蒋介石根据马步芳的呈报，颁发了叙功奖章。马元海、马彪、马朴、韩起功、马步康等得到了不同等级的“国花奖章”一枚。马步芳的儿子马继援得到“国花一级三等奖章”，其实马继援那时还在学校里学习。马继援在中学求学时期，就被委派为青海南部边区警备司令部上校参谋长，并经南京军政部予以正式任命。马继援从昆仑中学毕业后，就直线上升，由旅长而军长，睥睨一时。
河西战役之时，红军称谓“二马”的军队为“马家军”，从此这个名称似乎流传开来。马步芳深恐蒋介石怀疑他独树一帜，先后发表布告和小册子，并上报军委会，强辩自己是“国家的军队，人民的武力”。中央政治学校附设蒙藏学校青海籍学生中的拥蒋反马分子，遂利用《新青海》，指责马步芳“虚张声势，迹行夸大”，并揭露其乘机扩张势力、坐地壮大等罪行。马步芳乃于1936年12月3日，电报蒋介石，以“恐有贻误”为由，辞卸青海省政府代理主席和新编第二军军长等职务。
蒋介石于12月8日以齐电慰留说：“该员夙娴豹略，近益鹰扬，殊堪嘉尚……除西北总部，已明令裁撤，该纵队自应撤销外，所请辞却代主席、新二军长及青海保安处长等职，着勿庸议。”马步芳于12月10日对《青海日报》记者发表谈话：“本主席奉令办理民团，彼时一般不明真相者，纷纷议论，不日扩充势力，即日增加军队，妄作言论，清谈误国。”
1937年4月27日，蒋介石派军委会西安行营中将参议萧致平，代表蒋介石来青，表示安抚。马绍武在欢迎萧的大会上致词。他根据马步芳指示说：马军长的做法“纯为求统一及安内工作，并非为地方或个人而战”。《青海日报》同时发表了标题为《欢迎萧致平来青宣抚》的短评。萧读报后，即在省政府会见《青海日报》总编说：“这次来青是奉命慰问，并非宣抚，请予更正。”马步芳听编者汇报后说：“人们说我扩张势力，就是来宣抚，既是说慰问，就算慰问。”第二天报上做了更正，称措词是记者笔误。
《青海日报》1937年4月13日：军事委员会西安行营代表萧致平，此次代表蒋委员长来省慰问剿匪将士，携带慰劳款洋二万元，萧氏日前除为驻省部队赏洋一万元，此项款项已为负伤官兵，每人赏给五元，余发给参战将士，其余一万元，将由□□□赴河西，奖给河西骑五师云。
马步芳于6月1日举行“剿赤”阵亡军民追悼大会，蒋介石又派军事委员会高级参谋兼第三组组长陈启之来青参加。会后将木制的许多“阵亡将士”灵位送到昭忠祠供祀。并令西宁东关清真大寺、各县清真寺、省垣佛教会，以及各蒙藏地区的寺院等举办佛事。