建文元年（1399年）六月，朱允炆密令张昺、谢贵动手削燕。同时密敕北平都指挥张信逮捕朱棣。
然而，朱允炆派先锋张信前去捉拿朱棣后，这边等了许久，迟迟没见张信行动，甚至连人影也没了，如同泥牛入海。为了安全起见，齐泰又派曾经打探过燕王朱棣的张昺和谢贵前往北平。这次出使，张昺和谢贵的身份大是不同，因为他们带上了皇帝朱允炆的诏书。他们有权率兵包围燕王府，甚至逮捕燕王朱棣的下属官员。
弄了这么大的排场，可见朱允炆削藩的决心很大。但是，朱允炆心慈仁厚，再三告诫张、谢二人，不可为难朱棣。想削弱能征善战的朱棣，如果不用强力，不会有好结果。朱允炆姑息养奸，无论从他的性格，还是行动上分析，消藩都是矛盾的，因而不会有好结果。
与朱允炆不同，朱棣却是一个敢想敢干的人。张信告密后，朱棣当机立断，召集大军，命大将张玉和朱能为帅，严密保护燕王府。燕王府的保卫工作还没布置妥当，张昺和谢贵就捧着圣旨，优哉游哉地来了。府上的兵力太少，无法与中央大军抗衡，朱棣就摆空城计。经过细心安排，朱棣彬彬有礼，恭请张昺和谢贵进入燕王府。燕王府比地狱还可怕，张昺和谢贵死活都不去，坚持要求朱棣走出来，跪接圣旨。
在紧要关头，朱棣又使一计，他告诉张、谢二人，已经逮捕妄图造反的人，需要中央使者进府，验明造反者的身份。对方老奸巨猾，张昺和谢贵应付不过来，只得进入燕王府。他们是这么想的，圣旨没要求抓捕燕王。即使朱棣图谋不轨，也不会这么快就发难。
尽管燕王府很恐怖，作为朝廷的使者，张昺和谢贵认为，他们的命还是勉强可以保住的。
在大堂中央，朱棣坐着，一副上气不接下气的样子，好像疯病还没好。
想到外面传说，朱棣是装疯的，张昺和谢贵不禁对望一眼，心扑通、扑通地跳，刚想转身跑出去，大堂上突然冒出一帮凶神恶煞的武夫，将他俩团团围住。
见张昺和谢贵连胆都给吓破了，朱棣有气无力地咳了一声，众武夫纷纷散开。朱棣说了几句话，都问中央对他装疯的看法。张昺和谢贵被吓傻了，说话结结巴巴，就像有口吃。
一小会儿后，侍仆端来瓜片。张昺和谢贵正想找个话题岔开这个关于装疯的痛苦的谈话，就伸手接瓜。
突然，朱棣直挺挺地跳起来，大嚷大闹。朱棣的意思是，虽然身为皇亲国戚，他每天都为生命担忧，简直生不如死。既然没有比生不如死更坏的了，他就什么都敢干。
接下来的事就很简单了，张昺和谢贵被捆绑起来。他们是生是死，全在朱棣的一念之间。
按理说，张昺和谢贵是带着军士来的。他们被捆绑，带来的军士应该站出来干预。但是，这两个人不仅轻信，还很迂腐。进门时，燕王府上的人告诉他们，其他军士级别不够，不能进入王府，张昺和谢贵竟然死守迂腐的规矩。
既然中央颁发了逮捕的诏书，已经被逼上梁山了，朱棣就要大干一场。在大堂正中央，当着府上诸人的面，张昺、谢贵和葛诚等几位中央使者，统统被朱棣斩首示众。
中央的使者被杀了，不管朱棣当初的意愿如何，结果只有一个：他走上了造反的路。造反是一条不能回头的路，只可往前，不成功，就成寇。
张昺和谢贵等领头羊被杀害后，中央派来的其他军士顿时成了乌合之众，纷纷沦为朱棣的刀下鬼。之后，燕王府上就像喷发了火山一样，将整个北平城都给震惊了。因为，从燕王府上，冲出一支彪凶悍无比的军队，以闪电般的速度，眨眼间就占领了北平的九道城门。
占领北平的九道城门，就意味着掌握北平城的控制权。尽管朱允炆之前花费了无数心思，苦苦安插忠臣良将守卫，北平城最终还是落入朱棣的掌握。因为朱棣不仅老谋深算，还有几位厉害的大将。在占领北平城的战斗中，朱棣的大将张玉，就立下了很大的功劳。
相比而言，朱允炆安插的将领，死的死，伤的伤，逃的逃，真的不堪一击。
那时，朱允炆安插的将宋忠驻扎在北平城外，还没等宋忠反应过来，不到三天，朱棣就控制了北平城。叛军虎视眈眈，就像一群发疯的恶狼。为了保全实力，宋忠只得退守怀来。
俗语言，名不正，则言不顺；言不顺，则事不成。对朱棣而言，起兵造反事小，找一个正当的理由最难。在道衍的帮助下，朱棣找到一个勉强可以说得出口的理由：“朝无正臣，内有奸恶，则亲王训兵待命，天子密诏诸王统领镇兵讨平之。”（《明史》）
以这几句祖训为根据，打着“靖难”的旗号，朱棣的军队浩浩荡荡地向南方的都城进发。
更令朱允炆感到措手不及的是，朱棣竟然先修书一封，告诉皇帝，说他身边有奸谗小人，朱棣出兵，只为清除这等小人。
历史是多么的相似，在大汉历史上，吴王刘濞觊觎皇位，也借削藩之机，以“清君侧”、为幌子，起兵造反。朱棣此举，不过是想实现吴王刘濞没能实现的梦想。
尽管叛军笔直挺向宋忠驻扎的怀来，北平城附近的南方军队还是很忠义，纷纷涌向怀来，誓与叛军决一死战。为补救没能制止朱棣占领北平城的过失，宋忠表现得十分勇敢，以非凡的镇定收编前来投奔的军队，并以莫大的勇敢鼓励军士直面凶神恶煞的叛军。
两军相遇，朱棣果然老奸巨猾，特意安排与宋忠的士兵是亲属的军队打先锋。
原来，为了激发军士的斗志，宋忠告诉他们，他们在北平城的家属都被朱棣杀害了。军士们听了宋忠的话后，义愤填膺，恨不能生吃朱棣的肉，活剥朱棣的皮。但是，当宋忠的士兵看到自己的亲人站在朱棣的前线时，都很恨宋忠。他们之中，有的逃亡，有的临阵倒戈。
军队发生哗变，结果可想而知，宋忠只得披挂上阵，最终被活捉。
朱棣很爱惜宋忠的忠心，以卑辞厚礼招降，宋忠一口拒绝。在朱棣眼里，不是朋友，就是敌人。既然是敌人，朱棣就不会放过宋忠。
北平城被占领，居庸关被攻破，怀来被攻陷，大将宋忠被杀。朱允炆万万料想不到朱棣的速度如此之快，万分惊恐。
叛军首战告捷，势如破竹，气势大增，不到20天，就聚集了好几万人。
朱棣以“靖难”为旗号，为了证明自己的合法性，朱棣废除朱允炆建文的年号，改用洪武的年号，仍称洪武三十二年。以清君侧为名开始了一场历时四年之久的战争，史称“靖难之役”。
提到洪武年间，那是令功臣闻风丧胆的年代，因为有功之臣接连被诛杀。经过朱元璋大肆杀戮功臣之后，劲卒宿将已殆尽，致使满朝文武之中竟没有一人能为朱允炆领兵作战，朱允炆只好任幸存的老将耿炳文为大将军，率军十三万伐燕王。
建文元年八月，军队到了真定，在滹沱河被燕军打败，只好退保真定，坚守不出。朱允炆听到耿炳文兵败，又临阵易将，用李文忠之子李景隆替下了耿炳文。李景隆来到穗州，召集兵马，又调来各路军马五十万，在河间安营扎寨。燕王知朝廷易将，大喜，说道：“李景隆膏粱子弟，不习战阵，朝廷这是坑了自己啊。”
九月，李景隆至德州，收集耿炳文溃散士卒，并调各路军马共五十万，进抵河间驻扎。李景隆军中的一些措施布置被燕王侦知后，他笑着说：“兵法有五败，景隆都犯了。为将政令不修，上下异心，这是第一；北平早寒，南卒皆穿布衣，不能披冒霜雪，而且军无余粮，马无足草，这是第二；不量险易，深入趋利，这是第三；庸碌贪婪，气盛而刚愎，仁勇俱无，威令不行，三军易挠，这是第四；部曲喧哗，金鼓无节，喜欢阿谀奉承之辈，专任小人，这是第五。他五败全犯，还能胜我吗？”为了引诱李景隆深入，朱棣就叫姚广孝协助世子朱高炽防守北平。
大部分军队被带走援救永平，攻围永平的江阴侯吴高见燕王兵到，退保山海关，永平解围，燕王顺路兵趋大宁。宁王一直管辖着大宁，所属朵颜诸卫，多为蒙古骑兵，骁勇善战。朱棣起兵后，就想把它合并过来，扩大自己的军事力量，而朱允炆下令削除宁府的三护卫以阻止宁王与朱棣合兵，这个情况被朱棣得知后，认为这是袭取大宁的好机会，遂由刘家口直奔大宁。十月，合并了大宁宁王部属及朵颜三卫的军队，收编宁王的精锐八万人，此时才班师回营。
李景隆听到朱棣去大宁，遂率兵进攻北平，燕王为了诱敌深入，故意撤走卢沟桥守兵。十月，李景隆驱兵直抵北平城下。朱高炽布置严密，守卫严紧牢固。李景隆军队虽多，面对坚城，却无可奈何。南军中唯有都督瞿能勇敢善战，他与两个儿子率领精骑千余，杀人张掖门，其势不可抵挡。但是因为援兵不到也只好勒兵等待，李景隆又怕瞿能得了头功，派人阻止，要他等大军全到，一起攻城。因此使燕军得到喘息的机会，连夜提水泼到城墙上，天寒结冰，南军第二天无法攀城攻击。几次攻城失利的李景隆只好屯兵于城下，在郑坝村布置军队。十一月，朱棣回师至北平郊外，进逼李景隆军营，城内燕军亦出击，内外夹攻，李景隆率败军连夜败逃。第二天，士兵听说主帅李景隆已逃，及弃兵粮南奔。李景隆兵败的消息传到南京，朱允炆问黄子澄，黄子澄却隐瞒实情，谎称：交战屡胜，因天寒，暂回德州，等来春进发。黄子澄还派人告诉李景隆隐瞒战败情况，不要上奏。朱允炆被这些臣僚蒙蔽，加李景隆太子太师，予以奖励。
建文二年（1400年）四月，李景隆会武定候郭英及安陆侯吴杰等合军六十万，号称百万，进抵白沟河，都督平安率精兵万骑为前锋。燕军方面，朱棣令张玉领中军，朱能领左军，陈亨领右军，为先锋，丘福领步骑继之，马步十余万，双方在白沟河。燕兵被前锋平安和都督瞿能父子率军击败，燕兵右军主将陈亨被平安所斩。但南军没有抓住大好形势，兵虽多于燕兵数倍，但将帅不专，政令不一，不能在有利时扩大战机，在遇到挫败时，又不能及时部署兵力阻遏燕军的攻势。所以在南军主将瞿能父子战死、平安所部被燕军朱能打败之后，便溃散得不成军队，燕兵又乘风纵火，烧其营垒，郭英、李景隆等溃逃。数十万将士被斩或溺死，万里尸横。李景隆只单骑逃往德州。五月，李景隆又自德州逃到济南，燕军追到济南，将李景隆的十余万部队击败。朱允炆到这时才觉察出李景隆的无能，便以盛庸代李景隆为大将军，擢升铁铉为兵部尚书，赞理大将军军事。
十月，燕军破沧州，徐凯等人被俘。十二月，燕军进入山东，至临清、馆陶、大名、汶上、济宁。南军主将盛庸与铁铉于东昌誓师励众，检阅精锐，背城而战。这时，屡战轻敌的燕军在东昌大败，朱棣的亲信将领张玉死于战阵，自己也被围困，后来朱棣率援军赶到才得以突围。
建文三年（1401年）二月，朱棣又率军出击，先后于滹沱河、夹河、真定等地败盛庸、吴杰、平安的军队，随后又攻下了顺德、广平、大名等地，占领了河北大部分郡县。建文四年正月，燕军进入山东。济南为铁铉驻守，城坚难破，燕军只好绕过济南，连破东河、汶上、邹县，直至沛县、徐州。四月，燕军到了宿州，平安率军跟踪至肥河，袭击燕军。总兵何福以十余里的列阵，沿河向东挺进，徐辉祖又率军前来支援，与燕军在齐眉山大战一番。结果燕军损失惨重，骁将王真、陈文、李斌以及都督韩贵都战死了。燕军士兵不习惯连绵的暑雨和泥泞的道路，并且又有疾病流行，燕军处于极为不利的形势之中。当时两军对峙于肥河两岸，朱允炆错误地认为燕军就要北归，京城不可无良将，在双方决战的关键时刻，竟撤回了徐辉祖所统的军队，致使前线的军事力量大大削弱。燕军抓住战机，全力进攻何福军，破灵璧，南军大败。何福单骑逃走，平安及陈晖、马溥、徐真等37人都被抓获。
五月，燕兵收降泅水，南军进抵淮河岸边，南军盛庸列阵南岸，燕王设计突袭南军，主将何福弃众先逃，南军弃甲而走，燕军遂顺利渡淮，直趋扬州，扬州不战而降，接着高邮也来阵伏。燕军破仪真，京师人心被燕军往来于长江之上的船只震慑，大臣多为自全之计，求出守城，城中空虚。六月，燕军誓师渡江，盛庸兵列阵沿江二里抵御，但是面对数百燕军，盛庸士兵都不作抵抗，燕军又乘势夺取镇江。京中听说后，乱作一团。方孝孺献计，言城中尚有兵二十万，可据城死守，命城外百姓入城。在兵士的驱赶下，城外百姓不分昼夜，拆屋运木入城，劳苦饥渴，死了很多人，老百姓怨声载道。又令诸王分守城门，以割地为条件向燕王讲和。诸臣声称在外募兵，静观战局，无人肯募兵勤王。谷王穗与李景隆开金川门降于兵至城下的燕王。宫中火起，建文帝朱允炆下落不明。
本来，朱允炆采取的削藩政策是有利于中央集权的统治的，但他所重用的齐泰、黄子澄、方孝孺等人，是一群既不懂军事，也不会打仗的文弱书生。他们虽高喊“削藩”，但没有相应的军事部署来与之响应，当耿炳文受挫折时，却用了李景隆去统率大军，以致几十万军队在不到一年的时间内被李景隆断送。而朱棣久经沙场，军事经验丰富，他所统率的军队愈战愈强，为以后的战争胜利打下了基础。
此次统治阶级内部争夺皇位的战争，经历了四年之久，它给明初刚刚恢复的社会经济带来了极大的破坏。