富经验也为国有资本经营预算资金的分类管理提供了有力保证。
1.保持政府预算体系的完整性是市场经济国家的普遍做法
在国外，多数市场经济国家在公共财政框架下把政府非税收入作为政府财政收入的一部分，全部（或绝大部分）与税收收入一起纳入政府预算统一管理。各公共单位所收取各种收入都应全部上缴财政（国库），所需要的支出统一由财政预算安排，不得坐收坐支。即使是由相关法律法规明确规定了专门用途的专项收费，收费部门和单位也必须全部上缴财政（国库），再由政府通过财政预算统一安排。
2.非税收入的分散管理直接影响政府财经秩序的规范有序
非税收入的膨胀是我国向市场经济转型中的一个副产品。由于各类经济主体具有强烈的释放其长期受到抑制的自主性与创造性的需求，加之相关财政监督和约束机制的薄弱，我国的非税收入在改革开放的一段时期里迅速增长，并呈现出范围广、项目多、数额大、增幅高的明显特征。过多、过乱的非税收入直接影响到政府财经秩序的规范和有序，突出表现是资金入库过程缺乏有效监管，收缴单位多头开户，应缴不缴，甚至坐收坐支、私设小金库。各单位出于经济利益考虑，设立各种名目的收费项目服务于自身，致使乱收费、乱罚款、乱摊派等屡禁不止，非税收入和部门之间形成了不当的利益纽带。这些都直接影响到政府财经秩序的规范和有序，降低了集中调配政府公共收入的能力，甚至干扰了正常的经济发展环境。
3.现有财政结算体系符合国有资本经营预算资金管理的基本要求把国有资本经营预算资金管理纳入现有财政结算体系最根本的原因是后者完全可以满足国有资本经营预算资金管理的要求。无论是在技术力量和人员配备上，还是在管理办法和经验上，财政结算体系都可以满足国有资本经营预算资金管理的规范、安全及有效性的要求。还要指出，纳入财政结算体系管理还可以使国有资本经营预算资金自觉接受财政内部监督。我国财政具有相对健全的内部监督机制，以中央层面为例，既有中央级次的监察机构，又有遍布全国主要省市的财政专员办公机构，这些都是加强对国有资本经营预算资金收支监督的有利条件。此外，从配套改革的角度来看，把国有资本经营预算资金纳入财政结算体系管理，可以充分利用财政管理多年来的改革成果，直接进入到一个规范有序的资金管理轨道上来。
三、保持国有资本经营预算资金管理的相对独立
把国有资本经营预算资金纳入财政结算体系管理还要注意解决一个问题，即如何通过合理的制度设计保证国有资本经营预算资金管理的相对独立，防止国有资本经营预算资金和公共财政预算资金的挤占和挪用，方便国有资本经营预算资金独立的绩效评估。可以参考政府专项资金的管理办法，采取设置专项账户、独立管理的方式。
1.专用账户的设置
在具体操作中，可以采取专用账户的方式进行管理。专用账户的设置主要是指在财政收支账户中设置国有资本经营预算专用账户，而且只能是一个账户，不得设立过渡性的存款账户，国有资本经营收入上缴后，直接进入国有资本经营预算专用账户。这样既可以避免国有资本经营预算收入和公共财政收入相互混淆，同时也可以保证专款专用，使得国有资本经营预算收入优先用于国有资本经营预算支出。从国有资本经营预算作为政府复式预算组成部分的角度，保持国有资本经营预算收支的相对独立也十分必要。
2.专用账户的管理
专用账户管理实际上是财政部门和国资部门责任分工的一个反映。专用账户的设置本身就是接受财政部门的统一监督和管理，或者说，国有资本经营预算的收入缴库和支出拨付的全过程都处于财政部门的监督之下，财政部门享有专用账户的管理和控制权。这有助于保证财政部门对政府预算统一的调控权和对国有资本经营预算收支额度调整的建议权。其次，专用账户资金的收支划拨时间、额度要严格按照预算进行，特别是国有资本经营预算收入要优先用于国有资本经营预算支出，不能被挪作他用。条件成熟时应当把专户直接纳入国库管理。
3.保证国资部门对资金收支的知情权和监督权
为突出国有资本经营预算相对独立的特点，国资部门从预算编制的角度、从专用账户持有者的角度应当享有专用账户的知情权和监督权，形成对财政收支制度的反监督。对此，可以在财政信息化管理中，将国有资本经营预算资金账户的信息与国资部门共享，以便使后者及时掌握国有资本经营预算资金的收支情况，特别是资金的拨付进度。