无论皇城守卫、市政建设、地方治理，事无巨细，他都亲力亲为。原本在清洲会议上决议由柴田、丹羽、池田、羽柴四人共同担任京都政治所阁臣，主持各项事务，秀吉本不能独占鳌头，但其他三位阁臣中，柴田身处远方，且专注于纠集地方势力，与岐阜、伊势及神户信孝密谋某事。丹羽虽在坂本附近，但已全然将各项事务委任于秀吉。池田胜入则认为庶政及笼络朝臣并非自己所长，虽有着阁臣的头衔，却从不理政。
而对于理政，秀吉的确有才能。他生来便精通于治国之道，直至今日，世人也并未将其视为武将。用兵原本并非秀吉所长，但他深知用兵布阵乃理政之左膀右臂，无论有多大志向，若是败于战场，则治国之策便无从发挥，因此他每战无不孤注一掷。
京都虽只是位于盆地之中的弹丸之地，但却是整个日本的政治中心，也是联络民间思想的重要基地，历代大家无不扎根于此。
秀吉虽只是一介仆从，但他十分享受每日在京都政治所处理政务，甚至越忙越开心。他曾向左右吐露心声：“我筑前也有出头之日，终于可以真正施展才能。你们也要尽心。”同时秀吉还督促各位侧臣勤于政务。
追随他的部下在京都也是严于律己，没有半点逾越之举，事事秉公守法，一个个都胜似“小秀吉”，尤其是守卫皇宫之人更是恪尽职守。朝廷为奖赏秀吉功勋，特封他为右近卫中将。秀吉以寸功汗颜为由辞谢了朝廷。于是朝廷又给了他更为优厚的封赏，授予他从五位下，左近卫少将之职。
所谓树大招风，勤于做事之人总会被懒散者指指点点，这是世间常事，更何况这动荡的乱世可谓是鱼龙混杂。
“秀吉这么快就露出尾巴了，就连部下也掌权啦！”“他撇开柴田殿下，当其他奉公人是摆设。”“从现在的阵势来看，好像筑前才是信长的继承人一样。”所有人都将矛头对准了秀吉。这种情况，自然难以找出始作俑者。无论听到或是没听到，秀吉全然不放在心上。这类非难在他看来根本不值一提，因为他要忙于国事。六月，信长去世，六月中旬山崎会战，七月清洲会议，七月下旬撤离长浜，迁移家室至姬路城，八月开始改建宝寺城，这期间又不停往返于京都政治所与山崎之间，过着朝歇皇城，日查市井，暮理诸政，答来使，迎宾客，夜半还要挑灯阅览远国文书，拂晓又得处理部下提交事务的生活，早饭过后便重新上路去往别处，如此日复一日。
秀吉多出没于公卿宅邸，出席各种集会，到各地视察，最近也频频前往紫野。他在那里启动了庞大工事，于大德寺内修建新的寺庙。
“十月七日完工，八日结束清理，九日备好仪式事项，十日必须万事俱备！”秀吉一脸严肃地对蜂须贺彦右卫门及弟弟羽柴秀长说道。无论何种工事，秀吉对工期从来都是说一不二。
秀吉一向言出必行，一旦接受，今后便不能有任何借口。虽然秀吉身在工地，但工地上监工的武士，甚至做工的几千名木匠、土工、石匠、搬运工等都无人回头瞥上一眼。
秀吉脚尖上缠绕木屑，在阵阵木香中视察一圈，随后边自言自语“能完工，能完工……”边高高兴兴跨马而去。一回到城中，便有访客及堆积如山的事务等待他处理，另外总见院也于今日开工，信长葬礼的准备工作也待完成。
“由己，快点！”“是！”
“写好了就立马遣人送去，用语不必烦琐，快写！”“是！”
眼下，正由秀吉口述，大村由己代笔书写信件，由于卡在了“醍醐”二字上，由己不时咬着笔头冥思苦想。
秀吉虽显得极为焦急，但从由己身旁瞥见后，便像叫醒入梦之人一样细声说道：“由己，你在干吗？”
随后又大声喝道：“写成‘大五’。”并用手在空中比画出大大的“大”字和“五”字。由己吃了一惊。
“醍醐”写作“大五”，这不就是错别字吗？就是借用汉字也不妥呀，将“醍醐”写成“大五”，必定完全失去原来的字意。
“殿下，恕我冒昧，我一时记不起的字并不是这两个……”
“你在磨叨什么？由己，你刚刚皱着眉头想的不就是‘醍醐’二字么？”
“正是。”
“那你就写上……”秀吉说着又抬起手指在空中比画着，道，“写上‘大五’，明白了吗？”
“是，明白了……”没办法，由己只得匆匆填上“大五”二字，写完书信，秀吉立马接过来拿给使臣，命其送至公卿宅邸。由己事后很是恼悔，想着：“想必读信的人一定会耻笑我不学无术吧。”
“身为执笔，却腹中无墨，一定会被后人耻笑。真想把信拿回来烧掉呀！”
此后由己整日拘泥于此，满脸愁容。秀吉则忙于会客，并于傍晚遣使拜访久不往来的毛利家。处理完各种烦事，一身轻松的秀吉终于得空和由己对坐饮茶。看到由己忧心忡忡，秀吉质问道：“怎么了，由己？”由己此时察言观色，就方才假借他字的事发了一通牢骚，秀吉听后道：
“什么？你竟觉得身为执笔，留下那般信件是一种耻辱？哈哈哈哈，由己，你竟会觉得自己的笔迹也能流传千载？安心吧，你的信很难流传百年，甚至是否会留存至你没世都难以断定。出类拔萃之作可流芳百世，无用之字则会化为尘土。”
秀吉接着说：“如你这般为写‘醍醐’二字，又是揣摩又是舔笔，白白荒废了时日。如果总像今日这样，以你有限的寿命，你又能在这个日月世态瞬息万变的时代做出多大修为？我秀吉到底没有那个工夫。就算该写‘醍醐’的地方写上了‘大五’，只要读信的人有心，便能明了。这事就此作罢吧。”
“我明白啦！”“别苦闷了，好啦。快看，先去的信使似乎已带来回信啦！”不久，信长的葬礼便在紫野举行，大村由己作为代笔，则终日忙于写信通知织田的近亲及诸州遗臣葬礼的日期及地点。
紫野
无论举办何种盛典，京都内外都会热闹非凡，而且会下发薪金给下层民众，街道灯火通明，炊烟袅袅，无不昭显庶民生活之富足。
无人知晓入秋后，在紫野举行的长达十七日的信长葬礼之前，贫困百姓们得到了多少施舍。
六月以来，本能寺及山崎相继掀起的战乱，造成成千上万人流离失所，无家可归。
逃过一劫的明智部下，无法回到早已易主的丹波，只得乔装打扮，在集市中桥梁下苟且偷生，过着不见天日的日子。
其实赶尽杀绝并不难，但秀吉并没有对其余部穷追不舍，只要有光秀的首级便已足矣。不仅如此，秀吉还召集战后流民及降兵，为他们谋了生计，让他们参与修建总见院，组织信长的葬礼等。
“这也是一种赎罪。”秀吉自言自语道。秀吉唯恐信长遇难之处寸草不生，在为其祈福的同时，禁不住反复思索着一件事，自己无论性格，还是用兵都与已故的主公信长相差甚远。但近来世人却评价秀吉说：“筑前处处效仿信长，无论是行为处世，待人接物都以信长为师，俨然是想做信长的继承人呐！”这让秀吉很不解。
信长在世时，作为秀吉的主公，秀吉理应膜拜效仿，言听计从，承主公之大志，处处与其步调一致。但如今主公已仙逝，还有必要遵循先人的陈规吗？秀吉也有自己的资质，即便是取信长之所长，也能推陈出新，融入自己的主张，完全有别于信长的战法、施政之主旨，处处透着秀吉的特色。
秀吉之所以想要先给贫民谋个生计，一方面是由于他出生于贫民之家，另一方面，也证明了他与信长的不同。他明知他们是明智的余党旧部，却要召集其参与大法事，这种宽广的胸襟，信长到底是没有的。
紫野的工事完结，各项准备就绪后，由大村由己执笔的邀请函被派往各国。
不仅是已故信长的近亲，就连参与清洲会议的宿老及各大名也悉数收到了邀请函，秀吉甚至还给有关的公卿、武士、町人、诸职送上了请帖。但秀吉却没给身为宿老的信长近亲写任何郑重或执拗的书信，仿佛他们来或不来都无关紧要，因此秀吉受到了极大非难。其中柴田胜家与神户信孝非但未回信答复是否出席，反而向秀吉送上长篇抗文及极富挖苦之意的书信，以此表达他们的不满。秀吉早有防备。今次之事，他也并非“先斩后奏”，而是在事前就以养子秀胜之名，与他们做过书面商议。然而，胜家与信孝都觉得於次丸无才，便没有答复。於次丸是秀胜还是信长四子时的乳名。劳苦功高的宿老胜家及信孝都视秀胜为乳臭未干的孩子，因此未认真回信而置之不理也在情理之中。
特别是九月至十月以来，胜家忙于各种事务，早已忘乎所以。阿市夫人早先在其外甥信孝的周旋下，决定改嫁至北之庄，但因与前夫浅井长政生有三个孩子，目前仍栖身于织田家。
但迫于周边情形，胜家与信孝迫切需要进一步加强联系，也需借此机会，举办盛大仪式，以向世人宣布“柴田殿下才是亡主信长生前指定的妹夫”。于是胜家开始筹划仪式，以便将阿市夫人接入北之庄。
小谷城沦陷已有十年之久，但年方三十四五的阿市夫人仍风姿绰约。信长在世时，世间便已流传胜家与秀吉垂涎于她的美色，明争暗斗。可见当时的人对其倾国倾城之貌记忆之深。
但当时的阿市夫人大概对这类流言毫不在乎，当时的环境令她无法拒绝任何人。兄长信长亡故后，她更是身不由己。信孝起初是为了胜家，如今却只是为了自身利益而想要利用姑姑。清洲会议后，他及胜家便忙于笼络各方势力，密谋议事，先后令胜丰迁往长浜，与泷川多次密谋。其中，信孝更是顶着同族非议，搁下手头之事，竭力撮合胜家和姑姑。于是阿市夫人带着芳龄十六的长女茶茶及其他两个女儿，身披绫罗锦绣，携昭君出塞之悲，随五彩的轿伞队伍翻越北越群山，于九月嫁入北之庄。
已五十三岁高龄的胜家，犹如老木逢春，连日招待宾客，喜不自禁。正当此时，羽柴家的养子秀胜送来书信，要求共商紫野寺庙修建及已故右府之法事，胜家自然无暇顾及。直至十月后，胜家接到秀吉亲自署名的正式请帖，方怒不可遏，且知事态重大，绝不可坐视不理，于是给秀吉写了封言辞激烈的抗议书。岁月并非只催人老，人往往依仗岁月而行，视岁月为老友般爱恋。万事顺其自然，则岁月之轮亦如太虚之车，无处可寻。但即便在同样的时代背景下，如何运用相等的岁月往往因人而异。因此才会产生生态之别、社会之异，才有了兴国与亡国之异。千载历史，也只是洪荒天地的一瞬间。不觉已是十月。
上天赋予胜家、秀吉相同的时日。屈指算来，此时距本能寺之变只有四个月，距清洲会议也不过百日。
但经过这段时日，二人已呈现出巨大差异。
由秀吉亲自主持，并倾尽全力为信长举办的大法事吸引了全日本的目光。使人觉得“他才是右府的继承人”，同时其勤于政务，鞠躬尽瘁的形象也根植在百姓心中。
这与胜家扩大权翼、拉拢同列老将、忙着与织田家联姻等做法有着天壤之别。秀吉心中的对象并非丹羽长秀、池田、细川、筒井等人，更非织田信雄或信长的遗族，而是民众。他出身贫寒之家，深知百姓之困苦。
此月十一日至十七日，紫野大德寺举行了规模盛大的法事，大光演庄严肃穆，极其奢华，不单彰显了秀吉的大气及其对故主信长的倾慕之情，同时秀吉将民众视为参礼者，视之如宾，准其共同参与大法事，也昭示了其大布施心。
《丰鉴》的作者如此记载：
仪式于十一日开始，十刹的高僧共同奉经诵读，十五日开始送葬，在莲台野设有庄严的火室灵堂，四周围以竹篱。大德寺周边道路警备森严，聚集了各方武士，由秀吉之弟美浓守秀长担任奉行，信长棺木价值连城，金碧辉煌，外置彩绫锦缎，美玉璎珞，由池田古新（辉政）、於次丸（羽柴秀胜）前后抬棺。
《惟仁退治记》中也写道：
羽柴小一郎担任警卫大将，大德寺千五百轩间警卫人数多达三万，持弓立炮，守卫于大道左右，葬礼现场除秀吉各分国朋党外，各地武士、观礼之人，不分贵贱，齐集于此。
棺轿由辉政和秀胜抬撵，信长灵位则由秀吉亲自端拿。秀吉借此机会，奏请正亲町天皇追封信长为从一品太政大臣，并追加勋位及官职。
天皇发号诏书追赐信长戒名总见院殿，赠大相国一品泰岩大居士。诏书中还给予信长至高无上的评价：“惟朝重臣，中兴良士。”此等荣宠，若是信长泉下有知，定会感激涕零吧。
善不善，凡非凡，无论世人如何评价信长，其武道必将永立九重之中。他身为臣子有一片赤诚之心，死后也能得此荣宠，同时还得到永久的封地。
与此同时，他也完成了父亲织田信秀的以皇室为中心的祖承。毫无疑问，织田父子将忠诚与为臣之道传承了下来。信长是个令父亲直至没世也牵挂不忘的不孝子，时至今日，终于成名立业，成为大孝之子。
四十九年梦一场，威名何必问存亡，请看火里乌昙钵，吹作梅花遍界香。
这是笑岭和尚为信长所作的偈（译者注：佛经中的唱词）。
葬礼在二百间火化灵堂中进行。五色华盖耀眼夺目，万千灯火繁似晨星，锦旗翻动之间，香木焚烧后的烟雾各处飘散，在数万参葬宾客头顶化作团团紫烟。
五岳之硕学，京都内外之禅宗，八宗的僧侣咸集于此，当时的目击者记载称：“仿佛看到了九品的净土（译者注：极乐世界，分为九品）、五百罗汉、三千佛弟子。”
诵经、散花过后，禅门各大和尚轮流进行起龛、念诵、奠汤、奠茶、拾骨等仪式，最后由宗诉笑岭和尚朗读偈子，笑岭和尚声如洪钟，周边鸦雀无声，随后奏佛乐，沉莲华，熏香木，与会者依次上香。
但织田家近半数理应出席仪式的近亲竟未到场。三法师不见踪影，信孝也不在场，柴田、泷川等本应出席的人也未到场。
谁都可以看出，这些人无视信长葬礼，明摆着要与秀吉对抗。在历时十七日的大法事之后，人们感到“天下又将不太平”。近畿诸将都出席了法事，毛利辉元也派来了代表。但柴田胜家麾下的前田、佐佐、金森、德山诸将及神户信孝之类，泷川及其部下也仿佛约好一般都没有上京。尤其还有德川家康势力的存在。自本能寺之变后，德川便处于极其特殊的位置。此刻仍在外奔波的他冷眼旁观着，至于他如何看待今日的局面，谁也不知道。