公元622年，圣德太子没能戴上自己制定的“天皇”的桂冠，就病殁于斑鸠宫，四年后，苏我马子去世，又两年，推古女王也去世了。继苏我马子为大臣的是其子苏我虾夷，他和叔父境部摩理势商量天皇继嗣问题，虾夷主张立敏达大王的孙子田村皇子，而摩理势则主张立圣德太子的儿子山背大兄王。
当时苏我氏全族都在苏我马子的坟前建庐守丧，摩理势自焚其庐，跑回家去，以示在如此重大的问题上绝不妥协。苏我虾夷派人劝他说：“大家说得都错，就你说得对，我一定会遵照你的意见办理；大家说的都对，就你不开窍，我当然要违背你的意见。你不要执迷不悟，咱们两人若相争斗，国家必乱，后人也会说是你我二人败国，徒留千载恶名，何苦来呢？你别再和族人对着干了！”
这番话与其说是劝告，倒不如说是威胁，摩理势当然不肯听从，就逃到泊濑王（圣德太子之子）府上藏了起来。不过他也真倒霉，没过多久泊濑王也去世了，摩理势无从依靠，被迫和苏我虾夷兵戎相见，兵败被缢杀。于是苏我虾夷拥立田村皇子继位，即舒明天皇。
舒明天皇在位十三年，没有多大建树，而苏我虾夷及其子苏我入鹿则日益嚣张跋扈，引发了因圣德太子改革而得以参与朝政的很多中小贵族的不满，其中，传说为物部一党残裔的中臣镰足成为反苏我势力的首脑，而山背大兄王则是他们的精神领袖。
公元641年，舒明天皇在百济宫去世，苏我虾夷学他老爹马子的做法，不立天皇之子，而立皇后宝皇女（同时也是舒明天皇的侄女）为天皇，这就是日本历史上的第二位女主——皇极女帝。
苏我虾夷想使苏我氏的权势代代煊赫，于是着力培养其子入鹿，自行授予他“大德”的紫冠，使其掌控朝政。苏我祖孙父子，一个比一个张狂，到了入鹿时代，出入仪仗等同于天皇，苏我家子女都称王子，俨然是倭国真正的统治者。为了打击反对势力，更为了使具有苏我家血统的古人大兄皇子可以顺利成为下一任天皇，入鹿还派兵袭击山背大兄王，迫其自杀。
这一举动，使得皇子们人人自危，认定若不及早诛杀苏我入鹿，自己的性命也会如同山背大兄王一般不保，于是中臣镰足等人就与舒明天皇和皇极女帝所生的葛城皇子——又称中大兄皇子——联起手来，伺机铲除苏我氏一门。
公元645年六月，朝鲜半岛三国——高句丽、百济、新罗——都派使节来到倭国，与大和朝廷修好，按照礼仪，大臣苏我入鹿必须出席，同时由仓山田石川麿（“麿”可以写作“麻吕”，这是日本所独创的汉字）宣读表文。这位仓山田石川麿也是中大兄皇子一党，建议趁此机会诛杀苏我入鹿。
六月十二日，皇极女帝、古人大兄皇子和群臣都来到太极殿，准备接见三国来使。中臣镰足设计解除了苏我入鹿须臾不肯离身的佩剑，而中大兄皇子则命令禁军锁闭了十二道宫门，只等仓山田石川麿宣读表文时，佐伯连子麿等刺客就冲出去取了入鹿的性命。
然而事到临头，佐伯连子麿等人却胆怯了，仓山田石川麿即将读完表文，却不见有人动手，以为阴谋败露，不禁浑身打战。苏我入鹿并非蠢人，看到这种情形，心知有异，假装询问说：“何故发抖？”仓山田石川麿支支吾吾地回答说：“因为站在天皇面前，感觉十分紧张。”
眼看计划就要破产，隐藏在暗处的中大兄皇子一不作二不休，干脆亲自动手，大吼一声跳将出来，一剑刺伤苏我入鹿的肩膀。苏我入鹿匆忙躲避，但受中大兄皇子这一剑所鼓舞，佐伯连子麿等刺客也勇气倍增，纷纷蹿出，砍伤了苏我入鹿的腿脚。
苏我入鹿自知无法逃脱，于是跪在皇极女帝面前，口称“臣不知罪”。皇极女帝惊慌地询问中大兄皇子，中大兄皇子伏地上奏说：“苏我入鹿谋杀皇子们，想要倾覆帝位，以苏我氏代替皇统，罪不可赦！”皇极女帝看他从容的样子，料知是有备而来，此事断难善罢甘休，于是长叹一声，转身退入内宫。女帝才走，中大兄皇子一声吆喝，众人乱剑齐下，把苏我入鹿斩成了肉酱。
中大兄皇子随即率部入驻法兴寺，筑城备战，还把苏我入鹿的尸体还给其父苏我虾夷，等于下了战书。不满苏我氏专权的皇族和贵族们纷纷前来投效，苏我氏多年构建的宏伟大厦瞬间崩塌，虾夷知道大势已去，便于家宅内纵火自焚而死——可惜的是，他当年奉圣德太子之命编纂的史书《天皇记》和《国记》，也就此化为了灰烬。
经此政变，皇极女帝决意退位，让给中大兄皇子。中大兄皇子喜出望外，正打算接受，却受到中臣镰足的劝阻。镰足的意思很明确：你发动政变，是为国除奸，不是出于个人的野心，如果就此继位，后世将说你是逼宫篡位之君。当然他表面上没这样说，他编的说辞是：“古人大兄皇子是您的兄长，轻皇子是您的舅舅，如果越过他们继承皇位，有悖长幼之序、孝悌之礼。”天晓得，日本中世纪以前的继承制度可从来不讲长幼，所谓孝悌等儒家礼法也只是刚输入的舶来品。
中大兄皇子最终接受了中臣镰足的谏言，推戴轻皇子，轻皇子还想让给古人大兄皇子，古人大兄皇子一想：当初支持我的是苏我入鹿，现在入鹿已死，我若继承皇位，那不是凶险万分吗？于是坚辞不受，甚至削发出家以明志。
轻皇子就此登上御座，后世称为孝德天皇。
大化改新
中臣镰足，或说名为中臣镰子，然而根据《日本书纪》的记载，当佛教传入之时，苏我稻目说必须信奉，物部尾舆和中臣镰子则坚决反对。如果镰子即镰足，那么他此刻少说也有105岁了，焉有是理！
事实上传统看法认为中臣镰足生于公元614年，卒于公元669年，去世时虚岁才56岁。他没有出国留过学，但和遣唐使以及留唐的学生们关系都很好，虚心向他们学习大陆先进的文化和制度。因为苏我父子的擅权，中臣镰足于公元644年辞官归隐，待时而动——时机何在呢？他很快就瞄上了中大兄皇子。
中臣镰足足智多谋，他首先想从内部分化瓦解苏我家族，于是怂恿中大兄皇子纳仓山田石川麿的长女为妃，把仓山田石川麿也拉上了自己的战车——此公本是苏我马子的孙子，入鹿的堂兄弟。不过这种政治联姻本身不应该看得过重，因为当时倭国社会盛行的是“访妻婚”。
所谓“访妻婚”，是指男女双方在结婚后并不组建新的家庭，而是各居母家，婚姻生活也多采取男性走访女家的形式来实现。这种婚姻关系是相当薄弱的，并且不规定男性只能走访一名女性（这是真正的一夫多妻制，没有妻妾的区分），因此婚姻关系完全比不上血缘关系来得重要。正因如此，与其说仓山田石川麿是因为政治联姻而倒向中大兄皇子，不如说他是不满苏我入鹿掌控整个苏我家族，想要取而代之吧。
中臣镰足在争取到仓山田石川麿以后，通过缜密谋划和反复游说，还拉拢了很多不满苏我入鹿擅权的有力氏族。苏我入鹿对此也有所察觉和警惕，加强了自己府邸的守备，中臣镰足等人没有办法，这才等苏我入鹿离家到太极殿参与外交活动的时机，突然发动了政变。
苏我虾夷父子一朝覆灭，中臣镰足等人弹冠相庆，等不及似的立刻就开始了全面的改革。孝德天皇即位后，立中大兄皇子为东宫，任中臣镰足为内大臣，仓山田石川麿为右大臣，阿倍内麿为左大臣，留学生僧旻和高向玄理为国博士（高级顾问）。就在这些革新派的推动下，于诛杀苏我父子和孝德天皇即位的同月（六月）即学习中国建立年号，定元“大化”，并于十二月迁都难波。大化二年（公元646年）元旦，下达了“改新之诏”——这就是著名的“大化改新”。
大化改新的主要内容是废除旧的部民制，模仿中国唐朝的制度，创立班田收授法和租庸调制。也就是说，全倭国的田地、山泽名义上全都归于天皇，称为“公田”，百姓也都名义上归于国有，称为“公民”，朝廷每隔六年授给公民口分田（班田），公民有按时缴纳地租和服劳役的义务，受田人死后，口分田要重新归还国家——这就把倭国硬性地从奴隶制社会全面扭转向封建社会。大化第六年改元白雉，白雉三年首次营造户籍，开始班田。
对应经济制度，朝廷也改革行政制度，在中央集权思想的指导下，学习唐朝的三省六部制，“置八省百官”，制定“冠位七色十三阶”（随即增为十九阶），在地方上则设国、郡、里三级行政区划，分别由朝廷委派国司、郡司和里长管辖。官僚制度就此略显雏形。
日本历史的发展是跳跃式的，因为接受了来自中国和朝鲜的新文化、新技术，日本社会快速由原始社会迈入奴隶制社会，但难免保留了很多原始社会甚至是母系社会的残余（访妻婚就是表现之一）。经此大化改新，又突然跳入封建社会，于是以封建为壳、奴隶为瓤，还夹着原始的种子，形成一种独特的四不像的社会形态。
当然，旧社会的残余终究会逐渐被历史遗弃，先是原始制度，然后是奴隶制度，日本终将迈入彻底的封建社会，但那不是一蹴而就的事情，仅仅“大化改新”一场变革，是解决不了问题的。而且就在改新过程中，新旧势力的斗争依然是无日止歇。
首先是大化改元的三个月后，古人大兄皇子以出家为名逃往吉野，勾结苏我入鹿的亲族和旧臣策划叛乱，因为消息泄露而被杀。然后到了公元649年，苏我马子的另一个孙子苏我日向诬告仓山田石川麿意图谋逆，中大兄皇子没经过缜密调查，就迫使老丈人、诛杀入鹿的功臣仓山田石川麿自尽。据说仓山田石川麿虽然反对苏我虾夷父子，可是本人并不赞成改革，在冠制改变后仍然坚持戴古冠上朝，中大兄皇子应该早就对其有所不满，所以才会借此机会将其铲除吧。
当时中大兄皇子权势熏天，根本不把孝德天皇放在眼里，对于各种改革措施也是独断专行，两人间的矛盾日益激化。白雉四年（公元653年），中大兄皇子奏请将都城迁回飞鸟地区，遭到拒绝后竟然挟裹群臣离开难波，自行回归飞鸟。孝德天皇受此打击，遂于次年忧愤病死。
孝德天皇去世后，中大兄皇子没有登基称帝——大概他摄政王当得蛮有趣味吧——也没有立孝德天皇的儿子为帝，反而再度扛出自己的老娘来，让皇极女帝在飞鸟的板盖宫二度即位，改称齐明女帝。
公元658年，孝德天皇之子有间皇子劝齐明女帝和中大兄皇子前往纪伊的牟娄温泉疗养，想趁机在飞鸟发动叛乱，但随即因为党羽内讧而遭逮捕，被绞死于藤白坂。
新旧势力连番恶斗，中大兄皇子虽然稳占上风，也感觉左支右绌，加上老娘齐明女帝又不修德，大兴土木，加重百姓的负担，搞得天怒人怨，中大兄皇子遂想通过对外用兵来转移国内矛盾，遂于公元661年携母同赴九州的筑紫地区，策划介入朝鲜半岛的战争——对东亚地区的政治格局、文化交流产生过重大影响的“白村江水战”，就在这种背景下爆发了。
白村江水战
朝鲜半岛三国，北部是高句丽，南部西为百济，东为新罗。原本高句丽的疆域最为广大，国力最强，隋炀帝、唐太宗数次发兵前往征伐，都未能使其臣服。唐高宗继位以后，遂采取远交近攻之策，联合新罗，共同对高句丽施压。为了摆脱这种不利态势，高句丽也和百济联起手来，他们不敢对唐朝动武，却从北、西两个方向齐攻新罗。