关于李莲英之死，野史语焉不详，以“病故”，“及死去”言之。1908年10月，慈禧太后去世，据《李氏家谱》载：“百日孝满，出宫养老”，李莲英搬进北京棉花胡同家中，整日吃斋念佛，闭门不出。三年后，李莲英去世。据李家后人之说，李莲英是病死的，病因是痢疾不治，得病后三四天即殁。但是，清史档案和墓志铭，则用了一个“殒”字，模棱两可。直到近几十年，才峰回路转，引出大段公案。
事情的起因，则是1966年初夏，原北京“六一”学校的赵广智等老师，在革命造反派的监督之下，挖开了原清朝恩济庄太监坟地（恩济庄太监坟地之名为雍正所赐，当年皇帝曾拨银万两修建，据说该坟地所埋太监共有两千七百余人）中的李莲英墓。令人吃惊的是，李莲英棺椁里，只有一颗骷髅头，却不见尸骨。李莲英的躯干在哪里呢，他又为什么会身首异处？关于这一段往事，中央电视台探索发现节目曾有上下两集的片子，予以记述。此处不提。总之，只有头骨而没有尸身的李莲英，不可能是病死的。唯一的原因，他可能死于“他杀”。民间传说，也有大量李莲英被杀的说法。1985年，学者佟洵女士发表《李莲英死因之谜》，1990年，北京文史研究馆研究员颜仪民在《纵横》杂志发表《李莲英身首异处之谜》，从而引发学界争论。
李莲英究竟为何人所杀，概括起来有三种说法。
一是为革命党人所杀。盖因他在慈禧太后和光绪皇帝的争头之中，支持太后，而打击帝党，甚至有人认为正是他下手毒死了光绪皇帝。但是，也有学者反对，认为李莲英并没有参与朝廷内的党派之争，他也不可能得罪革命党人。关键之点，他临死之时，早已出宫三年，对于政事没有影响，杀他没任何意义。
二是为江朝宗和小德张所杀。此说法，主要是颜仪民先生的观点。他甚至在文章中，引用了江朝宗儿子提供的“细节”，说时任“九门提督”的江朝宗请李莲英吃饭，然后派人杀其于北京后海。支持该观点的人认为，江朝宗是袁世凯的亲信，小德张则是李莲英的后任。两个人，出于不同的目的杀了李莲英。李莲英曾得罪袁世凯，这是事实，因此有可能授意亲信下手；而小德张则为了争夺其遗产之事，而萌生杀人动机。但是，立即有人反对此说。有学者考据说，江朝宗宣统二年（1910年）正在陕西汉中镇总兵任上，直到1912年（民国二年）才回北京担任北洋政府北京卫戍司令。江朝宗远在几千里之外，怎么可能去杀李莲英呢？同时，也有人认为，小德张同李莲英，并没有共过事，两人没有利害冲突，杀人动机不存在。最有意思的是，还有人说，一般杀人，都是提着首级走的，哪有提着身子走的呢？
三是在去山东讨债途中被悍匪所杀。这一观点，也被无数专家质疑。以李莲英的财富地位，他怎么可能亲自出门讨要债务呢？但是，支持这一观点的人，另有新说。他们说，李莲英曾有一个侄孙女，嫁到了山东省无棣县。他曾去山东探望侄孙女，顺便到泰山一游，走到山东和河北交界的地方被人杀死。当时跟随的两个侍从吓得失魂落魄，只把李的头颅用包袱兜回了北京。同这一观点相近的说法，还有人称，李莲英出宫隐居之后，也是要出门的，比如，他对慈禧太后，总是感恩戴德，每年都要去东陵拜谒慈禧陵寝，结果在半路被人杀死。他的首级，被人扔到了北京李莲英家的门口。
从这些传说和观点中，大致可以理出下列头绪。一，李莲英死于他杀，是事实，病死之说，仅仅是其家人说法，不足信。二，李莲英死于仇敌。尽管李莲英圆滑机警，却仍有大量仇家。“权倾朝右”之人，肯定是踩着别人的尸体向上爬的。仇家可以是革命党人，也可以是宫中同道，亦可以是袁世凯授意之人。其实，最有可能杀他的人，则是光绪皇帝的弟弟醇亲王载沣，其时任监国摄政，权倾一时，他杀人的动机也是有的，因为有人说正是李莲英下手毒死了光绪皇帝，报哥哥被杀之仇，顺理成章。至于悍匪劫杀之说，则有点牵强。三，李莲英被杀地点，并无确切之说。因此，极有可能是杀人者扔还了李莲英的首级。李家之人，找不到尸体，只好将其脑袋壳下葬了。
李莲英生前荣华富贵，死后也得以厚葬，其墓前也有“大中至正巩固千秋”的对联，有“饰终之典等于元勋”的碑文，但是，他的头骨被挖出来后，曾被学生当足球踢，最后被扔进了学校茅房的粪坑……直到有一天晚上，那个亲手挖开李莲英墓的人，北京“六一”学校老师赵广智先生拿了一个粪勺，把那颗头颅捞了出来，埋到了一个山坡下，从此无人知晓。
他的想法，也是朴素的：这样对死人，毕竟有点不恭。
崇文门外东兴隆街52号的四合院，是北京多进四合院的典型代表，是崇文区的区级文物保护单位。
东兴隆街52号四合院共有四进院落，风格属于晚清时期建筑，是大宅门的民居，相传是清末大太监李莲英私邸之一，民国时期成为民居。曾为前中华戏曲学校旧址，京剧艺术大师梅兰芳先生、焦菊隐先生曾在这里生活工作过；一代名伶王金璐等名家也曾在这里学习过，后由同仁堂集团做为药品仓库使用。
该四合院坐东朝西，大门位于院落西北角，进门是山墙影壁，前院有倒座房一排，中轴线上由北向南依次为垂花门和三进院落，每进院落均为四合布局，正房均面阔五间，两侧各有厢房三间，第二层正房两侧有对称布局的重楼。
52号四合院体现了老北京四合院文化的精髓，传统建筑形式在这里得以充分的展现，它布局合理，院落进深错落有致，院与院之间用回廊联通，使每个院落即能单成一体，又能和其他院落连成一片，这不仅体现了建筑上森严的等级观念，也体现了原汁原味老北京民居建筑。
该院落作为典型多进的四合院在南城是不多见的，现保存完好。之后，同仁堂集团对该院落进行了多次修缮，由于市政道路的改造，大门迁到南侧，回廊也做了彻底维修。
作为一个太监，李莲英的身份极为卑贱。不同的是，由于慈禧太后的赏识和宠爱，他享受到了皇宫太监前所未有的权力和地位，金钱财富也滚滚而来。但也正因与慈禧的这层特殊关系，他成为中国近代史上臭名昭著的人物之一。
李莲英死时，得到清朝宫廷的1000两白银，在北京恩济庄的太监墓地修造了一座豪华坟墓。李莲英的坟墓早在30年前就被破坏了，只有墓志铭的拓片保留了下来。
§§第十九章 最后一位掌权太监——小德张
小德张，生于光绪二年（1876-1957），姓张名祥斋，字云亭，是天津市静海县南吕官屯人。小德张在光绪十七年入宫当太监，当时，慈禧太后在表面上虽然不再垂帘听政，可是在实际上仍然操纵着大清王朝的实权，她高坐在储秀宫内，看来好像什么事也不管，但仍然总揽国家大事。中国有了皇帝，可以说就有了太监。虽几经江山易主，改朝换代，太监制依然存在，宦官当权，屡见不鲜，到了小德张这一代，便是最后一幕了。