同治帝载淳6岁就学，启蒙老师是翰林院编修李鸿藻，他是咸丰皇帝在世时为皇长子选定的师傅。同治元年（1862年），载淳在北京紫禁城登基。慈安皇太后、慈禧皇太后发布懿旨：“李鸿藻及礼部尚书前大学士祁寓藻、大学士翁心存、工部尚书倭仁，均著在弘德殿授读。”同治皇帝的师傅由一位增加到四位。同治二年（1863年），太后以惠亲王绵愉行辈最尊，品行端正，命其子奕详、奕询为同治伴读。
在中国历代皇帝中，清朝皇帝可以说是最勤于政事的。他们每天要召见军机大臣，要亲自批阅内外臣工的奏章文牍。为了胜任这些事务，需要一定文化素养。因此，历朝皇帝对皇子的教育比较严格，对小皇帝尤其严格。由于同治不是像皇子那样可能当皇帝，而已经是皇帝，因此他给安排了不少功课：有蒙古文、满文、汉文、拉弓、射箭、打枪、骑马等。对他来说，一年中可以放假不上学的日子，只有年假、端午、中秋等三十余日，以及暑期中的半假四十余日而已。同治的师傅还规定：“诵读与讨论二者不可偏废，皇帝读书之暇，总宜与师傅随时讨论，以古证今，摒除虚仪，务求实际，切勿诵声甫辍，旋即退息。”其他规定还多，不复赘述。凡此种种，对六七岁的小孩子来说，分量未免过重，但这是遵循200年来的祖制，并已造就了几代人君。对于嬉戏成性的同治帝来说，学业越严逆反心理越强，他虽然不敢公然逃学罢课，然而“多嬉笑”“精神不聚”，种种厌学之态日甚一日地多了起来。
本来同治自幼聪颖，有人君的风度，而且天性浑厚，按常理发展，本可成为一个有所作为的人。可是同治虽然贵为一国之君，却有着诸多的不幸和烦恼。其父咸丰早死，使他过早地失去了父爱；其母西太后自“垂帘听政”以后，一味倾心于宫廷斗争，争权夺利，对同治很少关心，根本没有什么母爱可言，更不用说母教了。年幼的同治只有和阉臣们鬼混在一起，寻找欢乐，以弥补他那缺少温暖的心灵。同治在稍稍长大之后，在一些贵族子弟的诱导下，经常微服出宫，到处游荡，寻欢作乐。凡有女子的娼寮酒馆及摊肆，他们几乎无所不至，因此同治更是无法安心读书，厌学的情绪越来越强烈。到了16岁，即将大婚亲政了，同治对学习仍不热心，还把管理国家大事说成是一种苦差事。他的师傅虽然心急如焚，却无法改变现状，以至于同治亲政时，不仅连最基本的经典都理解不了，甚至不会句读，奏折也读不成句，书写时则白字连篇，说话也不太清楚。
当初两宫太后垂帘听政的唯一理由就是皇帝年幼，不能亲理朝政，暂权宜理政，“俟皇帝典学有成，即行归政”。同治八年（1869年）载淳已经14岁了，清初顺治、康熙两朝皇帝大婚、亲政的时候，正是这个年龄。可是慈禧视权如命，不想按时归政，仍然把政权抓在自己手中不放。到同治十二年（1873年）时，18岁的皇帝已经是一个成年人了，不论从哪个方面讲，太后都必须撤帘归政了。这时，慈禧不得已才决定先给同治办婚事，然后归政。
同治此时与慈禧的关系日益紧张起来，母子关系恶化成为宫廷公开的秘密。原因是十多年来，两宫太后垂帘听政，对同治的管束太严。日渐成长的同治皇帝形成一种逆反心理。同治皇帝请安时，和东太后有话说，与西太后简直连一句话也说不出来。而西太后权欲太强，撤帘归政对她来说犹如太空失重，心理难以平衡，尤其是西太后在同治帝婚姻问题上横加干涉，引起母子间更大的隔阂。
同治帝的婚姻是个大问题。找谁做皇后，两宫太后意见不一；起初，经过一番东挑西选，皇后人选的最后目标集中在两位姑娘身上：阿鲁特氏和富察氏。慈安太后起初无意垂帘听政，好容易盼到皇帝大婚成年，便提议以侍讲崇绮之女阿鲁特氏为皇后，认为此女品德才貌皆堪膺皇后之任，对于同治帝主政理事则十分有益，慈禧太后主张以侍郎凤秀之女富察氏为皇后，因为此女年龄还小，性情娇憨，缺乏统摄六宫、襄助帝业的才华和气度，若能为后，便能利用皇后的年幼无知，进一步控制皇后。
二人相让未决，只好让同治自选。同治选定蒙古正蓝旗崇绮的女儿阿鲁特氏。于是奉两宫太后懿旨，册立阿鲁特氏为皇后，同治17岁，皇后19岁，凤秀之女落选，只封作慧妃。新婚之夜，同治帝要阿鲁特氏背唐诗，无一字之误，同治帝更喜欢她，同治大婚之后不久，慈安、慈禧两宫太后正式卷帘归政了。同治帝亲政时表示“恪遵慈训”，就是要遵守圣母的懿旨。同治实际在位只有一年。这一年他做了什么事呢？
同治帝亲政伊始，颇有想法，亲裁国政，一年以内，倒也不敢怠慢，悉心办理。只是他性格刚强，很像慈禧太后。慈禧虽已归政，遇有军国大事，仍着内监密行查控，探悉以后，即传同治帝训饬，责他如何不来禀告。同治帝也很倔强，他想母后既已归政，为什么还来干涉？母后越要他禀报，他却越加隐瞒，因此母子之间隔阂日深。
后来，慈禧看同治与皇后阿鲁特氏打得火热，很少问津另外一妃二嫔的住处，心里很不高兴，便强令其移爱慧妃。同治当面应允，回去后依然不与慧妃亲近。慈禧便以“应当勤于政事”为理由，不让同治常到皇后那里去，皇帝与皇后被慈禧强迫分离。同治精神上受到刺激，痛楚万分，便独居乾清宫。慈禧暗地里让李莲英把慧妃背到御床，谁知同治见了慧妃，却根本不理她，一直挨到天明。
由于受到慈禧的拘束，加之对功课的厌倦，同治便常与小太监或伴读嬉戏游宴，因此逐渐放荡成性。有个翰林侍读王庆祺，擅长谄媚，在入值南书房时，得到同治皇帝的欢心，赏加二品衔，命为毓庆宫行走。王庆祺经常偷偷将“秘戏图”带进宫里，呈皇帝阅览。
另外，同治一直与恭亲王奕的儿子交往密切，此人非常聪明机敏，但是为人很轻佻。他和同治从小在弘德殿读书，是同治的伴读。当时，恭亲王奕在弘德殿行走，照料皇帝载淳读书，也可以管理自己的孩子。小皇帝好嬉游，他就经常引导他玩些新花样，两个人非常投机。恭亲王经常告诫他不要和皇帝玩那些不好的游戏，但他根本不听。后来，他和同治一起演淫戏，被奕赶回家，围禁起来了。几年过去之后，同治忘记以前的事，仍然召他入宫相伴。他们两个一起化装出宫，还去嫖妓。
家庭失和，办事不顺，苦闷的同治一直过着荒淫不堪的生活，因此严重损害了健康，不久他便得了一种浑身溃烂的病（有人说是性病，也有人说是天花）。
由于同治不喜欢慧妃，慈禧皇太后便不喜欢皇后，常找茬儿难为皇后。因为慈禧处处刁难，皇后日子过得很不舒心。同治病重，皇后护侍，也遭到慈禧的呵责。一天，皇后前去养心殿探视，二人说了些私房话，被慈禧皇太后知道。慈禧怒不可遏，闯入暖阁，“牵后发以出，且痛扶之”，并叫来太监备大杖伺候。据说皇后情急之下说了句：“媳妇是从大清门抬进来的，请太后留媳妇的体面！”慈禧动怒，同治被吓晕，病情加重。慈禧见状，才未对皇后动刑。
同治十三年（1874年）十二月初五，同治帝怀着对母亲的痛恨和对人世的眷恋离开人世，终年19岁，他的寿命是清朝十二帝中最短的。皇后阿鲁特氏见同治皇帝死，大恸大悲，不思饮食，吞金自杀，获救得生。皇后之父崇绮，奏告慈禧皇太后。皇太后回答：“可随大行皇帝去罢！”就是说可以随夫殉死。而且慈禧不为同治立嗣，实际上也就是不为皇后留余地，皇后只有自尽一条路可走。崇绮将慈禧的话告诉女儿，阿鲁特氏更存了必死之心。光绪元年（1875年）二月，同治帝死后75天，皇后阿鲁特氏“遽尔崩逝”，享年22岁。
同治帝最后葬于河北昌瑞山惠陵，庙号穆宗，谥“继天开运受中居正保大定功圣智诚孝信敏恭宽毅皇帝”。