“浑水摸鱼”之计讲的是：一个人能在比较复杂的时局中，准确找到自己的位置。这样做，必须反应敏感，谨慎行事。曾国藩是一个对局势风向十分敏感的人，表面上不声不响，实际上却深得“浑水摸鱼”之法。
《三十六计》第二十计“浑水摸鱼”曰：“乘其阴乱，利其弱而无主。随，以向晦入宴息。”其大意是：乘对方内部发生混乱，利用他力量弱而无主之际，让他随从我，就像人到夜晚入室安睡一样。
“浑水摸鱼”之计在处世中的体现是：在复杂的人际关系中，弱小的一方经常会动摇不定，这里就有机可乘。更多的时候，这个可乘之机是靠主动去制造而不是等待。一方主动去把水搅浑，一切情况开始复杂起来，然后可借机行事。
咸丰十一年十一月十四日这一天，他接到两片军机处发出的廷寄，其一是令他兼辖浙江军务，另一片是怡亲王载垣“明正典刑”的消息。这二件事都与他有切身的关系，对于兼辖浙江，日记中他写道：“权太重、位太高，虚望太隆，悚惶之至。”对于载垣等正法，日记中说：“不知是何日事，又不知犯何罪戾，罹此大戮也！”很快，李鸿章也来到他的两江督署，这位资深幕僚认为载垣等事非同小可。说“就城及政本之地，不知近有他变否？”两人“为之悚仄忧惶”。以后几天，曾国藩与幕僚都在谈论朝中大变局。
实际上，曾国藩等湘军将帅的担心虽然不无道理，但多少有点杞人忧天。
肃顺虽然擢用一批湘军集团头目，但两者只有事实上的联系，并无特殊关系。据说肃顺被处决后“籍其家，搜出私书一箱，内惟曾文正无一字，太后叹息，褒为第一正人”。这就是说，湘军集团头目不仅不是肃顺党羽，且是有意与其疏远的人。同时清廷亲信武装力量，八旗绿营已基本上被太平军摧毁，唯一的尚有一定战斗力的僧格林沁军，又在上年对外战争中遭到沉重打击，在恢复过程中。而湘军却越战越强，人数愈来愈多，控制地区愈来愈广，声望愈来愈高。仅九月就先后有侍讲学士颜宗仪，给事中高廷祜等人上奏，要求命曾国藩密保干员，取代浙江巡抚王有龄、江苏巡抚薜焕。有人甚至要求以曾国藩为经略大臣，节制两湖、两江和安徽，即把整个长江中、下游军政大权交给曾国藩。王有龄也自认无能，奏请以左宗棠督办全省军务。
也就是说，从稳定新体制、派系关系、军事实力考虑，那拉氏都不能不依靠湘军集团。事实上，那拉氏执政后一个月，即命曾国藩在两江总督辖区之外，再节制浙江省，并命左宗棠督办浙江军务，破格任命刘蓉为四川布政使。三个月后，即十二月，又任命左宗棠为浙江巡抚，沈葆桢为江西巡抚，严树森为湖北巡抚，李续宜则回安徽巡抚本任。
值得玩味的是，同治元年元旦，清廷颁布几道赏赐殊荣的诏旨，被赏赐者汉员只有曾国藩一人。旨中有“其敷乃腹心，弼予郅治”等语。十二天后又在诏书中说：“每于该大臣等奏报到时，详加披览，一切规画，辄深嘉许，言听计从。”以清廷至尊对一个封疆大臣说出“言听计从”的话，不知曾国藩收到诏书是何等滋味？与咸丰年间受尽苦楚相比，确实“换了人间”。实际上，清廷的诏书并不是过甚之词，事实上不仅用兵方略，唯曾之言是听，甚至任命大员，也听从曾的意见。但那拉氏始终拒绝任命曾国藩为经略大臣，不令他节制两湖，保护官文在两湖的地位。可见，那拉氏与肃顺一样，固然信任湘军集团，但头脑并没有发昏，仍然牢牢地掌握着分寸，让自己最亲信的满族贵族控制长江中游的战略要区。
本来，咸丰帝死后，湘军集团对政局曾经抱着很大的忧虑，“北望流涕，忧切剥肤”。那拉氏掌权后，十分重用曾国藩等人，这使湘军集团欢欣鼓舞，感恩戴德。曾国藩的亲信李榕说：“内间自两宫亲政，力求治理”，“外臣恩遇于节帅（即曾国藩）特隆，南服之封疆将帅，凡有黜涉，皆与赞画。将也相也，节帅之任重道远矣。我辈属在僚佐亦为感奋。愿与同志相磨厉也。”郭嵩焘也说：“近日朝廷举措，真是从大处着笔，为从来所未有。”
同治初年，慈禧将曾国藩由两江总督升授协办大学士后，更给了曾国藩“凡天下军谋、吏治及总督、巡抚之黜涉，事无不咨，言无不用”的特殊优待，开大清重用汉人旷古未有之典例。以至于使李慈铭为此而感叹：“万国瞻新政，垂衣二后贤，病看元岁历，梦想中兴年。哀痛求言切（是日两宫下恤民求言诏，凡数千言）；忧危命相专（是日拜曾帅为协揆），乡邦劳圣虑，稽首戴皇天。”面对那拉氏这样破格的信任，曾国藩采取冷静而又明智的态度，不但不因此而志得意满，骄横跋扈，反而更加谦让。如命其节制浙江，他就再三辞谢。当命他推荐巡抚人选时，更力陈不可，说任命“封疆将帅，乃朝廷举措之大权，岂敢干预”；他“既有征伐之权，不当更分黜涉之柄”；应该“预防外重内轻之渐，兼以杜植私村党之端。”其实，曾国藩内心希望更多的湘军头目为地方大吏。他一向认为带兵将帅必须同时为地方大吏，才能领军筹饷，于事有济。这样手法，使清廷对他更抱好感，要他“不当稍有避嫌之见”。可以讲，曾国藩在不利于自己的局势之中浑水摸鱼，收效颇佳。