打捞“大舜”号轮的任务由上海救捞局、烟台救捞局共同承担。如此大吨位的客滚船实施整体打捞，在中国打捞史上尚属首次。2000年春天烟台海域大风天气明显偏多，这期间因风浪影响停止作业16天。再加上“大舜”号轮经过一个冬天的风浪冲击，船体发生很大变化，损坏严重，给打捞施工增加了许多预想不到的困难。面对复杂的气象条件和沉船被打捞出水的“大舜”号轮部分船体。发生的变化，打捞施工单位按照整体打捞的要求，加强指挥调度，分阶段制定施工方案，克服各种困难，确保打捞工作顺利进行和施工安全。整个打捞施工大体上分为4个阶段。
第一阶段从4月10日至5月12日，经过潜水人员水下探摸，清理翻裂钢板，并对破损船体埋泥部分进行链锯切割后，实施了沉船水下倒浮移位，使沉船从4米深坑内向西北方向深水区移位60米，为扳正起浮奠定了基础。
第二阶段从5月13日至5月25日，是沉船扳正阶段。交通部救捞局将上海救捞局起重能力最大的工程船“大力”号调来参加打捞施工作业。5月18日进行了第一次扳正，由“大力”号和“勇士”号将沉船从倒扣状态扳正到90度的横躺状态。5月25日，“大力”号、“勇士”号、烟救“起重2”号3艘浮吊同时起吊，使沉船成功地扳正至零度。
第三阶段从5月26日至6月1日是放置浮筒起浮沉船阶段。6月1日8时45分，“大舜”号轮在4对800吨浮筒带动下，顺利起浮出水，到22时安全拖航至烟台港锚地，打捞工作取得决定性胜利。
第四阶段是减载交船阶段。从6月2日起开始清理船上的遗体、遗物和车货，6月7日又将“大舜”号轮拖航至烟台地方港码头停靠，进行封舱减载。经过烟台预备役师官兵和烟大轮渡公司、烟台地方港务局干部职工连续5天日夜奋“大舜”号轮在汽车舱起火位置。战，沉船内的车辆、货物和淤泥全部清理完毕，烟台救捞局接着进行封舱排水。到6月18日，减载和船体平衡调整工作基本结束。6月18日下午将“大舜”号轮拖航到威海港锚地，19日11时30分“大舜”号轮顺利停靠在威海船厂码头，圆满完成了打捞和交船的任务。
在打捞过程中，打捞施工单位顽强拼搏，把打捞工作当作政治任务来完成。上海救捞局、烟台救捞局把打捞“大舜”号轮作为第一位的工作，调用最好的设备和技术人员参加打捞工程。上海救捞局最大的起重工程船“大力”号，烟台救捞局马力最大的救助拖轮“德翔”号，以及为渤海油田服务的救捞船“芝罘岛”号都是中止了业务合同赶到烟台现场参加打捞。参加打捞工作的“沪救捞3”号是中国惟一的多功能工作船。整体打捞这么大吨位的沉船在中国打捞史上是第一次。在打捞施工过程中，不少职工昼夜奋战，有时连续2天不休息，不脱工作服；有的潜水员水下单次作业时间超过3小时，创造了水下单次作业的新记录。在打捞阶段的50多天里，绝大多数潜水员、船员一直坚持在第一线，没下过船，没上过岸。他们这种奉献精神无法用金钱计算，也无法用工作时间计算。