慧远的净土思想是古印度净土教在我国初始弘传的理论结晶，是佛教文化与中国文化碰撞交融的产物，同时又与东晋时代的苦难现实的催化以及慧远个人的修学背景相关。
慧远（334—416），东晋时名僧。本姓贾，雁门楼烦（今山西宁武）人，出身于仕宦家庭。他从小喜好读书，13岁时即随其舅父令狐氏游学于许昌、洛阳一带，读了大量儒家、道家典籍。当时的宿儒贤达，莫不叹服他学识渊博。永和十年，21岁的他和18岁的弟弟慧持，在奔赴太行的恒山途中参见了名僧道安。他在听了道安宣讲的《般若经》之后，非常感动，认为与佛教相比，“儒道九流皆糠秕耳”。于是，兄弟俩拜道安为师，出家为僧了。参见道安，这是一个偶然。然而，正是这个偶然，导致了慧远重新设计人生。自此，他开始以建立佛教的中国宗派和弘扬佛法为终生奋斗的目标。
慧远是继著名高僧道安之后的佛教首领，因其大力弘扬净土法门，被后人尊为净土宗初祖。表现慧远佛学思想的主要著作有《法性论》（已佚）、《沙门不敬王者论》、《明报应论》、《三报论》和《大智论抄序》。
法性不变论
慧远在道安的“本无”论基础上，发挥了“法性不变论”。他在《法性论》中说“至极以不变为性，得性以体极为宗”。“至极”就是佛教的真如本体，慧远称之为“法性”。“法性”是长驻不变的、永恒的本体。慧远关于“法性”的理论可归结为三个要点：
①就佛教哲学说，“法性”指宇宙万物的自性，而自性是“有”，而不是“空”；②从佛教的宗教修证方面讲，“法性”指“涅？”（即“圆寂”，佛教修养所达到的最高精神境界），是常住不灭的；③“法性”和“涅？”二者是统一的，“涅？”以“法性”为本性，而得到法性就是证得了涅？。慧远强调得到了“法性”，就达到了佛教的最高境界，也就是成了佛。
神不灭论
慧远从“法性不变论”出发，提出“形尽神不灭”的命题，并在《沙门不敬王者论·形尽神不灭五》中作了集中的论述，其中心意思是：形与神异，形可尽，神则不灭。他以“火之传异薪，犹神之传异形”的烛火之喻，来验证神之不灭，认为人的形体消灭了，灵魂（神）却永恒不灭。他说“神有冥移之功”，即能在冥冥中传化迁移，从一个形体传到另一个形体上去，即所谓的“神之传异形”。慧远的形尽神不灭论，目的在于论证成佛的问题，是其出世主义和因果报应的理论基础。
因果报应
因果报应是慧远佛教思想的重点，其理论基础是“神不灭”论。印度佛教认为，世界万物都处于一种因果联系中：“已作不失，未作不得”（《瑜伽师地论》）。这是说，“因”在得“果”之前，不会自行消失；反之，无一定的“因”也不会得相应的“果”。人们的任何思想行为都会导致相应的果报，这叫“业报”。“业”指人的一切活动，“报”指由活动所得到的报应。慧远接受了这一教义，并根据中国的具体情况作了多方面的论证。他认为报应有三种：一是现报，指现身作业现身受报；二是生报，指“来世”受报；三是后报，指经过若干世的轮回后受报。由“三报”就引出“三世”或“三生”。总之，人有“三业”，“业”有“三报”，“生”有“三世”，而维系这个因果报应的“主体”即是不灭的“灵魂”（神）。之所以有报应，是由于人的“无明”（愚痴）所导致的思想、情欲引起的。因果报应是“自然的惩罚”“必然之数”。要想摆脱就只有接受佛教，加强修炼，使精神处于即灭状态。
三世轮回
“轮回”也叫“生世轮回”、“流转”等，是佛教吸收婆罗门教的主要内容之后补充而构成的。主要是“十二因缘”（就是把生死轮回的全部过程分为十二个阶段，各个阶段之间都有严格的因果关系）和过去、现在、未来“三世”相应，就成为“三世轮回”。“灵魂”在三世因果关系的支配下轮回于生死之间。佛教认为，众生依据其行为而在“五道”（或“六道”）中流转（“五道”，指地狱、鬼、畜生、人、天，加上“阿修罗”或“非天”叫“六道”）。作善者上升，为恶者下降。只有信奉佛教，经过修习，才能超脱这种轮回，进入佛的世界。