虽然玻尔在人类的科学史上占有非常重要的地位，但是他仍然避免不了自然规律的作用。随着他科学成就的日益辉煌，他的生命也在一步步消失。
20世纪的40年代，人们对原子问题的兴趣很浓。玻尔也多次的被邀请发表讲演。但有关自己参加过的秘密工作他从不提及。对于一般的题目诸如物质结构、对和平利用原子能的展望等问题，他总很乐于讲述。他把大家带进了一个乐观的世界，尽管战争给人们带来了许多苦难，但是人类将有一个美好的未来。
1945年10月7日举行了玻尔60寿辰的庆祝活动。虽然是第2次世界大战刚结束不久，入境签证比较困难，但还是有一些外国客人到哥本哈根聚会。一位记者在庆祝专刊上写道：“尼尔斯·玻尔满60岁了，这不仅是他个人的节日，而且是整个物理学界的节日。”
丹麦皇家协会于10月5日举行了隆重聚会。担任大会主席的叶尔姆斯列夫宣读了一份由皇家协会成员签名的贺词，贺词称颂了玻尔卓越的工作：“由于这些工作他成功的识破了自然界最深奥的秘密并为研究最基本的认识规律提供了无限的可能性。”贺词还指出：“玻尔是为获得巨大能源而开展的一系列工作的专家和领导者。”同时，还援引了玻尔以下的主张：科学是全人类在整个历史长河中努力所获成果的证明。我们在原子威胁面前应该联合起来，以期找到一条真正的道路，使科学从根本上促进各国人民和睦相处”。贺词结尾说：“我们大家都满怀信心地认为，我们一定能如愿以偿，我们将有幸为实现这一希望而做出决定性的贡献。”
卡尔斯堡基金会主席彼得森报告说，基金会理事会决定拨款10万克朗“建立尼尔斯·玻尔独立基金，玻尔可以自行安排使用这一基金来鼓励各种研究活动。”很快，其他一些机关也参加了创立玻尔基金的活动，结果基金总额达到40万克朗。
在玻尔生日的那天晚上，哥本哈根的大学生列队举着火把来到卡尔斯堡。当队伍到达玻尔家门口表示祝贺时，玻尔带着夫人来到门前的台阶上。这种庆祝方式则像一种无拘无束、自由自在的游戏，他对此感到很高兴。
玻尔坚信，物理学发展的一个主要方向应该是利用原子能为人类造福而不是消灭文明。人类应该摆脱军备竞赛带来的沉重负担。罗森塔尔指出：“很遗憾，玻尔的思想没有得到重要政治活动家的响应，因而，忧虑像一块沉重的石头压在他的心头。偶而，他秘密地讲述自己与政治活动家们进行的谈话，并把向罗斯福总统提交的备忘录拿给人们看。他利用一切机会促使世界面临的抉择能得到唯一合乎逻辑的解决。值得注意的是，他在困难面前从不退却，而且在每一次失望之后，他都能去寻找通向自己目标的新道路。”
1946年玻尔致函政府，要求立即拨款扩建理论物理研究所。所需款项终于筹集齐全：约一半左右经费由国家支付，其余都分别用卡尔斯堡基金会和特里格基金会承担。
建设工程就此开始。他们把一座低矮的车间改建成一座崭新的五层建筑物，其中有很大一部分要建在地下，在哥本哈根市政局租给的地段上建起了宽敞的大厅。研究所的那台回旋加速器，经过几番改造之后，能够发出很强的辐射。因此，不得不把它从原来的地方拆下，然后围成厚实的钢筋混凝土墙。它现在就安装在大厅里。同时也为高压电源和同位素分离器找到了更为合适的地方。在战争年代建造起来并安装在高压大厅的另一侧的一台范得格喇夫静电加速器旁。他们建造了将近11个大气压的压力贮水池，它是由一个电压达4—5兆伏的新的强大发电机装备起来的。
地下建筑不仅得到扩充和改建，而且还新建了一部分。一条条的地下长廊把实验室、车间和各类办公地点联接起来，使研究所内部的生活更为方便。研究所的大部分实际上都在地下。
玻尔是一位优秀的组织者。他深入地研究每一个细节，什么东西也不放过。他经常去察看地下建筑，还常常登上脚手架。建筑师和工程师们不得不根据他的意见不断修改设计和结构。他们被这些弄得精疲力尽，并失去了耐心。可是玻尔却感到满意，因为建设工程是按他的要求建成的。
1946年3月26日是理论物理研究所成立25周年。
各国年轻的科学家又开始在玻尔这里聚会。他们受到玻尔的爱护。他不仅关注他们的科学成就，还关心他们的生活，有时就像父亲关心孩子一样，这种纯朴的感情给了他们战胜困难的力量。
1946年10月，玻尔去费城参加有关科学发展趋势的学术讨论会。他在题为《原子物理学和国际合作》的报告中指出，原子物理学的主要成就“应归功于具有不同倾向和观点的各国科学学派所进行的研究，这些学派的汇合是产生物理学家国际合作的源泉，而且这种合作的热忱和规模在科学史上也是前所未有的。
玻尔的学生克拉迈尔斯领导着联合国原子能委员会的科学家小组。玻尔与他这次在纽约重逢，他们以极其不安的心情讨论了当时一个最重要的问题：如何对“原子物理学的发展给人们所带来的最可怕的力量”实行共同监督，以及怎样“开创各个国家之间一致合作的新阶段，”然而，使玻尔感到非常惋惜的是，在有关监督问题上大家并没有取得一致意见。玻尔企图说服美国政治家们将原子能只用于和平目的的打算也没有取得成功。
1947年10月17日，丹麦皇家科学协会举行会议，不久之前登基的国王弗雷德里克九世亲临会议，并宣布授予为祖国增光的协会主席玻尔以丹麦最高勋章——大象勋章。
1950年5月，玻尔写成致联合国的信。他在信中坚决主张：“必须建立一个‘开放的世界’。在这样一个世界中，和平以及所有国家的和平合作将受到保障，各国之间的自由往来和自由交换情报将受到保障，所有造成相互之间不信任的祸根将得以根除；每一个国家都将仅仅在促进共同文化的发展方面，在用自己的资源和经验来帮助其他国家方面施展才能。”
很遗憾，玻尔的提议没有引起足够的重视，不久之后，战争又有所发生。
丹麦的其他一些科学家也对玻尔的提议表示支持，但都未能起到有效的作用。虽然玻尔不断从事政治活动、并经常到丹麦和国外讲学，但他仍很敏锐地关注着物理的发展。但他本人却未能把自己有关带电粒子穿透物质方面的论文顺利完成。这篇论文他在美国时就开始动笔，在第一次世界大战期间一直进行这方面的研究。可是直到1954年这篇论文才全部完成。实际上，这也是他在物理方面的最后一篇论文。此后，他所写的全部著作已经属于哲学、生物物理学和政治学的范围。当然，他曾选过一些科学课题，其中多半是综述性课题，但是，这些都未能最后完成。
（四）科学卫士
战争，使物理学变成了一门远离现实的学问。非常明显的是物理学及全部科学在社会生活中起到巨大的作用。与此相适应，物理学也发展成为大规模的事业。在国际范围内，以国际间的努力来发展科学的时代已经来临。
为了实现全世界的物理学家合作的主张，尼尔斯·玻尔不辞劳苦地努力着，因而他的研究所很快便成为一个重要的国际科学研究中心。合作的思想不仅仅是玻尔发展科学的出发点，而且也是他的世界观、他对待人类问题的态度的一个特点。在他的信件和文章中，都一再强调如果没有超越国界的科学家们的广泛接触，要在自然科学领域中取得巨大成就是不可思议的。这说明，人类活动的其他领域也能够实现类似的合作。玻尔认为，我们因获得巨大的原子能源而需要作出选择，而解决这一问题的唯一途径是建立一个开放的世界，这样各民族之间就可以自由来往，可以自由了解其他国家的情况。了解他们的经济文化发展及其他方面的情况。
曾经在理论物理研究所工作过的同事们于1951年在剑桥聚会，他们提出了成立一个国际物理学中心的想法。后来，它取名为欧洲核子研究中心，并于1年后建成。在创建欧洲核子研究中心的过程中，从草拟第一批草案和计划直到完成，玻尔都是积极的参加者，欧洲核子研究中心的主席威斯考甫对玻尔的作用作了简要而准确的评价：“假如玻尔不支持欧洲核子研究中心，并且不积极参加它的活动，假如他不与大家坐在一起考虑每一个细节，那么欧洲核子研究中心永远也不可能建成。”
1200名代表，来自72个国家，在1955年的8月参加了日内瓦和平利用原子能会议。玻尔致了开幕词《物理学与人类》；他说道：“联合国召开的这次会议的宗旨，是促进将极其巨大的新能源造福于人类的国际合作。这一新能源是由于对原子世界的研究而获得的。我能在这样的会议上发言，感到十分荣幸。我同样感谢邀请我来谈谈在对包括我们在内的自然界进行观察时，我们作为观察者所能得出的普遍教训。”
在1955年10月7日，玻尔的70大寿时，国王出席了丹麦皇家科学协会隆重举行的庆祝大会。国王向玻尔表示祝贺，并宣布：由于玻尔的杰出科学功绩，国王特授予玻尔丹麦一级勋章。政府和皇家科学协会决定设立玻尔金质奖章，正面铸有科学家玻尔的侧面像。这种金质奖章专授予卓越的现代物理学家。
科学在飞速发展，但是随着科学的发展，世界也不安宁。1956年发生了埃及战争。在这些令人忧虑的日子里，玻尔日益感到不安。他再次致信联合国秘书长，就预防可能发生的冲突及谋求和平与安全的国际合作提出建议。但这封信在当时并没有产生大的影响。
为争取和平事业和国际合作，波尔所进行的斗争已广为人知，随着名声的远扬，他的威信和影响增强了。他还是第一个被授予福特基金会设立的“原子用于和平”奖金的人。授奖仪式于1957年10年24日在华盛顿举行。
后来，玻尔的儿子回忆起玻尔的活动及成就时说：“战后父亲又一次到许多地方去旅行。他出席了在斯堪的纳维亚、英国、法国、德国和美国等地举行的科学学术会议。他和母亲一起曾到以色列去，其中一次是参加魏茨曼研究所的物理实验室的落成仪式。此外，他还访问了希腊。而且在印度住了很长时间，在所有这些国家里，父亲都受到了亲切友好的接待。除了科学家之外，他还会见了一些国务活动家以及各种有影响的人物，同他们还讨论了扩大国际合作的问题。为实现这一目的，父亲在一生中最后的这些年里花费了很多的时间和精力。
1961年，父亲和母亲最后一次去苏联旅行。他们又一次与老朋友们幸福相会，并为他们从上次访问以来所取得的成就而感到高兴。”
玻尔同他的妻子、儿媳和儿子在苏联度过了2个星期，玻尔访问了原子能研究所、联合核子研究所、物理学问题研究所、科学院物理研究所和莫斯科大学。他会见了许多物理学家，参观实验室和仪器设备。玻尔说：“特别想提出的是我们参观杜勃诺联合核子研究所所得到的印象，我们看到了研究物质基本粒子的大型设备，这些设备的设计和制造不仅需要各方面的专业知识，而且除此以外还需要巨大的勇气。”在原子能研究所玻尔说：“当我看到核反应堆时，简直惊奇不已。”
1961年10月初，第12届量子场论专题的索尔维大会在布鲁塞尔召开了。同时这也是一次纪念大会，因为距第一届索尔维大会已经过去整整半个世纪。玻尔在会上作了题为《索尔维大会及量子物理学的发展》的报告。这是一篇珍贵的科学历史文献。同时，这也是玻尔的最后一篇著作。
1962年6月，玻尔参加了德国林道市一个会议。在那里，他患了轻微的脑溢血。根据医生的建议，他到意大利疗养了一个月左右。健康迅速恢复，他感到自己精力充沛、体格健壮起来。10月7日，玻尔年满77岁。
童年的11月，波尔又主持了丹麦皇家科学协会的例行会议，他连续担任该协会主席已经是第24个年头了。
但是就在2天之后，也就是11月18日（星期日），玻尔一家在卡尔斯堡招待客人。忽然，玻尔感到有点头疼，想休息一会儿，便走开了。过了一会儿，当大家走到他那儿去时，发现他已安息了。
玻尔的逝世是整个科学界的损失，大家都很惋惜和伤痛。由著名苏联科学家们署名的悼词中指出：“伟大的丹麦科学、思想家、现代原子论和玻尔原子核的创立者尼尔斯·玻尔逝世的消息，使全世界的物理学家深感震惊。玻尔的原子物理基本规律的思想对这门科学近半个世纪的发展产生了如此巨大而罕见的影响，……人们失去了尼尔斯·玻尔这样一位天才的科学家和思想家、争取和平和争取各国人民之间相互谅解的战士、全人类的朋友。”
玻尔逝世后，许多欧洲国家以及其他国家有关机构给丹麦皇家科学协会拍来无数唁电。12月14日隆重举行纪念玻尔的大会。
一代科学巨人就这样与世长辞，但他的品质，他的精神将永远活在人们的心目中。