废后的诏旨一下，立刻如石激水，在朝廷上掀起了轩然大波，很多朝臣纷纷上书朝廷，为孟皇后抱不平。也巧得很，这一年的天气忽然就变化无常了，阴翳四塞，雷雹交加。朝臣们就借天象说事，说是上天示警，提醒哲宗所治孟皇后之狱，或许是冤狱。因为它没有经过司法部门审讯，虽说也曾追验佐证，但事极秘密，属于黑箱操作，朝廷之臣都不知道。而自古以来审理狱讼，都要交给朝中大臣审理，从未见过在宫中自行审理的。因此，这些大臣强烈要求哲宗，要选派公正不阿之人，另行审查此案。
而此时的董敦逸也受到良心的谴责，上奏说：“皇后之废，事出有因，情有可察。诏下之日，天为之阴翳，这是天不欲废之；人为之流涕，这是人不欲废之。”并请皇上收回他的复审批文，另请大臣复审，以免皇后蒙冤。赵煦见他出尔反尔，推翻前案。十分气愤，欲治重罪。
还是曾布出面说情，哲宗才放过董敦逸一马。但朝中大臣要求重审之声不断，赵煦又想到死去的可爱女儿福庆公主，感到孟皇后如此做，也是“可怜天下父母心”啊！加之如此神秘地废掉皇后，毕竟过于轻率，难以取信天下，因此心有悔意，不由叹了一声：“章我名节。”
虽然刘婕妤搬倒了孟皇后，中宫虚位，但哲宗一直也不肯立刘婕妤为后。蹉跎了三年，最后只晋封她为贤妃。刘婕妤虽然宫内宫外活动，多次鼓动内侍郝随及首相章内外请求，枕席上也格外献媚，但哲宗还是没有立后的意思。直到刘婕妤生下一个男婴，这也是哲宗唯一的儿子。哲宗高兴，她才被册为皇后。
但册立刘婕妤为皇后也并不顺利，右正言邹浩等人强烈谏阻说：“陛下废孟后，天下孰不疑立贤妃为后，凡皇后须德冠后宫，不能从妃嫔中晋升，应自贤族中选择。况且刘贤妃有废后之嫌，更不宜立为皇后。”
当然哲宗为了自己的宝贝儿子着想，也就顾不得刘婕妤的贤淑与否了。遂将邹浩削职除名，贬去新州。
天道公平，善恶终有报。刘婕妤做了皇后，果然扬眉吐气，说不尽的快活。哪知她的皇后才当了一个月，儿子就忽然生了一种怪病，终日啼哭，饮食不进，不久就夭折了。刘皇后悲不自胜，哲宗也悲痛不已，认为这是自己没有善待孟氏和福庆公主而遭到的报应，随之忧思成疾，三个月后就驾崩了，年仅25岁。哲宗无子，遂立哲宗弟弟端王赵佶为帝，是为宋徽宗。
孟皇后居住的瑶华宫，名为宫，实际上只是几间透风漏雨的破屋子，围成一处小院，杂在街巷之内。孟皇后一夜之间高岸变深谷，从母仪天下的皇后到沦落为凡尘的平民，更何况她一直身处于富贵的环境中，在强烈的前后生活反差之下，心里的失落和悲苦尤为沉痛。在这里，她不能随便走动，一举一动都有人监督，形同软禁。自然没有人敢与她往来。门前冷落，庭院深深，生活寂苦凄清，连普通庶人的自由都没有，求为长安一布衣也不可得了。更可悲可笑的是，那些在瑶华宫周围摆摊小贩们的叫卖声，也会无辜受她株连。据《鸡肋集》记载，汴京城里有个卖饼子的商贩，他吆喝时，既不说卖的是什么，也不说价钱多少，先是长叹一气，然后拖腔吆喝：“亏便亏我也！”意思是卖的便宜，情愿亏本，以此招徕顾客。这人每逢来到瑶华宫附近，总要如此吆喝。不料这日倒霉，才吆喝了几声，就被抓进了监狱。原来官差以为他说“亏便亏我也”是明目张胆地为孟皇后叫屈鸣冤。竟不由分说拖到衙门，赏了100大板。从此以后，这个小贩再到这里，就改口说：“歇歇则个也么！”从这个小贩的叫卖声中，我们可以想见孟皇后的处境之艰难。那卖饼子的商贩阴差阳错因此成了名人，生意也红火起来了。
徽宗赵佶即位，向太后垂帘听政，排斥打击新党，重用信任旧党。有个大学士叫何大正，上书为孟氏鸣冤叫屈，向太后对曾布说：“孟氏本出自士族，当初聘为皇后时，我曾与太皇太后一起亲手教她妇礼，在其他各个方面都强于刘氏。”因此下诏接孟皇后回宫。因为刘氏已被尊为元符皇后，所以尊孟氏为元皇后，位居刘皇后之上。在这两个皇后之间，向太后很讨厌刘氏，始终偏袒孟氏。在两人的名分安排上，刘皇后见到孟皇后要先拜，然后孟皇后回拜。但为了避免两人见面尴尬，命令除了大礼圣节宴会外，两人都不参加。刘皇后无奈，只好接受。
但孟氏恢复位号刚刚两年，政治气候又变。向太后死，赵佶改元“崇宁”（1102年），即崇尚熙宁之意。徽宗重用奸臣蔡京等人，又展开了摧旧复新的行动，对元大臣进行严酷的打击。孟氏的地位再次受到了冲击，昌州判官冯懈上书，主张解除孟氏的位号。接着御史中丞、殿中侍御史等人又联合上书，言辞恳切：“韩忠彦、曾布听信布衣何大正的狂言，复立瑶华宫废后，当时议论就已汹汹，就连远方小臣都至阙上书，忠义激切，坚决反对，现在应断以大义，不要受流浴非正之论的牵制，有累圣朝之德。”
元符皇后刘氏更是从旁煽风点火，再次兴风作浪，与蔡京内外勾结，逼徽宗下诏废去孟皇后。就这样，孟氏被再次贬居宫外的瑶华宫做女道士，号为希微元通知和妙静仙师。
所有参与复立孟氏的官员皆被治罪，或被降职，或被抄家，或被安置到偏远州县。以后的25年间，孟氏一直在瑶华宫过着凄清的生活。