大约在半个世纪以前，有渔民发现与那国岛的西南方海底有巨大的金字塔和古城堡，这便是让人匪夷所思的海底金字塔。1986年，它被当地潜水专家取名为"遗迹潜水观光区"，吸引了不少的摄影家和观光客，他们潜入海底观察遗迹，而琉球当地学者的也开始着手学术性的海底考古研究。
古城传奇
大约两年前，与那国东南方的新川鼻海底"神殿"被海底考古调查队以电脑合成的方式绘制成立体图，他们根据海底的海龟、灵石、广场等祭拜物的方位得出一个结果，该遗迹可能是古居民聚会祭拜的神庙。神殿北面有两个半圆形的"柱穴"，考古学家指出，这个低洼洞穴可能是女巫举行仪式前的沐浴之处，也可能是让即将献给神的处女沐浴的水池。半圆洞穴东边近处的灵石摆设的方位及方式及冲绳及日本本岛的民间信仰类似。除此之外，位于神殿东方的拱形城门、巨石叠成的城门等建筑，与万年之后才兴起的琉球王国有很多共同之处。城门附近有两块重叠巨石，通过上方留有长方形入口雕孔等看来，该巨石应该经过人力加工，作为城门下方的基石而成为城堡的一部分。
令美、法等国一些科学家惊讶的是，在大西洋中的百慕大三角区进行探测时发现：在那汹涌澎湃，一望无际的海水中，竟耸立着一座无人知晓的海底金字塔！这座神奇的金字塔上有两个巨洞，海水以惊人的速度从这两个巨洞中穿过，从而卷起狂澜，形成巨大的旋涡，使这一带的水域波涛汹涌，海面冒起腾腾雾气。这些发现令人们迷惑不解：在如此波涛滚滚的海底，人们怎样生存、又是怎样建造“金字塔”呢？西方有些学者做出这样的解释：这座海底“金字塔”可能原本建造在陆地上，由于发生强烈的地震，随着陆地沉入海洋，从而使得“金字塔”落到海底。还有些学者猜测，这座海底“金字塔”可能是长期生活在海底的亚特兰蒂斯人建造的。
历史迷雾
几百万年前，对于亚特兰蒂斯人来说，百慕大三角海域的海底“金字塔”可能是他们的一个供应库。美国探险家拍摄到一张照片，这张照片满是旋涡状的白光影像，通过这张照片有人推测“海底金字塔”可能是亚特兰蒂斯人专门保护具有“宇宙能”奇特性质和力量的能量场，这个能量场能吸引和聚集宇宙射线、磁性振荡或其他未知的能量波，因其有一个微波谐振腔体部结构，可以聚积放射性物质及其他某些能源。与台湾宜兰相隔60海里的与那国岛，其南面海底陆续被发现有"古神殿"的遗迹。通过学者、专家长达8年的实地调查，发现该海底古城可能是1.5万年前的古文明遗迹，是由于地震引起地质变化而沉入海底的，当时琉球群岛与中国大陆还连在一起。木村教授领导的琉球大学海底调查队的最新报告中显示，在最近两年，古垣岛沿岸海底又陆续被发现有各种不同的石砌建筑、柱穴、灵石、人头雕像、拱门及几何图形的海龟等遗迹，甚至还发现了雕刻在石墙上的"象形文字"。通过这些发现，木村教授确信该海底遗迹是古文明的遗物。
今日古城
据称这个水下金字塔，比埃及胡夫大金字塔还要雄伟。由于这一带经常发生海难，人们猜测海难发生的原因是由它引起。同时，一个新的难题被再度掀起——即由来已久的亚特兰蒂斯帝国是否存在。