三代将军源实朝娶了前权大纳言坊门信清的女儿为妻以后，宫方和武方的关系看似非常亲密，因为坊门信清本是后鸟羽院生母七条院的弟弟，是本院最亲近之人，宫方很想依靠这段婚姻，把京都和镰仓联为一体。
一心想恢复皇族权力的后鸟羽院以为时机已到，于是向源实朝提出种种要求，诸如幕府停止向各地派驻地头等等，想要逐步将权力收归中央。实朝本人倒并不想违逆本院的意思，然而实际掌握幕府权力的并不是他，北条政子和时政毫不犹豫地驳回了本院的请求。
后鸟羽院一怒之下，心说你既然不肯归权，我就自己来干，他先逼迫亲幕府派的关白藤原兼实下台，然后又插手本该由幕府掌握的守护的补任权。这种种行为遭到了镰仓方针锋相对的反击，只可怜了夹在中间的实朝将军，他甚至一度想亲率60名随员出访宋朝——反正幕府大事也不需要我说了算，不如去宋——因为新建大船不能在镰仓附近下水方才作罢。
到了承久元年（公元1219年）元月，将军源实朝前往镰仓鹤冈八幡宫参拜，却就此一去不返，遭了刺客的毒手——刺杀他的乃是他的亲侄子，也就是二代将军源赖家的遗子公晓。源赖家被害后，公晓在祖母北条政子的抚养下长大，因为深信父亲死于叔父源实朝的阴谋，所以找机会刺杀了实朝。当时还有谣言说，其实是北条义时煽动公晓谋害幕府将军的，因为将军最近的所作所为，颇有靠拢宫方、出卖御家人集体利益的倾向。
源实朝被刺杀了，凶手公晓及其兄弟禅晓也随即被捕处死，源氏幕府的血脉就此断绝——源赖朝杀光平氏，杀光自己的兄弟，他可能未料到自己也有绝后的一天吧？按照日本传统的家族制度，血缘并不是最重要的，如果家族血缘断绝，那就从别家过继一个人担任家主，只要维持家名不堕、家业不毁就行了。于是执权北条义时希望挑选一位皇子来继任将军，这样可以使幕府的威信不降反升。
据说北条政子和后鸟羽院之间曾有约定，如果将军家断嗣，就由后鸟羽院派一位亲王入镇镰仓。可是后鸟羽院趁此要挟幕府，重提停派地头的事情，在再次遭到拒绝后就推翻前议，坚决不肯让皇族入继镰仓了。在后鸟羽院想来，幕府不肯让步，则自己派亲王去镰仓也无法控制武士们，使他们屈服，反倒是送给了他们一个合适的人质，这又是何苦来哉？
北条义时无奈之下，只好退而求其次，去向摄关家求告，最终商定由九条道家（兼实之孙）的第三子、年仅两岁的三寅就任新的幕府将军。这个叫三寅的孩子的外祖母是一条能保和源赖朝的妹妹所生，七拐八绕也算是沾了点源氏的血脉，就这样，新将军继承了源氏代代相传的赖字，称为九条赖经。
幕府最终放弃了迎接一位“宫将军”的努力，转而向摄关家求援，这使后鸟羽院更为愤怒。于是在承久三年（公元1221年）四月，后鸟羽院命令顺德天皇让位给年仅4岁的怀仁亲王，随即于次月发动政变，派遣手下武士突袭消灭了京都守护伊贺光季。初战胜利，后鸟羽院得意洋洋，自以为得到上天庇佑，于是颁发院宣，号召全国武士都站出来讨伐幕府执权北条义时。
得知这一重大消息后，北条义时非常惊慌，因为虽然拥护宫方的人数不多，但是如果天皇亲征，当御辇出现在敌阵前面时，幕府方的武士势必要摘掉头盔、扯断弓弦，跪拜降伏。到那时，战不能战、退不能退的尴尬局面便会出现，召集起来的部队纵有百万，也要一哄而散，甚至因形势所迫而站到敌人一边去。
当天，北条义时、大江广元以下所有在镰仓的御家人都被北条政子召集到了一起。在众人到齐后良久，政子才缓缓走出，她流着泪动情地向御家人们讲起了过去武士被贵族像狗一样呼来喝去的悲惨命运，讲起了先将军赖朝率领武士们披荆斩棘、建立镰仓幕府的光辉业绩，指出武士只有团结在幕府周围才不会再次沦为贵族的奴婢。在场的御家人都感动得哭泣了，最后大家横下一条心，决定为了保卫自己的政权而和朝廷血拼到底。
且说后鸟羽院拼凑了武士、僧兵17万人准备讨伐北条氏，而北条义时则采纳了大江广元速战速决的建议，以其子泰时为总大将，弟时房为副将，大军分为三路，分别攻略尾张、美浓、三越，直逼京都。一路上，各地的武士闻风而至，当到达京都时，幕府军武士已达19万之多。据说义时说过这样的话：“先派19万大军供上皇御览吧，如果不够的话，我就再亲率20万军势上洛（日本古代模仿中国东汉，称京都为洛中）！”
宫方部队不得不收缩防线，死守宇治、势多、淀等要隘。时值初夏，宇治川河水暴涨，宫方部队又毁坏了所有的桥梁，但这却无法抵挡幕府军的汹涌如潮之势。在高昂士气的驱动下，大将佐佐木信纲第一个冒着如雨的箭矢纵马跃进浊流，泅渡过河（当年源平合战时，他的舅舅佐佐木高纲也是这样纵马跃进宇治川，渡河杀敌的），在其感召下，19万幕府武士纷纷纵马跃进了宇治川，一举击溃了对岸的宫方部队。这次贵族叛乱历时一个月，但决战只用了半天时间，史称“承久之乱”。
北条泰时不费吹灰之力就杀入京都，占领了皇宫，在六波罗设下大本营。他不仅杀死或流放了大批敢于跟随后鸟羽院造幕府反的公卿们，没收了公家和在京武士的领地赏赐给有功的御家人，还勒逼仲恭天皇退位，让后鸟羽院的侄孙、10岁的茂仁皇子继位，是为后堀河天皇。仲恭天皇在位仅77天，因为还没来得及正式举行继位典礼，所以史称“废帝”或“半帝”。
北条氏当然不会放过这次造反的后台老板，他们逼迫后鸟羽院削发为僧，然后将其流放到西方的隐岐岛，顺德院则被流放到佐渡岛，就连没有参与叛乱的土御门上皇也难逃被流放的命运，他的目的地是四国的阿波。后鸟羽法皇在流放地又活了整整18年，一直到延应元年（公元1239年）才病死，享年60岁。
藤原氏将军的终结
经过“承久之乱”，幕府的经济基础迅速扩大，并据此在政治上和宫方分庭抗礼，甚至占有绝对的优势，就连皇位继承和朝官任命也都需要经过幕府点头——其实是需要北条氏的点头。北条义时还撤销了京都守护一职，代之以六波罗探题，负责监视朝廷，协助幕府统治较为薄弱的近畿以西地区，这一职位世代由北条氏一门担任，职分南北，首任六波罗探题就是平定上皇反乱的北条泰时（北）和北条时房（南）。
元仁元年（公元1224年）六月，北条义时去世，于是北条泰时和时房就把职务交给各自的儿子时氏、时盛，从京都回归镰仓。这位北条泰时原名金刚太郎赖时，因为源赖朝曾将名字里的“赖”字赏赐给他，这称为“一字拜领”，乃是无上的荣宠。作为北条义时的最大的儿子，泰时本来最有资格继任家督之职和执权之位，不过义时晚年宠爱后妻伊势局，想要改立伊势局所生的北条政村为继承人，虽然最终并没有实行，但多年远在京都的泰时，论在镰仓的势力，根本就不是伊贺局母子的对手。