首先便是将军义昭的没落。作为反信长派的一环，与之遥相呼应、使信长腹背受敌苦不堪言的武田信玄突然去世，对本愿寺而言，可以说一只翅膀被折断了。接下来越前的朝仓、江州的浅井、伊势的长岛门派全军覆没，可以说是满目疮痍。聊以依靠的上杉谦信也去世了，纪州地区的杂贺门徒也被信长降伏。松永久秀也被征讨，播州的三木城、伊丹城的荒木村重、丹波的波多野一族相继被征伐，本愿寺期待的微弱希望也被清扫殆尽。
“东有武田胜赖，西有大国毛利。”虽说勉强可以吐出这样的豪言壮语，只是那武田自从长筱一败后便不动，西国毛利最近也是一战一退，而且自从元就以来他们就奉行保守主义，到底会不会继续积极东上呢？恐怕是极为靠不住的。无论如何乐观看待当前形势，如今的石山本愿寺已经是孤立无援的孤岛。
在信长心中，兵略与政略既是分离的也是统一的。对于已经衰落的本愿寺，信长确信想攻就能攻下，然而还不打算一举攻下。他想的是尽可能不折损一兵一卒。另外还考虑到如果开起火来，以石山的佛法为中心，方八町的门前町、浪华方圆十几里内的商铺、港口、桥梁都要化为灰烬，太可惜了。
他的兵马表面上声称用鹰猎鸟，在大阪近郊示威巡游的同时，停留在洛中的佐久间右卫门和宫内卿法印等外交家奉命全力游说关白近卫前久，怂恿他劝本愿寺一方撤离大阪。他们的理由是：“这是为本愿寺着想，不，应该说是为了保住佛灯不灭，拯救数十万僧众。”
近卫前久与信长十分亲近，但是与本愿寺新门迹的教如和其父显如上人更是亲密。正因为关系密切，他才主动请命担此重任，表示粉身碎骨在所不辞。他请来敕命，首先晓谕本愿寺一方可保其平安无事。然而本愿寺在这十一年间，凭着所有门徒的鲜血与信仰，与信长对抗至今，虽说现在失去了依靠，也很难决定马上撤离大阪。
新门迹的教如是强硬派的领头人物。其父显如说：“再这样下去……”，刚要表达撤离之意，他马上号令说：“我们寸步不离石山的佛殿，哪怕是父亲率其他门徒离开。”然后他加筑防御工事，号召大家同心协力，又发布檄文，声称要与信长决一死战，士气空前激昂。
然而让他们撤离大阪的通知已经不是近卫前久的调停，而是朝廷的圣旨，是敕命。当时的记录如下：
众说纷纭之时，皇恩浩荡，遣使者前来调停。关于要求他们退出大阪城一事，敕使说，本愿寺的僧侣、夫人、重臣们，关于是否撤离一事，不必害怕信长，尽可畅所欲言。
经过几番众议，最终只能得出如下结论：第一，敕命不可违背；第二，即便与信长对抗也不可能战胜他；第三，看大多数门徒的现状可知，他们已经领悟到了错误，继续牺牲无辜性命并非信佛之人应走的道路；第四，保存佛灯。另外还可以举出数条理应撤离的理由。而强硬派的玉碎主义说到底是将武门与佛门的立场混为一谈了。最终他们在五月宣布撤离大阪。其后虽然也有过纠纷，七月下旬到八月初，顽抗到最后的强硬派教如一党也都撤离了大阪。最后一天可以说是浪华津有史以来最值得一看的日子。
织田家的家臣矢部善七郎负责接收佛法。本愿寺设在大阪市内外的附城、栅门、城寨等共五十一处防御被挨个拆除。石山的佛殿如今已毫无防御，直到矢部善七郎率领众多士兵进驻那天，教如和显如上人以及六七名随从还迟迟不肯离去。善七郎质问道：“你们是打算切腹吗？”
“不，不！”上人率随从无可奈何地从包围中走出，悄然离去。从海外舶来的宝物和佛具中的七珍八宝悉数被遗留在庙宇之中。“如果信长来检视的时候说我们仓皇出逃就是耻辱了。”因此本愿寺一方离开之前将所有什物宝器展列出来，一一记录在册，拂去灰尘、擦拭干净。正如人们常说好来不如好去，他们走之前把这里收拾得干干净净。停留到最后关头的教如在离去之前往袈裟的袖子里塞了一个茶叶罐儿。据说当天他们就逃到了泉州佐野川河畔。
当时的太田牛一对于大阪建市以来的繁荣和显如、教如等人的自杀深感惋惜，在手记中记述如下：
自大阪城创建之初，已度过四十九个春秋，恍若昨日之梦，观世间之相、时世之相，生死去来、有为转变之作法如电光朝露，唯一声称念之利剑。以此功德，如至无为涅槃之部。话虽如此，今思及故乡离散，上下垂泪。然而退离城池之后，信长公将会前来检视，知晓其意，退去之前命众人打扫干净建筑的各个角落，外面陈设弓箭铁炮等武器，记录其数量，里面摆放资财用具，将其重新装饰一番，交给奉旨前来的众人。
八月二日未时，从杂贺之浦、淡路岛招来数百艘船只迎接，让附城的人先登船，分左右两路行进，沿着陆路海路四散而去。时刻终于到来，松明火把加上吹来的西风，众多庙宇被焚烧殆尽，大火燃烧三个昼夜，最终化为一团黑云。
是人为的，还是自然的？如此一来，石山本愿寺极为合法地被腾出来，其后一把火烧毁了山上的庙宇殿堂、还有多年修筑的防御工事。熊熊大火烧了三天三夜，在大阪上空划过一道历史的光焰，一切化为灰烬。
火是执行一切裁决与清扫时的守护神。残留的白灰则会促进土壤中萌发新的文化萌芽，完成它施肥的使命。此时谁又能想到不久后会有一位经世治国之才在这片废墟上建造府邸呢？更何况是出现一个比安土城大数倍的大阪城。
人们更加无法预料的是，那位君临大阪城的人便是如今镇守中国地区一隅的筑前守秀吉。即使当时有位伟大的预言家明确预言此事，也不会有人当真吧。
斥责
信长乘坐江船看似在一边乘凉一边观看宇志桥，然后顺流而下来到大阪城。八月十二日，本愿寺开城后不久。秋后的太阳照射在江面上，又反射到船舷上。“阿兰！”
“在！”“你在想什么？”
“什么都没想啊。”兰丸笑着说。紫色的布帘将只有信长和兰丸两人的空间围起来。多数近臣都在船尾晒太阳。因为是江船，船舱比较小。而这艘小船周围有数百艘江船如同洒在江面上的竹叶般顺清流而下。
“太凉快了，打盹了吗？”信长苦笑着问道。一阵风吹过，紫色的布帘就会飘起一角。那紫色与波光不时映在兰丸的脸上，摇曳着。“有笔墨纸砚吗？”
“已经备好了。”“呈上来。”实际上，信长从刚才就在思考。兰丸为了不打扰他一直保持沉默，也许是自己有心事，看别人的脸也像有心事吧。兰丸往砚台上滴几滴水，轻轻研磨。信长是个急性子，已经手持纸笔等在一旁了。他一反常态，紧锁双眉，非常严肃。“给您搁这儿了。”“嗯。”他只回答了一个字。兰丸轻手轻脚地向后退了一步，似乎怕衣服摩擦发出声音。信长苦思冥想一会儿又下笔，写几行又双眉紧蹙，表情非常严肃。兰丸很敏感，暗想恐怕不是等闲之事，不禁脊背发凉。
兰丸心中有件事让他自己痛心不已，此事决不能对人讲述。看着信长紧锁的双眉，他不禁害怕有事要发生在自己身上。兰丸自幼在信长身边服侍，比任何人都能敏锐地从信长的眉毛和嘴唇中读取他的情感。正因为如此，他才预测今天的书信并非小事。他的直觉没有错，所幸并不是针对他，也可以放心了。那日信长在船中所写的是长达三张纸的斥责信。对于一名臣下的怠慢，一泄平日的愤怒，以严厉的词句历数其罪状。
“如今大阪到手了，积年的祸根拔除了，可以顺着宇治川的清流轻松进城了。在这样的日子里，为什么要闹脾气呢？”兰丸自言自语地说。至于这种微妙的心理，即便是堪称住在信长肚子里的兰丸也只能深感他是个难懂的人。石山佛堂所在的方八町四方，虽然被大火烧了三天三夜，还剩下一部分建筑。信长一进城，就把写好的斥责信交给中野又兵卫、楠木长安、宫内卿法印三人，吩咐他们作为信使，将信交给佐久间信盛父子。信长进入大阪检视了占领地后，首先做的事便是给怠慢的臣下发斥责信。严厉的制裁降临到佐久间右卫门信盛父子头上。就连没有受到制裁的人听说此事，也不认为事不关己，心想到底是什么罪状呢，他们蜷缩着身子静观其变。
据说信使冷冰冰地将信长的亲笔问责信交给佐久间父子。近五年来，信盛父子作为进攻石山本愿寺的大将，驻扎在大阪近处的一座城中。换句话说，石山佛堂本应由他们亲手攻破。不知不觉间五年过去了，进攻大阪的军队却没做出任何行动。正所谓碌碌无为空度日。如今有了这封斥责信，众人方才明白这期间信长多么焦心。
对手是十一年来信长自身也感到棘手的徒众的根据地，如果仅仅是因为佐久间的军队没能攻破，也不至于如此斥责。信长是因为以下几点生气：
一、在任五年间，几乎没有正式交战过。这是世人有目共睹的；二、如果很难强攻，也应该使用外交策略。然而，五年来从未到安土城献策；三、经常以兵力不足为借口，信长曾吩咐三河、近江、和泉、纪州以及根来寺的僧兵等五国驻军，无论在人力还是兵粮方面，随时都应协助进攻大阪。信盛父子作为大将理应知晓此事，却丝毫没有活用这些人力物力。这不是因为无能力、无计策、有依恋、少斗志又是什么呢？
四、其间，浪费军费却不体恤捕吏、家臣，一味吝惜自家的开支，导致军心涣散、军纪不振，丢尽了织田军的脸。在这战国时期独自悠闲度日至今，他说，前代未闻的懒汉就是说的你们，有何脸面再来见我？
大致列举了以上罪状，事实上言辞激烈，并不像上面的措辞那么温和。另外几条中也可见到如同当面辱骂的激愤言辞，例如：“你跟随我也有三十年了，其间从未有人称赞你取得过举世无双的战功。”又骂道：“你看看丹波国的惟任日向守的战功，不是美名扬天下了吗？你再看看平定山阳数国的筑前守守秀吉，不感到羞愧吗？池田胜三郎身材虽小，却攻陷了花隈城。还有和你一样的元老柴田胜家主动进攻北国，在难以治理的地方费心费力，你觉得如何？”
信长最后甚至说：“有你这样的人待在我的麾下，会招来世人的怀疑与耻笑，不仅是在日本，我丢丑都要丢到明国、高丽、天竺、南蛮了。”
佐久间父子看信之后何等战战兢兢就不言而喻了。信长派来的使者口头传令道：“尔等即日远走他乡。”
佐久间信盛父子什么也顾不上，狼狈不堪地说：“以后再去谢罪。”说完匆匆忙忙地逃往高野山。然而信长的命令又追到那里，禁止他们居住在高野山。信盛父子生不如死，据说又流落到纪州熊野的深山之中。
当时的记录如下：
世代侍奉他们的下人也弃之而去，他们漫无目的地逃亡，连鞋也顾不上提，光着脚，昨天就像做了一场梦，让旁观的人也觉得凄惨。
可见当时人们并不同情他们，甚至认为信长的严惩是理所应当的，对这件事持冷笑态度。
森兰丸也是其中之一。他很聪明，他决不会先开口讲一些落井下石的话，只是听到同辈的近臣议论佐久间父子并耻笑他们时，才不痛不痒地批评了几句：“是因为过于恃宠而骄了呀！听说五年多时间里，即使在天王寺战场上，他们也只专心于茶道，怠惰军务。信长公也喜欢茶，也经常研习茶道，但和佐久间父子的心思不同。无论任何事情，都会因参与者的心思不同，而有可能变成邪道，也有可能成为修养。总之，五年以来，主公虽不应该听之任之，佐久间也不应该如此厚脸皮啊！我们也应当以他为戒啊！”
其实，兰丸心中暗想：“那封斥责信是写给佐久间父子的而不是给我的，真是万幸。好担心啊！”他有时暗暗松口气，有时又觉得不能完全放心，内心备受煎熬。那倒不是他自身的问题，但却关系到比他自己还重要的人。那就是兰丸的老母亲森三左卫门可成的遗孀妙光尼很早以前就瞒着信长与本愿寺的谋将铃木重行进行书信往来。
十一年来，本愿寺能够与信长对抗，是因为铃木重行这一稀世的名将。重行听说兰丸的母亲妙光尼成为寡妇以后一心向佛、再无其他信仰，就凭借佛法、佛缘接近她。然后不动声色地从兰丸母亲那里探听安土城的动静，以便对本愿寺一方作战有利。铃木重行如今已经和本愿寺的僧众一起丢下十一年来苦心经营的城池，逃亡到远方。兰丸的母亲不懂复杂的时局变化，至今还未发觉自己的行为给主家带来了多大的障碍，只是一片茫然。
“如果事情败露呢？”最近兰丸的心痛非比寻常。他很早以前就曾劝告母亲，母亲却矢口否认。对于早年丧夫的母亲来讲，那是她唯一的信仰，作为儿子也不好多说，只是觉得十分为难。关于这件事，兰丸一直小心翼翼地警戒母亲身边的人。处理完佐久间父子的事情之后，兰丸也没能完全放下心来。不仅是兰丸，信长的众臣回顾过去的行为，无言之中感到不安，觉得事情并非无关自身。
信长只在大阪停留了五天，当月十七日就起身前往京都，一到二条城，他立即给元老林佐渡守通胜、安藤伊贺守父子发斥责信，将他们流放到远离京都的地方。大家背地里暗暗嘀咕：“无论任何事情，他只要开了头就会彻底做完，一定还会有人受惩处。”谁都没想到在世代随侍的近臣中最有资历的林佐渡撞到了枪口上，他本人也是感到晴天霹雳，甚至没有当真，最初他还问信使：“您是戏耍我吧……”这也是情有可原的。信长处罚他的理由是：二十五年前，信长还在清洲时，由于粗暴愚蠢而遭到四邻疏远，当时林佐渡厌倦了他，转而尊奉他弟弟信行，并密谋将其立为织田家的接班人。听说此事的人都惊得目瞪口呆：“时隔如此之久，他内心深处还念念不忘这件事啊！”众人无不战战兢兢。如果翻出二十五年前的旧账，谁都能想到自己多少也曾有过怠慢与过失。
同时被流放的安藤伊贺守父子的罪案也是十四年前的旧事。信长出征伊势之时，留守城中的安藤父子曾有通敌反叛的迹象，然而被信长敏锐地防患于未然。当时安藤伊贺守一伙人提交了谢罪信，此事也就算了结了。
“竟然在十四年后的今天旧事重提？”对于信长强烈的记仇之心，人们不由得感到震惊与战栗。既然罪不可恕，当时就应该予以惩处。如今天下大半已归他所属，就连敌方的根据地大阪也在他股掌之中了，此时大可不必对很久以前臣下所犯的罪行与过失进行惩罚。恐惧过后，大臣们对他过于苛刻的追究产生了怨气。
兰丸的心痛尤为不寻常。他朝夕在信长左右侍奉，时常看得到信长的眉间，因此更加坐卧不安。“万一母亲与铃木重行的事传到他的耳朵里……”想到这里，他立即派弟弟坊丸前往母亲所在的安土城，又捎信给兄长森传兵卫，提醒他将过去几年来母亲与铃木的书信全部偷偷烧掉。坊丸回来后，兰丸将他叫到背地里询问道：“事情办得万无一失吗？你有没有叮嘱母亲身边的尼姑，让她们对过去的事守口如瓶？”“嗯，母亲身边的尼姑这次好像真的明白了。可是兄长传兵卫却叹息说此事还不能够完全放心。”“他有没有说今后还有什么忧虑？”