面对母亲被杀，国家被灭，再加上他的父亲郑芝龙又投降了清军并且被作为人质，悲痛和仇恨充满了郑成功的内心。在这样的形势下，郑成功没有被击倒，随后，他就又一次勇举义旗，招揽贤才，以发展壮大自己的实力。因为他知道仅凭一人之力是难以成就大事的。在明朝的遗臣和天下的志士们都纷纷归附后，他又开始看手于严明军纪，增强军队的战斗力。很快郑军就成为一支可以和清军抗衡的军队。此时，清廷开始实施诱降的计划，但是，郑成功早已看穿这些，清廷的诱降计划多次失败。
郑成功厚葬了母亲，烧了儒服和庄园之后，走上了领导有志之士抗清的道路。其实，郑成功心里很清楚，自从与父亲决裂，分道扬镳之后，自己不断受到各界有识之士的褒扬，他也是众望所归。这使他更有决心、更加自信成为群龙之首去完成时势赋予的重任。于是，他勇举抗清的大旗，并且差人去把志同道合、立场坚定的叔父郑鸿逵、堂兄郑彩及甘辉、张进、朱益等人请来，商议今后的抗清复明的行动方向和目标。
很快，那些有着反清复明的共同志向的人士都相继赶到，比较有威望的就有几十人。看到这些有志之士，郑成功觉得报国仇家恨的时间不会太远了。他推心置腹地对众人说：“今天请诸位来，是想议一议举旗大计。当前，鞑子悍然南侵，肆无忌惮，涂炭生灵。正值我们为国捐躯之时。既然诸位委我重任，那我就当仁不让，更不会贪生怕死，哪怕面对的是刀山火海，我也会率先冲锋在前。只有消灭鞑子，方有出头之日。为此，还须各位畅所欲言，献计献策，各抒豪情。”
听完郑成功的一番话，众人无不动容。这个时候，郑成功的叔父郑鸿逵首先开口说：“愚叔甚感欣慰。有生之年目睹贤侄志向远大，愿为国毁家，匡扶社稷，并有文韬武略和驱除满人的雄心壮志，愚叔感到莫大的鼓舞。虽为老骥，但愿驰骋侄儿之侧，决不落伍，心中唯有我大明江山，洒热血，抛头颅，一切不足惜……”郑彩见叔父郑鸿逵率先倾吐了衷肠，颇受感动，于是也紧接着慷慨陈词：“堂弟高瞻远瞩，弃小家而顾天下，舍功名而尚武道，弃父勤王，唯明室至上，这种精神委实令我感佩！愚兄虽不才，不能惊世骇人，但愿供驱使，永远追随，绝不回首。”此时，郑成功的徒弟甘辉也显得坐不安席，快人快语地立下誓言说：“佞臣倾覆国家，忠臣舍己挺身而出。这种精神可歌可泣。我辈无能，没有惊天动地的大才，但也绝不坐视旁观，愿追随英雄，赴汤蹈火勇往直前，决不后退一步。鞑子一天不灭，鄙人一天不下沙场；我将视为国尽忠、为明室守节、为百姓请命为天职。”
这前面几位都是和郑成功有着深厚交情的人，他们都表了决心，这让郑成功感觉更有信心和决心了。然而，郑成功知道，仅仅靠一腔激情是做不成大事的，他此时更需要有人来帮他出谋划策，以图长远。正当他在思忖之际，张进献策说：“兴兵抗清，救亡图存，我张进责无旁贷。愿为举事成功，鞠躬尽瘁，死而后已。但唯我等几人难成大事。目下，招兵买马是当务之急，我愿担当此任。另外，已有的军队还需要整编。同时，要把我们的治军宗旨向兄弟们说明白，能留者则留，不能留者就发路费，决不强求，强求的兵不是好兵，尤其郑家军更应该是王者之师，与他军有不同之处，只有这样，我们才能够早日完成大业，收复河山。”张进的一番话让郑成功担忧的问题迎刃而解了。他就是需要这样的人。听完后，郑成功连连称赞。
经张进这么一点拨，在座的人思路就全被打开了。此时，坐在一旁的郑彩又接过话茬来说：“南澳一带岛屿有不少闲散军人，以国姓爷的威望树起义旗，相信他们会闻风归附。因此，应预先作好收容的准备工作。另外，还须在沿海各大港口码头，建立营房，发动当地百姓参与，同时做好安抚工作，争取民心。还要大力宣传，争取各方支持，疏通兵源渠道。”郑成功闻言大喜，当即表态，将全部家当献给义军，作为军饷。郑鸿逵也当即捐资数万银两，并表示愿亲自赴厦门、漳州、潮州等地联络旧部，劝他们顾全大局，一同参与举事。甘辉、张进表示愿负责筹备举旗事宜。在接下来的时间里，一切事情都按计划顺利实施，颇有成效。当时，郑成功驻军所在的地方，当百姓听到国姓爷的复明大计之后，都纷纷前来献策。有一天，一个八旬老翁捋着银须，颤颤巍巍地来对郑成功说：“国姓爷，老朽祝贺你举旗马到成功！举旗之日送你四个大字。你宜作黑色旗一面。”郑成功笑盈盈地打躬问：“请仙翁明示，哪四个大字？”“弑父报国。”言讫，便不见老翁人影。郑成功甚觉诡异，心想：莫非青天白日见鬼了不成？郑成功觉得这件事有些蹊跷，于是当叔父郑鸿逵联络旧部归来，报了喜讯，谓各部愿率军来助的时候，郑成功就将这件事情原原本本告诉了叔父。叔父听了大喜，认为是天意。郑成功叫人做了一面黑旗，旗上绣着“弑父报国”四个大字，并决定在起义的那一天将这四个大字与义旗一同悬挂在旗杆上。郑成功的此举立即招徕无数志士前来观瞻，看完之后，在场之人莫不赞叹郑成功大义灭亲的英雄气概，纷纷请求留在义军麾下做名士兵。真个是旗开得胜，马到成功，义旗一举，应者云集。
然而，尽管开局良好，郑成功也深深地知道，要想长久地与清军抗衡，仅仅靠这点军队是不行的。不仅如此，盘踞在这小地方更是不行，还需要有更大的抗清的阵地，只有这样，才会有更大的胜算和希望。于是，经过商议，郑成功决定去南澳诸岛。因为在那里有他父亲的旧部，有大量的舰只和商会，既是经营的理想商埠，又是军事要冲之地。名将黄廷坚、洪日庥、林久屿等将领，在郑芝龙降清时执意不从，率部占地为王。这个时候，得知郑成功举起抗清大旗，号令天下，他们纷纷率部前来归附，愿在“弑父报国”的大旗下做马前卒。不仅如此，还有昔日弃甲归田的将士以及逃散的兵卒，闻风后亦负枪荷刀纷纷赶来。一时间，归附者、投军者络绎不绝。数日之内云集在郑成功麾下的将士达数万之众。这种形势大大鼓舞、激奋了民心军心，连浙江巡抚卢若腾，进士出身的社会贤达费宏富、南安缙绅施朗、明末大儒吴学究、军界名宿司马德仁等也陆续投于郑氏麾下。一时间，郑氏集团实力大增。于是，时人激赏：“成功振臂一高呼，天下英雄尽归附。”没过多久，各路人马聚集齐整。
在举义旗之日，郑成功就意识到必须要有一个巩固的军事基地，这样才能进可攻，退可守。金门、厦门两岛乃沿海重镇，据之可纵横南澳诸岛，退可雄视同安、漳州、泉州、潮州等地，只可惜现在这些军事要塞和经济重镇暂不归义军管辖。不过，那几个岛屿在郑氏家族的人手中。守将郑联，是个成天沉湎于声色犬马的乐天逍遥派。好端端的地方开发不出优势来，这还罢了；更坏的是他吃一看二，攘臂瞋嗔目，肆取军饷，挥霍无度，引起部下的不满，并且曾经由此导致军营哗变。虽然终因郑氏军界势大，哗变被平息，但仍危机四伏。因此，几位部将向郑成功建议：“既然郑联如此昏聩，何不夺其之地，作为我军发展基地。若不然，必坐视失之。失于他人，利人不利己也，而我们夺之，有理有据，有何不可！”郑成功听了不禁错愕，他的为人处世原则是与人为善，不到万不得已，不轻易伤及他人。何况郑联是自己的堂兄，夺他地盘之事更让他一时难下决断。洪日庥深知郑成功的为人，力谏说：“不除郑联，厦门失守是迟早的事。别人夺去，郑联性命难保；我们夺来，尚可保他荣华富贵不失。两全其美之事，将军为何犹豫不决？当断不断，痛失良机，悔之晚矣。”郑成功礼贤下士众人皆知，他对洪日庥一番肺腑之言感激不尽，却仍踌躇不决。于是写了一封书信给郑联，恳求他并肩抗清，谁知郑联接信后置若罔闻，对郑成功的一片赤诚竟漠然不理。迫于无奈，众将劝郑成功再来一次大义灭亲。郑成功不得不痛下决心，发令夺取厦门等地。
当晚，皓月当空，皎洁的月华照临大地，使黑夜变成了白昼似的。海上风平浪静。厦门港埠市井热闹非常，到处是灯红酒绿，歌舞升平。酒肆里在猜拳行令；赌场上张胡子不认李胡子，强打恶要，唤爹喊娘，凄厉的声音，使黑夜战栗；街道里吆五喝六，乱哄哄一片；剧场里各种角色栩栩如生……万籁齐鸣，喧腾一片。郑联和他的军士们正各得其所，快活得如神仙中人呢。
这时，甘辉和张进各带五百人马，乘快船飞抵厦门港。岸上防务松懈，巡海船只泊在沙滩上，竟然无一兵一卒看守。甘辉、张进领兵登陆，竟无一人知晓。神兵直捣营房，郑联全军乱作一团，糊里糊涂地乱放枪炮。别人倒没吓倒，却把自己人吓了一跳。常言说得好：军中无大将，不如一缸酱。乱糟糟的军营，被甘辉、张进他们打得一败涂地。眨眼工夫，甘辉、张进的人马便夺了厦门港。夺了厦门后，郑成功大会文武官员，一一论功行赏。赏罚分明，令全军上下群情激昂。郑成功说：“如今我们有了厦门作为根据地，抗清复明的事业更有保障了。从现在起，我们有了一席立足之地。我建议把厦门易名‘思明州’。我们住在思明州里，就不会忘了复明的大事。”言罢，众将士纷纷赞成，他便委任郑擎宇为思明州知府，萧拱振为义军参军，甘辉为亲王镇，施朗、施显分别为左右先锋镇，张进、朱益分别为前后镇。顿时，厦门晴空万里，云开雾散，形势大好。军民喜气洋洋、大修工事、广筑碉堡、辟演武场，忙得不亦乐乎。义军从宣布成立之日起，不足半载，一个稳固的抗清复明基地便在风雨飘摇之时建立起来了。它雄视沿海，辐射内陆，作用之大，不言而喻。一个生机勃勃的局面出现了。作为义军领袖，并对救亡图存的全局负有重责的风云人物郑成功来说，这是何等的喜幸之事啊。由此，郑成功的抗清复明大业又进入了一个崭新的阶段。
随着战事的不断发展和变化，郑成功的队伍越来越大，清顺治五年（1648）五月，郑成功统领林习山、甘辉等进攻同安。把守同安的清军将领是游击祁光秋和协防游击廉郎。二将集合步兵骑兵和九都的乡勇，抵抗郑军，双方大战于店头山。甘辉挺身出战，清军守备王廷的坐骑失蹄被斩，清军溃退。祁光秋与廉郎紧急抽兵入城。夜半二更，祁、廉与知县张效龄打开西门逃走了。第二天天一亮，城中百姓得知文武官员弃城而走，便迎郑成功入城。郑成功发布命令，安抚百姓，不许骚扰。郑成功命叶翼云为同安知县，劝说百姓捐献粮饷，以助军需；又命陈鼎为县学教谕，传告在学诸生，起义勤王。