经过和叔父的这次谈话，郑成功更加坚定了自己的志向。由于郑成功和叔父谈得非常投缘，不知不觉两个时辰都过去了。看到时间不早了，郑成功就告别叔父回家了。第二天，郑成功随父去福州布政使衙门，此处是隆武皇帝的行宫。郑芝龙携子觐见，隆武帝十分高兴，并高兴地走下台阶，亲手将郑氏父子扶起，随后，同他们亲切地交谈起来隆武帝说：“郑森，据说你曾在南京国子监念过书，聆听过当今大学者阮大铖、钱谦益的教诲。他们衷心拥护我大明，不管风云如何变幻，始终矢志不渝，与反明派势不两立，哪怕受尽千难万苦也不改初衷。这样的忠臣贤才，如今真的是很少了啊。你能做他们俩的得意门生，说明你和他们有缘啊。俗话说得好，‘师高徒不庸’。据说你也是莘莘学子中的翘首之才，很关心时局，有宏大的抱负，有志于匡扶明室。当下，朝廷人才匮乏，急需治国的贤才良将。朕今日召你来，就是想听听你对当今时局有什么看法，有什么应对之策。你愿与朕畅所欲言吗？”
隆武帝的这一番话，让刚开始还有些紧张的郑成功立即放松了下来。看到隆武帝很像兄长，说话斯斯文文，举止文质彬彬，丝毫没有皇上的架子，他毕恭毕敬地说：“启禀皇上，论国政，微臣不敢。”
隆武帝见郑成功有所顾忌，于是便说：“郑森，但说无妨，说错了朕不会加罪于你。今天是我与你共同探讨国是，也是你从政的开始，尽量发挥出你的聪明才智，抛弃思想顾虑，一展所长吧！”
听到皇上这样说，郑成功就将那些顾忌抛诸脑后了。心想：此次皇上让我谈论时事，言必针砭时弊，务必有益于社稷民生，有益于朝政；最忌讳的是言不由衷，抑或似是而非，泛泛而谈，于人于事毫无益处。只有这样，才能够让皇上信任自己，重用自己，而且自己也可以为光复明室贡献出一份力量。想到这些，郑成功就开诚布公地说：“皇上，眼下南廷伊始，国事冗杂。仆身于局外，而心怀朝纲，旦夕不敢懈怠，盖思先帝，忧乎危倾耶。近闻朝中以拥立一事，相仇益甚，至有讹言流布，危机暗伏，波诡云谲，层出不穷。此乃仆所至忧也。社稷维艰，于此为甚！纷纭国事，至大至重者，莫过于抗清图存。凡我大明人士，岂无覆巢之忧乎？更有同仇敌忾之志！当此之时，山头之防，流派之争，实不妨暂置于脑后，而应捐异求同，悉心忧国，大明方有生路。此虽愚者也当能省识。以仆之见，新君既已登基，诸君子不必耿耿于昔日之异议，而生离心离德之念。前车之辙，后车可鉴，崇祯帝在位时，官吏擅权枉法，置江山安危不顾，尤言而无信，口蜜而腹剑，不恤民情，致使国家灾难不断，民不聊生，仍要敲诈勒索。昏官佞臣，鱼肉百姓，不以为耻，反以为荣，致使天下苍生不保。因此，揭竿而起者如洪水溃堤，势不可挡！成群结党，麇集于李自成麾下，岂不是官逼民反！鉴于此，治国不在治民，而在治吏，官吏治好了，不贪不占不嫖不赌不勒不索，民受益自然而安矣，民安天下安，民顺天下顺。有如此苍生，何愁江山不稳。社稷不强，区区满儿、胡孙之流，何足惧哉！”
郑成功的这一席话说得是正中时弊，一针见血。听完这些，隆武帝龙颜大悦，高声地说：“所言极是！那么，依你之见，除了严惩贪官污吏外，还有什么是当务之急呢？”
“回皇上，这些症结最主要的根源就是用人的问题，用人不当，不善于用人是导致以往政权灭亡的主要原因。譬如说：福王执政一年未满就失败了。为何败得如此之快？究其原因，固然很多，但主要还是用人不当。朝廷大权被马士英这帮小人窃取去了，而此人结党营私，热衷于小团体、小利益，不顾黎民死活，一味擅权枉法，危害了国家利益。朝野上下，朋比为奸，使那些忠君爱国之士受气受辱，无权无势，纷纷下野去当隐士，有的干脆去投奔清廷，另谋出路。比如南京兵部尚书熊明遇、兵部左侍郎徐石麟、内阁首辅周延儒等便是其中的代表。当然，他们有自己的不是，但更多的不是则在朝廷。常言说：‘一人不正其道，万人不继其后。’这是毋庸置疑的。”郑成功满怀豪情地说着，隆武帝也仔细认真地听着，并且还时时点头，面带微笑。
经历了这么多的事情之后，郑成功也是一直想找一个志同道合之人说说自己的雄心壮志，而此时，听他陈词的却是皇上，这让他感到非常的兴奋和痛快。于是，他又接着说起来：“不妨再看看清廷用人之策。摄政王多尔衮可谓是个奇才，其人不仅武功卓著，懂军事，善于攻防之术，而且还富有对天才的组织能力，很会用人。正如他所说的‘文治的诀窍，无非用人二字’。用人得当，事业自然成就得快。他网罗了我大明许多降臣，削弱了我大明的力量，壮大了他自己。这不能不说是我们失败的症结之所在；也不能不说是他成功的秘诀。比如说：清廷诱降了洪承畴一类重臣，省了他们许多气力，又重用他们长了不少见识。还有一位重臣大学士冯铨，此人归隐后，特地被从涿州请去，帮他恢复明朝制度。清朝的许多朝制是借鉴明朝而来的。冯铨曾追随过魏忠贤，跟他学了不少治国之道。若论其人品行，实属末流，故而魏忠贤不重用他。而多尔衮善用其长，使清朝的制度很快顺利地建立了起来。这可谓是多尔衮精明过人之处。还有在崇祯时期担任过大学士的谢隍，也被多尔衮重用。顺治元年有六个大学士，其中除两个他族人之外，四个是汉族人，就是范文程、宁完我、洪承畴、冯铨。他们起到了无人可以代替的作用。多尔衮还特别提拔重用一个汉人宋权。宋权曾任过顺天巡抚之职。此人曾向多尔衮建议，革除明朝的一切苛捐杂税，只留明神宗万历初年的‘正额’；又建议把军民分籍制度取消，不再强迫军人籍的子弟服役，而这些建议多尔衮一一采纳，这些建议和政策为更好地收揽民心，瓦解明军起到了巨大的作用。总而言之，多尔衮的用人之策是成功的。他不仅收买了人心，变敌为友，使南方各省官员思想动摇，反清不力，使上下不能合力，如人身上的血液不能畅通一样，自然这个人不久就会患病而亡。我大明的江山才落到今天四分五裂的局面。”
郑成功的这些肺腑之言，句句都是言之有物，正中时政。听完了郑成功的一席慷慨激昂的陈说，隆武帝心中顿时也好像也更加有了信心。他握着郑成功的手激动地说：“没想到你如此年少，就对国事了如指掌，真真不愧为奇才，我大明有此人才，实乃天幸也！”皇上以羡慕的眼神望了望郑芝龙，这眼神分明是在感谢他养育了这么一个出类拔萃的儿子。然后，他又转向郑成功说：“我大明连连受挫失势，国难如此深重，已到了朝不保夕的地步。眼下，如何才能尽快扭转这一颓势？”
郑成功稍作思考便说：“皇上，愈是时局艰危，愈要体恤民情，取信于民，切莫欺民压民，万万不可视民为草芥，任意糟蹋之。首先，要激励义士，戮力同心，统一行动，振奋士气，一致抗清。眼下，江西、浙江、福建、两湖、两广均有义师，应尽快联合这些力量。他们不但能阻止清兵南下，而且还能重创顽敌，乘胜北征，收复失地，重振我军雄风。若能连挫顽敌数次，劣势将会变为优势。其次，要力固阵地。闽浙地势险隘，易守难攻。南边傍海，通洋经商；北陲山峻，藏身游击。我军如此运动自如。再派大臣前去各府县安抚士民，稳定人心，渡过难关。若能如此，我大明江山何愁不能光复？”
隆武帝静静地听着，越听越心悦诚服，觉得他所言深中肯綮，利弊均陈述得精微独到，同时也深深地感觉到郑成功是一个不可多得的人才。不由得对郑成功说：“难怪众人都说太师平国公有个小诸葛，果然名不虚传。只可惜朕无公主赐你，就敕封你为禁军提督，享受驸马待遇。赐姓朱，易名朱成功。”因此朝廷内外都称郑成功为国姓，普通百姓或他的下级便称他为国姓爷。另外还命他为宗人府宗正、御营中军都督，仪同驸马都尉；自此，中外称之为国姓；第二年三月，再封他为忠孝伯，赐尚方宝剑，挂招讨大将军印。
听到皇上的封赐，郑芝龙也是非常的高兴。郑成功连忙叩头谢恩，然后又信誓旦旦地对隆武帝说：“朱成功生为明朝人，死为明朝鬼！一臣不事二君，永远从一而终，决不食言！”
隆武帝收到这样的一员忠臣良将，愉悦之情溢于言表。并当即写下：“忠君之心，日月可鉴。”隆武帝又降旨，将此八字制作镏金铜匾一块，高悬于郑府中堂之上。铜匾金光闪闪，满屋生辉，这也昭示着隆武帝对郑氏一家的浩荡皇恩。对于这件事，还有一个传说：说这件事之后没过多久，郑成功在吕祖庙睡觉的时候，梦见了吕祖神秘地对他说：“功至延平，寿至砖城。”醒来后，郑成功觉得很迷惑，怎么也解不开吕祖这句话的谜底。尽管这个传说是神奇的，但郑成功后来被封为延平郡王，在台南赤嵌城（砖城）逝世，却证实了这句话。这也许是后人根据郑成功生平业绩编写的一则传说。
此后的日子里，郑成功每每忆起觐见皇上的情景，兴奋之情便油然而生，久久不能平服。他满怀激情，步入宦途，踌躇满志，展望未来。八月六日，也就是他觐见圣上的第三天，他骑上白马驹登上云端阁，眺望着美丽的风起云涌的马江，心比海阔；仰视苍穹，志比天高。兴之所至，偶成五绝：“只有天在上，而无山与齐。举头红日近，回首白云低。”
郑成功以此诗作为忠君律己的座右铭。他亲笔书成条幅悬于书斋里，时常举目反思，伏首思过。隆武帝的宠爱和器重，使郑成功大为感动，恨不能披肝沥胆，以重振明朝。
然而，他的父亲郑芝龙一方面博得隆武帝的信任，一方面又与清军私下来往。而当郑成功看清楚这些的时候，心中也是非常的失望。这次和隆武帝谈话后，郑成功逐渐走上了一条与他的父亲郑芝龙截然不同的道路。郑成功之所以有这样的思想不仅仅是时势造就，还有他自身的经历和接受的教育的影响。因为，他与他的父亲郑芝龙当海盗求官职经历不同，他自小就受到儒家忠君爱国的教育，不仅是大明名将之子，也是受皇上宠爱的忠臣。而郑芝龙有过天马行空的经历，已形成了进退都由自己打算的行事作风。但对儿子的教育，郑芝龙仍不能不教以忠君报国，教者往往出于形式，听者却在认真领受，这种矛盾导致了后来父子的决裂。其实，在崇祯末年的时候，郑芝龙曾经主持编修郑氏族谱。而在当时的形势下，除了宣传忠君报国积德行善外，也拿不出别的主张。当时郑芝龙给族谱做序时，大发议论，讲了一番做人的道理。他的意思是做人不能忘本，不能忘亲，不能忘君。他对子孙的具体要求是：今虔瓣一炷香，上告列祖，下勉我子孙，自今伊始，有力学显亲、国尔忘家、以光吾宗者乎？有廉能倡义，孝悌力田于乡里、称善于人乎？准附诸庙。不然者，匪类招摇，莩葭与滥，祖宗且以罪人视之也。虽位贵显，莫于吾庙溷焉。
但是，当初的郑芝龙的这些宣言和后来他的做法形成了巨大的反差，甚至是背道而驰的。可以说，郑成功后来与郑芝龙的决裂也是必然的。当时的这种家教与郑成功在南安县学中所学的完全一致，不能不留给他深刻的影响。当郑成功到宗庙拜祭时，面对祖先的神位，读着堂上“有一点欺，何堪对祖；无十分敬，漫许登堂！”的联语，这些思想都深深刻在了他的脑海里。
当清军了解到隆武帝正在励精图治的时候，他们也越来越感到不安。于是，清军的探子曾向朝廷飞檄告急，说：“皇上若不急发大兵南下，恐两王已定之疆土，非复朝廷之有也。”尽管隆武帝一心想光复明室，但是在与鲁王争执正统的同时，内部的政权争夺也是非常的严重的。隆武帝虽为皇上，但几乎是傀儡皇帝，郑氏一族把持着军政大权。更为严重的是，郑芝龙拥兵自重，另有打算。他的目的不是向北抗清恢复明国，而是要挟天子以令诸侯，成为一方之霸主，并借此广置财产。在隆武年间，郑芝龙秉政数月便增置了仓庄达500余所。郑鸿逵为巩固自己的地位，向隆武帝进献美女12人。隆武帝不敢得罪郑鸿逵，但也从不亲近这些美女，只是把她们置于宫中而已。
正当此时，清军政权初定，同时也对南方的隆武政权虎视眈眈，并且随时会派大军进犯。为了恢复明室，争取主动，不让清军有喘息的机会，朝中有很多的大臣都进言把握战机，大举北伐。然而，此时的郑芝龙已经没有了当初的血性和斗志，而是一心只求安乐富贵，明哲保身。虽然文武官员一再要求北伐，但是郑芝龙总是借口粮饷不足而阻止。郑芝龙手握重兵而不愿出兵，显然心存异志。郑鸿逵也认为这样不对，但不能说服郑芝龙。他因而十分愤恨，甚至想出家为僧，后来因为不满，志不得伸就愤而隐居安海，不再过问朝中之事。
隆武帝是郑氏拥立的，说白了就像是傀儡皇帝，没有实权。虽然隆武帝有兴复明室的大志，但是也苦于没有军队实权。于是，每每饮酒微醉之处，无不流泪叹息。一天郑成功来到宫中，见到隆武帝的神色不对，便跪问其因。隆武帝说了他不能复国，甚感悲切的心情。郑成功此时已知他父亲郑芝龙并非全心复国，而是另有打算，感到很对不起隆武帝。二人为眼前的艰难形势下不能一展宏图，大感悲痛，不禁相持大哭。隆武帝问郑成功：“汝能从我行乎？”郑成功说：“臣从陛下行，亦何能为？臣愿捐躯别图，以报陛下。此头此血，已许陛下矣！”郑成功手中没有兵权，即使跟随隆武帝左右也没有多少作为，此时他已考虑“别图”，另寻报国的出路。即便是在这样的情形下，郑成功也丝毫没有退缩，而是尽自己最大的努力来保卫明朝疆土，抗击清军。他忠心可嘉，更没有辜负隆武帝的知遇之恩。在后来的抗清斗争中，直到他病逝，他一直没有投降清军。