咱们先来说说前面提到过的几乎使源氏势力从关东更扩张到东北地区的“前九年之役”和“后三年之役”。且说东北偏远地区的陆奥国和出羽国中，都拘押着大量囚徒，一部分人是在各场远征中俘获的虾夷人，一部分人是朝廷流放过去的罪犯，安倍家族因为世代管理陆奥国的囚徒，势力逐渐扩张，同族遍布陆奥六郡，几乎形成了一个独立的王国。永承六年（公元1051年），朝廷任命源赖信之子源赖义为陆奥守，令其整顿东北局势，源赖义一到陆奥，安倍氏当主（一族总领）安倍赖时慑于其父子两代的威名，立刻表示愿意服从指挥。
然而到了天喜四年（公元1056年）八月，源赖义在即将任满离职前，突然上奏说安倍赖时谋反，从而请得了讨伐的院宣（院所发出的诏命）——这很可能是赖义想要真正控制东北地区的借口。总之，战争由此爆发，新任陆奥守藤原良纲吓得不敢赴任，朝廷只好再次把这一职位交给了源赖义。
到了当年十二月，安倍赖时遭到被源赖义策反的同族安倍富忠的袭击，中箭殒命，他的两个儿子安倍贞任和安倍宗任代掌其兵，继续与官军抗衡，并一度给源赖义以沉重打击。于是源赖义被迫向出羽国司求援，于康平五年（公元1062年）终于盼来了出羽仙北的俘囚长清原武则的援军。在清原氏大军的压迫下，安倍贞任节节败退，终于在当年九月战死，居城鸟海栅也被攻陷。“前九年之役”就此终结——不过实际上，这场仗打了整整12个年头。
战后，源赖义进位正四位下伊予守，长子源义家被任命从五位下出羽守，次子源义纲被任命为左卫门尉，而清原武则被破格任命为从五位下镇守府将军，基本接管了安倍氏的领土。可以说，源赖义因为准备不足，想要在陆奥国扩展势力却最终失败了，白白便宜了出羽的清原家，想必他是很不甘心的。不过机会还多得是，到了永保三年（公元1083年），其子源义家被任命为陆奥守，再次来到东北地区。
此时正逢清原氏同族内乱，以清原武则的孙子、一门总领清原真衡为一方，以清衡的异母兄弟家衡和异父兄弟清衡为另一方，经常发生武力冲突。源义家趁机介入清原家事，并在清原真衡去世后，主持陆奥六郡的分割，把富饶的南三郡封给清衡，寒冷的北三郡封给家衡，刻意引发两人之间的矛盾。
此后的事态完全按照源义家的计划发展，清原清衡和清原家衡兵刃相见，而源义家则站到了清衡一侧。最终他经过苦战，甚至不惜突入出羽国，终于在宽治元年（公元1087年）消灭了清原家衡的势力——这就是所谓的“后三年之役”。战后朝廷认为清原氏并无反叛的行为，这是源义家的私战，不肯予以赏赐，不久后更解除其职务。藤原清衡完全占据了陆奥六郡，并且恢复旧氏藤原，此后开创了半独立的奥州藤原家族，而源义家虽然被迫拿出自己的家财赏赐有功之臣，却从此收拢了关东武士之心。
顺便提一下，源义家的弟弟新罗三郎义光本在京城担任左兵卫尉之职，听说哥哥在奥州一度陷入苦战，就抛官弃职前往相助。义光就是此后威名赫赫的甲斐武田氏的始祖。
拉回来再说京城的情况，白河院后来出家念佛，也称为白河法皇，但他一直不肯放下权柄，历经堀河、鸟羽、崇德三朝，院政时间长达41年。到了大治四年（公元1129年），白河院去世，鸟羽上皇立刻便跳出来行使院权。然而院政时代，藤原氏摄政、关白的势力并没有彻底被架空，他们保着天皇，虽然略矮一头，但基本上和院一道实行双头政治。这种双头政治导致局势更为混乱。
一方面，无论是院还是摄关家，其腐化奢靡的生活不但丝毫不见收敛，反而日显张狂，归于其名下的庄园也日益增多。畿内百姓遭受沉重的贡赋压迫，请愿无日停息，“盗贼”也因此纷起不休。另一方面，为了制衡摄关家的势力，院更为倚靠“北面武士”，最终酿成了公元1156年的“保元之乱”。
保元、平治之乱
久寿二年（公元1155年），体弱多病的近卫天皇病殁，年仅17岁。鸟羽院指定由崇德上皇的同母兄弟雅仁亲王继位，是为后白河天皇。且说崇德上皇是被鸟羽上皇逼迫退位的，无日无刻不想着卷土重来。到了次年即保元元年（公元1156年），鸟羽院驾崩了，崇德上皇趁机与左大臣藤原赖长（藤原师实的曾孙）密谋，打算复辟。
随着皇族的一分为二，摄关家也分为两派，当时的关白、藤原赖长的兄长忠通是站在后白河天皇一边的。因此崇德上皇想要复辟，必须诉诸武力，他遂于七月十日夜晚召来藤原赖长、平忠正、源为义及其子源为朝，商量应该怎样发动一场军事政变。
凑巧的是，已经洞悉上皇阴谋的后白河天皇，偏偏也在同一天召来藤原忠通、平清盛（平忠正的外甥）、源义朝（源为义之子）商议。清盛和义朝等人都是少壮派武士，摩拳擦掌地主张要先下手为强，至于他们竟敢向长辈同时也是一族总领举起刀剑，是被所谓的“忠诚心”所利用还是被利益所引诱，抑或是野心膨胀使然，那可就谁都搞不清楚了。
年轻人行事果断，说动手就动手，于是次日凌晨，清盛、义朝率兵包围了尚在白河殿争论不休的上皇一党，将之一把火烧了个干净。乱兵仍不过瘾，又点燃了赖长、为义、忠正等人的宅邸——也该着中纳言藤原家倒霉，只因为宅子离得近些，于是也在混乱中化为灰烬。
不过短短半天，崇德上皇派就大败亏输，藤原赖长被流矢射死（一说自杀），平忠正、源为义等人先后被杀或被俘。崇德上皇逃到仁和寺躲避，被天皇派搜将出来，远远地流放到四国的赞岐去了。这次事件史称“保元之乱”，它标志着新兴武士阶层不但在地方上耀武扬威，而且已经把势力延伸到了朝廷内部，公开插手皇室纠纷，公家政权的时代即将结束，武家政权的时代就要到来。
且说院政既然已经成为了传统，在政治斗争中获胜的后白河天皇也就不肯贪恋天皇之位，没两年就让位给东宫守仁亲王即二条天皇，自己当更有权力的上皇去了。然而因为此君赏罚不公，填不饱武士们的胃口，才退位就酿出了“平治之乱”。
“保元之乱”后平清盛青云直上，源义朝却得不到上皇重用，从而心生怨恨。平治元年（公元1159年）十二月，趁着平清盛离京前往熊野的机会，源义朝举兵叛乱，将后白河院囚禁起来，并且杀害了后白河院的宠臣、亲清盛的藤原信西。平清盛在途中闻变，匆忙回京，在自己位于京都六波罗的官邸集结重兵，计划夺回天皇和上皇。大战一触即发。
源义朝实在是个粗疏的家伙，如果说后白河院化装逃亡到仁和寺是个偶然事件的话，那么其后16岁的二条天皇也男扮女装逃脱他的掌握，来到平清盛六波罗官邸，就肯定是义朝防范不周所致。总之，上皇和天皇都先后逃脱，源义朝失去了聚拢人心的旗帜，平清盛倒赢得了大义名分，清盛抓住战机，亲率3千兵力攻打皇宫，源义朝战败被杀——此即“平治之乱”。
乱后，平清盛被晋升为从三位参议。日本人喜欢将自己的官位对应唐朝的官位，很多官职都有唐名，参议的唐名是宰相或相国，从此清盛就被人尊称为相国。平清盛功两次平乱全都有份，功劳显赫、威风八面，后白河院也更为宠爱他，继续利用他来巩固自己的院政，等到后来感到不妙，想要收手，却已经来不及了。
平清盛先把养女滋子进献给后白河院为妻，生下宪仁亲王，被立为东宫，借此帮助，于仁安元年十一月（公元1166年）就任内大臣，次年更打破藤原氏把持高级朝官的惯例，荣升为太政大臣，逐渐掌握了政权。当时平氏十六人位列公卿，殿上人30余名，党羽遍布全国，国守60余人中竟有一半是平氏一门。
到了仁安三年（公元1168年），后白河院迫不及待地逼迫年仅5岁的六条天皇逊位，让自己的儿子、8岁的宪仁亲王继位，就是高仓天皇。清盛一跃而成为天皇的外祖父，并且还把女儿德子嫁给天皇，亲上加亲，从此平氏更加权势煊赫，炙手可热。清盛的堂兄弟、大纳言平时忠甚至狂妄地宣称：“非此一门（平氏），皆不是人！”
平氏本是武家，但其六波罗政权却并非真正意义上的武家政权，它是依附于摄关政治和院政而存在着的，缺乏独立性——这也是平氏子弟逐渐公卿化的根本原因。以平清盛本人的意愿，他很想把公家政治彻底打倒，从而使六波罗政权脱颖而出，真正君临天下。然而想要构建一个全新的社会，并非仅靠打压公卿势力，甚至幽禁天皇、法皇就能做到，从这个角度考虑，平清盛和被他打倒的源义朝一样是失败的。而等到清盛去世后，其继承人平宗盛更彻底转向，一切唯后白河院马首是瞻……
日本佛教的兴衰
佛教于6世纪时传入日本，经过崇佛、排佛两派的殊死拼斗，最终在这座岛国上站稳了脚跟。逐渐的，再也没有什么“国神”和“番神”的区别，神佛紧密地合为一体。为便于统治，日本朝廷一直宣扬天皇乃是天孙后裔，具有神性，原始的诸神崇拜在社会政治生活中占有很重要的地位，正因为如此，与诸神崇拜结合为一的佛教，也无可避免地要对社会政治生活产生重大影响。因此日本有学者认为奈良朝的佛教乃是现世佛教，是政治佛教。
从天武朝开始，朝廷就将《金光明经》等佛经颁发各地，教臣民诵读，后来更在各地修建高达丈六的释迦牟尼佛像和七层宝塔。到了天平十三年（公元741年）三月，圣武天皇下诏，要各国都建造“国分寺”和“国分尼寺”，也就是朝廷明令在各行政区域内建造官修寺院。统辖各地国分寺的总寺院是东大寺，统辖各地国分尼寺的总寺院是大和法华寺，都在都城附近。
最早传入日本的是三论宗和成实宗，其后为法相宗、俱舍宗和华严宗，唐僧鉴真还传来了戒律宗。到了平安时代，政权逐渐转移到藤原氏的手中，佛教势力略有下降。在这个时代兴盛起来的，主要是传教大师最澄的天台宗和弘法大师空海的真言宗，前者以平安京东寺为中心，后者以比睿山为中心，与被称为“南都佛教”的旧奈良诸宗派相对立。
最后在日本兴盛起来的，是净土、禅宗、日莲等宗派，那已经是12世纪以后的事情，公家政权即将让位于武家政权了。