林彪不愿冒险攻锦州，他认为长春之敌最弱，又离解放军后勤基地最近，长春与沈阳相距五六百公里，沈阳之敌出援困难，且远水难救近火。于是，林彪在反复考虑之后，决定打长春。那时林彪在东北已经树起了“军事权威”的形象，他确定的军事方案，一般是没有人提出异议的。虽然东北局对下一步军事行动进行了反复讨论，但是最终定下的还是林彪的方案。
4月18日，毛泽东收到林彪等东北野战军领导人署名的报告，可以说它主要反映了林彪对下一步作战考虑的结果。报告中说，东北野战军集结9个纵队，采取攻城打援手段，进行长春战役，第一步实行围城，如能吸引沈阳敌人北上增援，则主力南下，在四平附近野战中歼灭敌人；如敌不增援，即对长春发动全面总攻，计划在十天半月左右的时间内全部结束战斗。
为防止锦州范汉杰兵团与沈阳敌人会合，再向北增援，林彪建议，晋察冀以4个纵队或3个纵队兵力，开到承德以东或山海关以北地区歼灭和牵制敌人，使范汉杰兵团不能北上，直接与东北部队会合打仗。关于向南作战问题，如我军向锦州、唐山之线或冀东或平绥前进时，在敌目前采取放弃次要据点，集中兵力固守大城市的方针下，则必到处扑空，或遇到四五个师兵力守备的城市。且大军进到那些小地区，衣服弹药军费皆无法解决。同时，东北战士入关，经长途跋涉，士气必降，逃跑必发生。在我主力南下情况下，长春之敌必能乘虚撤至沈阳，打通锦沈线。故目前只有打长春的办法为好。报告说：以上是我们对作战的根本意见。其他意见亦曾深入考虑，均认为不甚适宜。
林彪实际上是说毛泽东的意见不适宜。他要把华北的部队也拉到他的指挥之下。否定毛泽东的意见，在林彪已不只一次。
毛泽东没有像蒋介石那样听见部下有反对意见就发火，骂娘。
毛泽东把燃着的一支烟在手中捻碎，对周恩来道：“又是一个将在外君命有所不受，我看他胆子太小，二月就叫他南下北宁线，两个多月了，还是这个态度，要不然我去东北算了。”
周恩来看了一会儿电报，道：“主席，我看只能原则同意他们的计划，再次申明南下北宁线的重要性。”
毛泽东道：“也只好如此了。”
在战役指挥上，毛泽东尊重战场指挥员的意见，因为他们对战场有实际感受。如果自己正确的意见一时不被下级接受，毛泽东总是耐心说服与等待。
毛泽东同意打长春，同时指出，“你们自己，特别在干部中，只应当说在目前情况下先打长春比较有利，不应当强调南下作战之困难，以免你们自己及干部在精神上处于被动地位。”
毛泽东实际上是批评林彪的畏难情绪。
5月下旬，林彪以两个纵队从东、西、南三面向长春攻击，歼敌6000余人，攻占郊区大房身机场。但由于守军设防坚固，解放军战斗组织不够周密，自己也伤亡2000多人，没有实现预期目的。这时，才感到长春守敌的战斗力和防御工事比原来估计的要强，不是一个猛攻可以打下的。于是向中央军委报告说：经反复考虑并经东北局常委开会议论，又照顾各纵、师首长对攻长春的信心并不甚高，我们建议改变硬攻长春的决心，改为对长春以一部兵力久困长毛泽东亲笔起草给予林刘罗的指示电围，待敌撤退时在途中追歼该敌，而以我主力转至北宁线，承德古北口之线一带作战的方针。
林彪是军事家，对作战想得很细，心细如发。毛泽东是战略家，他考虑全局的需要，往往不过分拘泥于细节。
毛泽东凭着战略家的预感，认为只有南下北宁线，切断东北国民党军与华北的联系，全歼东北守军，才是上策。
毛泽东和蒋介石不约而同，都感到锦州的重要。
6月5日，东北野战军领导人提出三个方案：第一，正式攻长春；第二，以少数兵团围困长春，主力到北宁线和热河冀东一带作战；第三，对长春以2至4个月较长时间围困，然后打援，最后攻城。他们认为，执行第一个方案，目前还无把握，执行第二方案，将会遇到敌人集中不好打和粮食补给不足的困难。而第三方案除了多费去几个月时间外，没有其他坏处，能有把握地歼灭敌人和拿下长春，所以目前以采取第三方案为好。
毛泽东复电基本上同意第三个方案，同时又一次力图把林彪的注意力引到南下作战上。他提醒东北野战军，在攻长春的3至4个月的时间里，必须同时完成下一步在承德、张家口、大同区域作战，或在冀东、锦州区域作战所必需的粮食、弹药、被服、新兵等项补给的道路运输准备工作。
毛泽东为什么批准一个与自己意见相悖的作战计划
林彪将作战方向指向长春，与毛泽东的构想相悖，但毛泽东还是批准了林彪攻打长春的计划。毛泽东为什么批准一个与自己的要求相悖的作战计划？
首先，在战争年代，毛泽东一直很尊重前线指挥员的意见，充分发扬军事民主。不仅如此，毛泽东还经常教育我军各级指挥员要充分尊重下级指挥员的意见，甚至尊重战士的意见，充分发扬军事民主。这是我军战斗力不断提高的生生不息的源泉。自从林彪到东北战场指挥作战以来，毛泽东就一直很尊重林彪的意见，即使林彪不贯彻他的作战意图，毛泽东也未予计较。
其次，东北国民党军队撤离东北的态势尚不明显。蒋介石，特别是卫立煌有固守锦州、沈阳、长春三大城市以待时局发展的侥幸心理，或许攻打长春还不足以促使蒋介石痛下撤离东北的决心，卫立煌还可能从沈阳增援长春，东北我军可望围城打援。
第三，毛泽东的构想是一种战略决战的构想。尽管东北战场战略决战的时机已经来临，但全国性的战略决战的时机并不成熟，我军还处在战略进攻中。就是说，此时的毛泽东在筹划着战略决战，但并没有将战略决战作为当前的主要任务，还在等待战局的进一步发展和我军指挥员对战略决战认识的进一步提高。或者说毛泽东只是希望战局朝着有利于战略决战的方向发展。因此，当林彪等东北局领导人觉得先打长春比较先打他处有利，并且可望攻克长春时，毛泽东就同意先打长春。
1948年4月22日，毛泽东致电林彪等，明确表态：“同意你们先打长春的意见。”（《毛泽东军事文集》第4卷，第455页）还根据林彪等的建议，毛泽东派杨得志、罗瑞卿、杨成武率晋察冀我军“以3个纵队出至承德、北平之线以东地区，或者可能出至承德以东地区，起配合作战之作用。”并于同日向晋察冀野战军布置了配合东北作战的任务。
但是，毛泽东在明确同意先打长春的同时，也对林彪等东北局领导强调南下作战的困难表示了明显的不满，并且委婉地提出了批评。毛泽东关注战略决战的心情跃然纸上。
毛泽东对林彪南下拖延不决大为不满
1948年7月20日，林彪、罗荣桓、刘亚楼等将东北局常委新讨论后的作战方针报告了中央军委，认为长春守敌10万以上，工事坚固，粮食可依靠空运接济，我军攻长春和打援不能兼顾，因此主张“仍以南下作战为好，不宜勉强和被动的攻长春”。并提议：“到8月中旬，我军即以最大主力开始南下作战，首先以第十一、第九、第四纵队用牵袭手段包围和歼灭义县、锦西、兴城、绥中、山海关五城主攻，然后迅速向承德前进，即进行夺取承德和打援的战斗。”
1948年7月22日，毛泽东致电林、罗、刘并告东北局，指出：
“向南作战具有各种有利条件，我军愈向敌人后方前进，愈能使敌方孤悬在我侧后之据点，被迫减弱或撤退。这个真理已被整个南线作战所证明，亦为你们的作战所证明。”“应向全军指战员首先是干部，充分说明这些条件，以鼓励和坚定他们向南进取的意志和坚定他们的决心。但在同时，必须说明将要遇到和必然会遇到的各种困难情况，诸如粮食困难，人民的欢迎不一定有如同现处地方的人民那样热烈，某些敌人的顽强抵抗和某些时候作战的不顺手等等，使他们在这方面先有精神准备，并研究克服各项困难的方法。”
南下作战方针是确定了，但是部队何时行动，林彪尚在瞻前顾后。最令他担心的是在南下作战时，受到沈阳卫立煌集团和北平傅作义集团的两面夹击。为此，林、罗、刘向中央军委建议：
在我们南下尚未暴露之前，请设法派兵围攻大同，将傅作义部队分散到大同方面，以便我军能各个击灭敌人。
之后又进一步建议：应调动和分散傅作义，但不宜由东北野战军先行调动傅军向北向东，而应是杨成武部先我行动，调动傅部一两个军西去，以利于东北野战军能在承德、张家口、保定和北平取得胜利。东北野战军在8月底9月上旬才能出动，但如杨成武出动时间能提早，则东北野战军出动时间亦能提早。
毛泽东指出：
“绥远为傅作义所必救，不怕不能调动傅部向西，调动傅部是必然的。问题是傅作义自己有3个军及几个独立师，如果他以两个军及一二个独立师援绥，则杨成武在绥难于立足。”“杨得志、罗瑞卿兵团必须与杨成武兵团配合行动。兹规定杨成武兵团8月21日由涞源以东出动，9月10日左右向归绥、集宁两点开始攻击，杨、罗、耿兵团须在9月10日以前以主力到达承德、北平线并开始攻击，另以一部向平张线动作，配合杨成武兵团之作战。在这一阶段内杨、罗、耿受军委直接指挥。你们主力按上述两兵团行动时间，规定自己出动及开始攻击锦榆线之时间。”
毛泽东要求林彪将开始攻击锦榆线的时间确定下来，然而他得到的回答却有些出人意料。
林彪报告军委说：“傅作义主力目前恰好也已调至锦州、唐山之线，正便于我杨成武部向西袭击”，“东北主力行动时间，须视杨成武部行动的迟早才能确定，故目前不能具体确定。”
只有杨成武部先动，东北野战军才动，林彪为自己提出了先决条件。
对此，毛泽东是不满意的。他分析了国民党军动向后，指出：“你们不要被敌人的伪装所迷惑，你们应迅速决定并开始行动。目前北宁线正好打仗。你们所谓你们的行动取决于杨成武的行动，这种提法是不正确的。”
这是一种颇为严厉的批评，但林彪仍不松口。
林彪坚持说：“敌人是将作新的行动，如不是打通沈锦路，则也有可能从锦州附近调兵增援华中。东北主力数月来均未作战，指战员均甚急迫要求作战，部队随时皆可出动。但在现地区，无战机可求，南下则因大军粮食的需要无法解决。向热河运粮，道路甚远，必须利用铁路，汽路。但今年雨水之大，为30年来所未有，铁路、汽路冲毁甚多，近日来雨势更猛，原估计8月15日左右可修好铁路、汽路、桥梁，以现在雨势来看，能否如期完成仍无把握。我们现在只待郑家屯南北运粮道路修复，雨势稍减（因全军皆无雨具）即可随时出动，决不以杨成武部行动之迟早为标准，但目前对出动时间，仍是无法肯定。”
毛泽东虽然有耐性，但对如此拖延不决，也有些被激怒了。8月12日晨，他给林、罗、刘发出一份措辞严厉的“AAAA”级特急电报：
“关于敌人从东北撤运华中之可能，我们在你们尚未结束冬季作战时即告诉了你们，希望你们务必抓住这批敌人，如敌从东北大量向华中转移，则对华中作战极为不利。关于你们大军南下必须先期准备粮食一事，两个月前亦已指示你们努力准备。两个月以来，你们是否执行了我们这一指示一字不提。现据来电，则似乎此项准备工作过去两月全未进行，以致现在军队无粮不能前进。而你们所以不能决定出动日期的原因，最近数日你们一连几次来电均放在敌情上面，并且因此又均放在杨成武部是否能提早出动上面。”
毛泽东在电报中还指出：
“当着我们向你们指出不应当将南面敌情看得过分严重，尤其不应当以杨成武部之行作为你们行动的标准，并且同时即确定了杨成武的行动时间以后，你们却说（相距不到3天）：‘决不以杨成武部行动之迟早为标准’，而归结到了粮食问题。对于你们自己，则敌情、粮食、雨具样样必须顾虑周到，对于杨成武部则似乎一切皆不成问题。试问你们出动遥遥无期，而令该部孤军早出，傅作义东面顾虑甚少，使用大力援绥，将杨成武赶走，又回到东边来对付杨得志、罗瑞卿及你们，如像今年4月那样，对于战局有何利益？你们对于杨成武部采取这样轻率的态度是很不对的。对于北宁线上敌情的判断，根据最近你们几次电报看来，亦显得甚为轻率。为使你们谨慎从事起见，特向你们指出如上。你们如果不同意这些指出，则望你们提出反驳。”在毛泽东严厉批评下，林彪只能部署南下作战。
卫立煌偕东北将领一致反对蒋介石的计划
到了1948年8月，东北“剿总”司令卫立煌手中虽掌握着55万人的庞大兵力，但被东北野战军分割在沈阳、长春、锦州3个互不相连的战略要点内。由于北宁铁路被切断，营口又被解放军占领，长春、沈阳通向关内的交通均被切断，后勤补给完全依靠空中运输，物资供应根本就不能满足需要，军心涣散，士气低落。国民党政府国防部不得不承认：“军心战力均未恢复常态，将士亦多无斗志。”蒋介石也惊呼：“东北各要点相继失陷，共军紧逼锦州，沈阳形势更形孤立，皆成瓮中之鳖。”
面对东北国民党军所处的困境，蒋介石、卫立煌对于如何摆脱困境，应该采取何种战略方针等问题上产生了严重的意见分歧，或者说直接顶上了牛。
卫立煌