创业投资引导基金的产权制度安排和治理机制不同于一般企业组织，具有自身独特的制度特征。创业投资引导基金对于创新经济的促进作用，在某种意义上取决和依赖于创业投资引导基金组织形式、治理结构等产权安排的效率高低。根据制度经济学的观点，任何一种制度安排，都需要解决信息不对称和激励约束这两个基本的问题。创业投资引导基金采取什么样的组织形式和治理结构，在很大程度上影响着创业投资引导基金的代理成本及最终的投资收益。
4.2.1 引导基金以事业法人形式设立的制度优势
在《指导意见》出台前，国内已经设立的政府创业投资引导基金一般采用公司制的组织形式，这些公司制的引导基金都面临着一个国有资产业绩考核的问题。根据我国国有资产管理的有关规定，引导基金必须满足国有资产保值增值的考核要求。但是，引导基金资金来源于财政资金，财政资金的使用有其独特的目标，经营性主体有时候无法完成这个目标。政府引导基金的独特目标在于扶持创投企业或创投企业所投资的中小企业的发展，而不是以营利为最终目的。从这点而言，“事业法人”的身份正好相符。因此，《指导意见》明确“引导基金应以独立事业法人的形式设立”。这是因为，引导基金以“独立事业法人”形式设立，相对于以“企业法人”形式设立具有明显的制度优势：
1.解决了引导基金考核困局
《指导意见》出台以前，创业投资引导基金视同国有商业性创业投资企业，被纳入经营性国有资产进行管理，在投资运作过程中面临诸多政策限制：
一是创业投资作为一种高风险的投资，单个项目出现亏损的概率较大，但纳入经营性国有资产管理时，就必须要求所投资的每一个项目都能“保值增值”。这导致国有创投企业（包括创业投资引导基金）在运作中普遍过于保守，对真正需要创业投资支持的创业早期企业望而生畏。
二是创业投资必须通过资本退出实现投资收益，其退出方式多种多样。但是，按照经营性国有资产进行管理，国有创业投资企业在转让对所投资企业的股权时，只能在指定的产权交易所进行，因而不得不放弃更多的市场转让机会。
三是创业投资项目评估有其特殊规律，特别是对新创建企业进行投资，被投资企业的有形资产并不多，对各种无形资产进行评估更是有别于成熟企业。但是，国有创业投资企业在决策对某个创业项目进行投资时，国资管理部门往往要求创业投资企业按照一般国有资产投资项目进行评估，所提交的评估报告经认可后，方可实施投资，使得不少项目最终不了了之。
基于以上原因，各政策性创业投资引导基金和国有创业投资企业，均要求有关部门适应创业投资的特殊规律，将其资产不作为经营性国有资产进行考核，而是纳入“公共财政考核评价体系进行考核”。但财政出资设立的国有创业投资企业都是按商业化原则运作的企业组织，只能按照经营性国有资产进行考核。如果将引导基金以事业法人设立，则较好地解决这个问题。对事业性质的引导基金的考核，主要是考核其引导了多少民间资金进入创业投资领域，在促进中小企业发展中起到了多大的社会效益。根据我国国有资产管理的有关规定，事业单位拥有的国有资产作为非经营性国有资产管理，没有保值增值的考核要求。
2.解决了引导基金出资主体问题
引导基金参股设立创业投资子基金时，必须确立引导基金的出资主体是谁。引导基金资金来源于财政专项资金，出资主体当然不能为财政部门，只能是其他法人主体。如果引导基金以企业法人形式设立，肯定不存在无法确立出资主体问题，企业法人自身就可以作为出资主体，但市场化运营的国有企业法人资产必须纳入经营性国有资产进行考核。如果引导基金以虚拟的财政专项账户存在，虽然可以不需纳入经营性国有资产考核范围，但在其投资设立子基金时难以明确其出资主体地位。如果引导基金以“独立事业法人”设立，事业法人是一个独立的法人主体，不仅解决了其国有资产考核难题，而且解决了引导基金出资主体问题。
4.2.2 引导基金治理结构设计
通过设计科学合理的组织结构，可以最大限度降低“代理成本”，规避“道德风险”，从而实现引导基金保本微利和政策目标。设计引导基金组织结构时，要力求实现有效的激励约束机制，达到合理的产权和控制权分配。《指导意见》规定引导基金应以“独立事业法人”的形式设立，由有关部门任命或派出人员组成的理事会行使决策管理职责，并对外行使引导基金的权益和承担相应义务与责任。
1.直接管理型引导基金的治理结构
直接管理型引导基金既设理事会负责引导基金的投资决策，又设管理团队负责引导基金的日常管理。直接管理型引导基金的治理结构与一般事业法人并无太大区别，它的本质特点是在事业单位内部形成“三权分立”机制，即引导基金的法人财产所有权、经营权和占有权分别由引导基金理事会、内部聘请的管理团队和财务监督部门行使。与普通事业单位不同之处在于，为降低引导基金投资风险，引导基金一般设立由外部专家组成的评审监督委员会对引导基金对外投资行为进行监督。直接管理型引导基金的治理结构。
引导基金理事会由政府有关部门任命或派出人员组成，理事会是引导基金的最高决策机构，负责审议引导基金投资决策文件，作出最终投资决策。
引导基金评审监督委员会由财务、管理、投资等方面的专业人士组成，直接对引导基金理事会负责。负责对引导基金投资业务进行监督及对引导基金投资效果评价与考核。
引导基金管理中心是引导基金的日常管理机构，由熟悉引导基金运营管理的专职人员组成，负责引导基金的日常管理工作。
2.委托管理型引导基金的治理结构
委托管理型引导基金的治理结构与直接管理型引导基金的治理结构不同之处在于，只设理事会负责引导基金的投资决策，日常管理委托外部机构负责，充分利用外部机构的专业优势。
4.2.3 引导基金管理模式设计
引导基金管理模式是指引导基金由谁管理及如何管理，是由引导基金法人主体自我管理，还是委托第三方管理。设计合理高效的管理模式，才能最大程度地发挥引导基金的政策功能，真正起到政策引导和杠杆放大作用。引导基金在我国是一个新事物，在设计引导基金管理制度时，可以借鉴境外引导基金的先进经验，同时也要立足国情，选择最合适的管理模式。
1.境内外典型创业投资引导基金管理模式概述
境内外引导基金的管理模式根据管理主体不同，基本可分为直接管理和委托管理两大模式。
（1）直接管理
直接管理是指引导基金以事业法人主体（或引导基金公司）形式设立，并由事业法人（或引导基金公司）直接管理，或者由政府所属专门部门管理。
（a）成立事业法人（或公司）并由事业法人（或公司）直接管理。采取此管理模式的引导基金主要有天津滨海新区创业投资引导基金和中关村创业投资引导基金等。2007年12月8日，天津滨海新区管委会与国家开发银行共同组建公司制创业投资引导基金（天津滨海新区创业风险投资引导基金有限公司），初期注册资本为20亿元，引导基金由天津滨海新区创业风险投资引导基金有限公司进行直接管理。中关村创业投资引导资金的运作主体为北京中关村创业投资发展中心，中关村引导基金逐年以资本金形式注入中关村创业投资发展中心，中关村创业投资发展中心为中关村管理委员会下属的全民所有制企业。
（b）由政府所属的专门部门管理。采用此模式的主要是英国、澳大利亚、加拿大卑诗省等国家或地区的引导基金和中国科技部中小企业创业投资引导基金。其中，英国政府创业投资基金原由贸工部中小企业政策理事会负责管理，后移交新成立的小企业服务局管理；澳大利亚“创新投资基金计划”由产业研究和发展理事会负责管理；加拿大卑诗省“投资资本计划”由经济发展部负责管理；中国科技部创业投资引导基金由科技部所属事业单位科技型中小企业创新基金管理中心管理。
（2）委托管理
委托管理是指引导基金委托给其他专业管理机构管理，由专业管理机构负责引导基金的日常运营。根据受托管理机构的性质，委托管理又可分为委托给国有独资企业管理、委托给国有控股企业管理和委托给民间管理机构管理。
（a）委托给国有独资企业管理。采取这种管理模式的引导基金主要有以色列YOZMA基金、新加坡技术创业投资基金、新西兰VIF计划、浦东新区引导基金等。其中，以色列YOZMA基金由同时成立的YOZMA创业投资管理公司负责管理；新加坡技术创业投资基金由经济发展局独资设立的科技创业私人有限公司负责管理；新西兰VIF计划由国有独资的新西兰创业投资基金有限公司负责管理；浦东新区引导基金由国有独资的上海浦东科技投资有限公司负责管理。
（b）委托给国有控股企业管理。采取这种管理模式的引导基金主要有台湾创业投资种子基金、苏州工业园区引导基金等。其中，中国台湾行政院先后四次设立创业投资种子基金，都由创业投资公司主管机构——“行政院”开发基金管理委员会管理。日常运作委托商业银行管理，但最终决策权在台湾行政院开发基金管理部门；苏州工业园区引导基金由中新苏州工业园区创业投资有限公司管理，中新苏州工业园区创业投资有限公司是由中新苏州工业园区开发有限公司、苏州工业园区股份有限公司、苏州工业园区地产经营管理公司、苏州工业园区国有资产经营公司及苏州科技创业投资公司共同组建的国有控股创业投资公司。
（c）委托给民间管理机构管理。由于引导基金不以盈利为目的的运作宗旨与民间商业性管理机构盈利最大化的经营目标存在着较大的冲突，因此，引导基金很少采取委托民间管理机构的管理模式。比较类似的有安徽省创业投资引导基金的管理模式，安徽省创业投资引导基金通过招标方式确定受托管理机构（上海市浦东科技创业投资有限公司28.），确保引导基金的市场化运作和专家管理。
2.我国创业投资引导基金管理模式
从境外政策性创业投资引导基金实践看，直接管理与委托管理都是有效的管理模式。为此，三部委《指导意见》指出，引导基金可以专设管理机构负责引导基金的日常管理与运作事务，也可委托符合资质条件的管理机构负责引导基金的日常管理与运作事务。
相比较而言，我们认为，直接管理模式具有以下优点：
一是能够最有效地实现政策目标，促进区域高新技术产业发展。直接管理模式能更好贯彻政府产业政策，引导社会资本流入政府重点支持的产业和政府需要扶持的企业发展阶段，配合区域产业调整和升级，确保引导基金按照政策目标方向运行，通过制定严格的管理制度和审批制度确保引导基金的投资不偏离政策方向。
二是避免引导基金演变为盈利性机构。引导基金的重要机制在于对所扶持的子基金让利，通过让利弥补其投资早期创业项目的风险，而不是营利。设立引导基金进行直接管理可以最有效地避免引导基金成为以追求盈利为主要目的的商业性投资基金，保证不偏离引导基金设立初衷。
三是防范道德风险，保证资金安全性。直接设立引导基金管理中心进行直接管理可以完全按引导基金既定目标运行，而不为商业化或利润最大化目标左右。尤其是减少了委托——代理环节，更利于保证资金安全。
四是可以培养自己的管理团队。引导基金在国内刚起步，借鉴国外成熟模式基础上，逐步积累团队管理经验，培养出服务于区域经济发展的引导基金管理团队，最终为区域经济发展做出贡献。
但是，直接设立引导基金管理中心进行直接管理，需要向政府申请专门的事业编制。而这并不是一件十分容易的事情。因此，在无法争取事业编制的情况下，引导基金也可仅设理事会和理事会秘书处，日常管理工作均委托国有独资、国有控股企业甚至社会机构管理。
需要强调的是，无论是采取直接管理还是委托管理，都应当建立与引导基金相适应的责任约束与业绩激励机制，并注重培养人才。
首先，为更好地实现引导基金的政策目标，政府应当有专门机构监督引导基金的运营。这是因为引导基金作为一项政策性资金，必须进行有效的控制，以保证其政策职能的实现。
其次，要建立有效的激励约束机制。完善有效的激励约束机制可以有效地吸引优秀创业投资人才，激励管理团队工作的积极性和主动性，提高管理效率。由于引导基金是不以盈利为目的的政策性基金，因此不宜采用商业性创业投资基金的与投资回报率挂钩的业绩报酬激励机制。但是，在自设引导基金管理中心进行直接管理的情形下，为了激励具有较高政策水平和公信力的人才为政策性引导基金工作，也有必要结合政策性引导基金的特点，来设立相应的“行政嘉奖、职位提升和适当奖金相结合”的激励机制。对政策性引导基金的绩效考核重在引导了多少民间资金进入创业投资领域，所扶持的创业投资子基金在促进创新创业和社会就业方面发挥了作用，但也需兼顾是否实现了政策性引导基金自身的保本微利运行，以确保政策性引导基金能够步入可持续发展的轨道。
第三，要注重培养专门的引导基金管理人才。引导基金是一种政策性基金，熟悉商业性创业投资基金运作的管理人才并不一定了解政策性引导基金的运作管理，从内部培养管理人才比外部招聘有时可能更好一些。
4.2.4 引导基金委托管理情形下的管理架构与受托机构选择
1.引导基金委托管理情形下的管理架构
在引导基金委托管理情形下，引导基金本身仅设理事会机构对其法人财产行使所有权，经营权则转移到与之在财务上保持独立的受托管理机构（新设的引导基金管理顾问公司或其他内设管理团队的“基金的基金”）行使。在这种情形下，引导基金的职能主要是由理事会行使决策管理职责，并对外行使引导基金的权益和承担相应义务与责任；受托管理机构则负责选择合作机构、评估合作机构、制定合作方案等日常管理与运作事务。
2.受托管理机构的选择
引导基金受托管理机构既可以是民间专业管理机构，也可以是国有控股或国有独资管理机构。从前面的分析可知，委托国有独资或国有控股管理机构管理更有利于实现引导基金的政策目标。但不管如何，选择的受托管理机构至少应当具备下列资质条件：
（1）具有独立法人资格；
（2）其管理团队具有一定的从业经验，具有较高的政策水平和管理水平；
（3）最近3年以上持续保持良好的财务状况；
（4）没有受过行政主管机关或者司法机关重大处罚的不良纪录；
（5）严格按委托协议管理引导基金资产。
3.新管理公司的组建
新管理公司可以由国资独资设立或由几个国有企业联合出资设立，也可以引入民间资金，但要保证国有控股，以保证引导基金管理不偏离其政策方向。新设国有独资管理公司通过社会公开招聘，组建专业的管理团队，保证管理专业性。同时，管理公司设立独立的专家评审委员会，对引导基金投资方案进行评审，以确保引导基金运作的科学性和正确性，为理事会决策提供参考。
（1）管理公司的职能部门设计
管理公司是引导基金的受托管理机构，负责引导基金的日常运营工作。管理公司由总经理负责，一般设置行政人事部、投资业务部、基金管理部、研究部和专家评审委员会。
管理公司设置独立的专家评审委员会，评审委员会成员由政府有关部门、创业投资行业自律组织的代表以及社会专家组成，成员人数应当为单数。其中，创业投资行业自律组织的代表和社会专家不得少于半数。引导基金拟扶持项目单位的人员不得作为评审委员会成员参与对拟扶持项目的评审。评审专家根据管理团队提交的尽职调查报告、投资分析报告、投资建议书及合作方提交的材料、合作方案等，对引导基金支持方案进行独立评审，以确保引导基金决策的民主性和科学性。专家评审委员会由7-11名委员组成为宜，每次评审时，随机从评审专家库抽取专家组成临时专家评审委员会。
对于规模较大的引导基金可以单独设立投资业务部门，专门负责子基金设立前的投资业务，而另设立基金管理部，负责子基金设立以后的跟踪管理工作。对于大规模的引导基金，可以将投资业务与基金管理业务分开，分设两个部门分别管理，投资业务部门专门负责寻找合作伙伴及投资设立子基金等工作，基金管理部门专门负责子基金设立后的增值服务和监督管理工作。对于规模较小的引导基金，可以将投资业务部与基金管理部合并为一个部门，投资经理直接负责子基金设立后的监督管理与增值服务。
（2）管理团队的组建
管理公司通过政府委派和社会招聘的方式组建管理团队。其中，管理公司的董事长由政府委派、并提名总经理人选，由董事会聘任，由总经理负责组建管理公司管理团队；管理公司负责管理投资业务的人员及其他管理人员可通过社会公开招聘产生，由管理公司聘任。管理公司应参照事业单位管理要求建立有效的事业单位业绩考核激励机制，提高引导基金管理效率。