爱玛·卢欧是法国外省（首都巴黎之外统称外省，有点“乡下”的意味）一个殷实的田庄主人卢欧老爹的独养女。她从小丧母，１３岁时，父亲就为她选择了爬向上层社会的一种方式，让她送到虞徐村修道院受大家闺秀的教育，学习贵族子女的谈吐、仪态，接受贵族思想的教育。卢欧老爹把日后的希望都寄托在女儿身上。
起初，爱玛不但不嫌修道院的生活憋闷，反而喜欢和修女们在一起相处。日子一久，她就不满意修道院的生活了：她偷偷读了描写恋爱、婚姻、情男、情女等内容的作品后，心中激起了爱情的波澜。
她读了司各脱的历史小说，更加崇拜古代贵妇人的生活，巴不得自己也住在一所古老的庄园，同那些腰身细长的女庄园主一样，整天在三叶形穹隆底下，胳膊肘支着石头，手托着下巴，遥望一位白羽骑士，跨着一匹黑马，从田野远处疾驰而来。
与世隔绝的修道院生活，使爱玛不了解真实的生活，完全沉醉于中世纪的幻境之中，成为一个极力追求爱情，追求风雅的少女。由于她后来不尊重修道院的共同生活，好像修道院同她性情格格不入，父亲只得接她离开了修道院。
浪漫主义文学的薰陶，灌给她满脑子诗情画意，什么风啊，树林啊，月下小艇、林中夜莺啊，什么勇敢如狮、温柔如羔羊的骑士啊，这一套思想感情和现实生活相隔十万八千里，她那个生活圈子里的人们，每天来来去去，为衣食奔忙，满不在乎地往道旁吐痰，津津有味地喝肉汤，她和这些人没有共同语言。她父亲怜惜她，不忍心让她在田庄上操劳，她整天无所事事，日子过得和钟摆一样单调：没有什么可学习，没有什么可感受，于是她期待着爱情。
乡村医生查理·包法利由父母做主，娶了一个寡妇——杜比克妇人，包法利以为结婚以后他就可以自由了，但结婚后包法利医生就像套上了枷锁，因为老新娘对他管束极严，甚至经常隔着墙偷听包法利医生给女病人诊病，不过她尽可以放心，她的丈夫一向是个老实人。但是，第二年开春，老新娘病死了。
孤独的包法利医生依旧过着波澜不惊的生活。直到一次偶然的出诊使他结识了卢欧老爹，并爱上了卢欧老爹的女儿爱玛。在庄稼人眼里，医生算是相当有身分的人，何况他还治好了卢欧老爹的腿，可见很有学问。
此时的爱玛已出落得很漂亮：她的头发黑亮亮的，她的脸蛋是玫瑰红的颜色，她的眼睛很美，睫毛很动人，朝你望来，毫无顾忌，有一种天真无邪的胆大的神情。不久，包法利医生向爱玛求婚了。这时卢欧老爹破产，只得把女儿嫁给不苛求嫁资的包法利医生。
爱玛对新生活的热望和天真使得她总处于幻想当中。但是，嫁给包法利医生后，然而她所期待的爱情并没有到来，她的幻想成了泡影。包法利医生既无雄心，又无才干，举止毫无风度可言，谈吐和人行道一样平板；再说他既不会游泳，又不会耍剑、放枪，和爱玛心目中的骑士完全不沾边。
他娶到爱玛后，心满意足，吃着葱烧牛肉，剥去干酷外皮，啃掉一只苹果，喝光他的水晶瓶，然后上床，身子一挺，打起鼾来了。
充满浪漫、迷恋幻想的爱玛大失所望，感受不到丈夫的欢娱、热和爱恋。她恨包法利医生这种稳如磐石的安定、这种心平气和的迟钝，极力要摆脱这种平庸的生活与令人窒息的社会环境，寻找梦想的幸福，来满足自己感情上的需要。
正当爱玛苦闷不满的时候，昂代尔维利侯爵邀请包法利夫妇去参加舞会。这次舞会是爱玛生活道路上的一个转折点。舞会在庄雷锋里举行。爱玛对候爵家豪华的气派、高雅的客人以及珠光宝气的舞会场面入迷了。她怀着羡慕的心情看着那些装扮入时的贵妇人，幻想着自己也能过上那样的生活——而这时一个潇洒的子爵邀请她跳舞，爱玛觉得幸福极了。她一直跳到早上才恋恋不舍地离开了舞会。在回家的路上，她看见一个舞伴有意无意留下的雪茄盒，又引起了对舞伴的怀念。回到家里，爱玛竭力挣扎着不睡，只是为了让舞会的感觉能在自己头脑中多停留一会儿。
舞会之行在她的生活上凿了一个洞眼，如同山上那些大裂缝，一阵狂风暴雨，只一夜工夫就完全变了模样。舞会上那位风度翩翩的子爵，被她理想化了，变成一种甜蜜的憧憬。她把小说书上描写的当作现实，而把环绕着她的现实当成恶梦，她在幻想中生活，时刻期待意外事件的降临，就象遭难的水手，想在远处雾气笼罩的天边发现一叶白帆。失望之余，更觉生活不堪忍受。谁也不理解她的苦闷和抑郁，只道她神经有些毛病。
爱玛的脾气越来越坏，对丈夫更加厌烦了。她一个劲儿地怪当地的气候不好，强烈要求搬到别处去住。包法利经不住爱玛的再三撺掇，终于搬到了永镇居住。第一天吃晚饭的时候，爱玛遇到了一个金黄色头发的青年实习生——莱昂。爱玛初次和他见面便很谈得来：他们有共同的兴趣，都爱好旅行和音乐。此后他们经常后面，讨论浪漫主义的小说和时兴的戏剧，两人逐渐熟识起来。
这时，服装商人勒内看出了爱玛是个爱装饰的虚荣的妇女，就主动上门兜揽生意，并赊账给她，满足爱玛的虚荣心。莱昂对爱玛表露了好感，但因为年轻未免在行动上显得畏缩；爱玛也爱上了莱昂，同样也不敢越轨。
爱玛努力扮演贤妻良母的角色，发狠逃避了莱昂的追求，事后却又懊恼不已。为了能摆脱这种烦恼，开始关心家务，并求助于宗教，按时上教堂忏悔，但那位以“灵魂的医生”自诩的本堂神甫对灵魂的疾病一无所知，在他看来，一个人只要有了温饱，就该心满意足了。神甫漠不关心的态度使她的心情更加烦躁，爱玛终于明白，她不能指望从神甫那儿获得任何启示或帮助。而莱昂为了摆脱痛苦，离开永镇到巴黎上学去了。两人分手时，尽量压抑着悲哀的心情。
莱昂走后，爱玛百无聊赖，仍然渴求爱情。有一天，附近一个庄园主鲁道尔夫到包法利医生家里看病，这个风月场中的老手一眼就看穿了爱玛的心思，决定勾引这个标致的家庭主妇。恰好永镇举办了一个展览会，鲁道尔夫就带着爱玛去参加。两个人借此机会谈情说爱，鲁道尔夫抒发自己的痛苦以及对爱情的向往，深深打动了爱玛的心。
展览会后，罗道夫故意在6个星期之后才出现在爱玛面前——他知道这样会对爱玛产生什么样的心理效果。果然，爱情的幻梦把她推向鲁道尔夫的怀抱，她顺从地成为了他的情妇。他们瞒着包法利医生经常幽会，爱玛凭自己的想象，以为爱情犹如来自九霄云外的狂飚，伴着雷鸣电闪，席卷人的整个意志。她按照幻想的模式投入爱恋，狂热得叫鲁道尔夫瞧不上眼。
新鲜劲儿一过，鲁道尔夫的态度便越来越冷淡。眼看伟大爱情的河床一天涸似一天，爱玛陷入巨大的痛苦中。
她试图斩断私情，努力去爱丈夫和孩子，她甚至热心地支持丈夫的事业，撺掇丈夫割治跷脚，满心希望包法利一举成名。可是丈夫不争气，几乎断送一条人命，爱玛完全绝望了。她的尊严，她的自爱心，受到包法利这个姓氏的玷辱。
从此爱玛连残留的一点妇德也彻底崩溃了。她重新投入情人的怀抱，比以往更加颠狂。她想入非非，要求鲁道尔夫把她带走，她情愿放弃家庭和孩子同他一起私奔。
在厌倦了爱玛之后，逢场作戏的鲁道尔夫决定抛弃她而到卢昂去找另一个情妇。临走他给爱玛写了一封信，表示为了不伤害她，只好不辞而别了。为了表示自己的依依不舍，他还在信纸上洒了水来充作眼泪。爱玛接到信后，气得发疯，但也只能眼睁睁地看着鲁道尔夫的马车在夜幕的掩护下急驶出了永镇。
这之后，她大病一场，病好以后，她本想痛改前非，开始重新生活。可怜的包法利医生为了让爱玛散散心就带她去卢昂市看戏，凑巧在剧场里遇到了爱玛曾为之心动的莱昂。于是，两人旧情复燃，戏还没有演完，爱玛就找了个借口同莱昂到码头上互诉衷肠去了。分别了３年，莱昂已经成为丰富社会经验的人，他决不想放过这次机会，两人终于圆了旧梦。回到永镇后，爱玛每个星期都要去一次卢昂市同莱昂幽会——她的借口是去学钢琴，而老实的包法利医生从来也没有怀疑过她。
她依然被幻想牵着走，依然按照小说里的模式来设计自己的生活。她为体验她认为理当经历的感情而爱莱昂。甚至当她在通奸中发现情人平淡无奇，而且对莱昂感到腻味以后，仍象个钟情的女子一样继续给他写情书。不过她写信时想到的并不是莱昂，而是一个理想男子的模糊幻影。她就这样在幻想中生活。爱玛把自己的全部感情都倾注到了这个幻影身上，沉湎于自以为的爱情的快乐之中。
中世纪的爱情充满风雅，爱玛为之神往的那种“爱情”，也需要庄园、别墅、高车驷马和华美的衣着打扮作陪衬，为此，她从服装商人勒内那儿赊购了大量的服饰，债务越积越多。
有一天，狡猾的勒内发现了爱玛偷情的秘密，他决定狠狠地敲诈爱玛一笔。他上门逼债，迫使爱玛瞒着丈夫把房产权抵押了债务。但是，为了保持她同莱昂的关系，爱玛继续赊购服饰，这样她不断借债，不断典当，很快就把家产挥霍一空。勒内上门逼债未果，就到法院起诉，把包法利家的东西全部扣押起来。
此时，爱玛已经陷入绝境，她求助于自己的情人。可是，莱昂利用谎言先稳住了她，然后躲得无影无踪；在鲁道尔夫那里，当她提出要借钱的时候，跪倒在她脚下的罗道夫安静地站了起来，说：“我没钱。”直到这时爱玛才意识到：爱情不过是梦幻中的游戏，当利益交关的时候，它就萎缩了。爱玛绝望了。
回到家里，爱玛吞下了砒霜，痛苦地离开了这个世界。包法利医生为了清偿债务，把全部家产都卖尽了。在经受了太多的打击之后，这个可怜的老实人也死了。他和爱玛的女儿被一个远房姨母收养，后来被送进了一家纱厂当女工。