福康安一生中参加大的战役有五次，其中三次是由他作为统帅指挥的，除上述的镇压林爽文、征廓尔喀之外，还有一次就是乾隆六十年（1795年）的镇压湘黔苗民起义。
湖南、贵州接壤之处是苗、瑶等少数民族聚居地。自从雍正年间清政府实行改土归流之后，苗族人民不但受到苗族上层统治者的欺压，而且受到满汉大小官员的掠夺和盘剥，生活日益贫困，反抗情绪日渐增张。乾隆六十年正月，贵州松桃厅大塘汛大寨营苗民石柳邓首举义旗，紧接着湖南永绥厅黄瓜寨苗民石三保率众起义，凤凰厅苏麻寨的吴半生，乾州厅平陇的吴八月以及保靖县各寨苗民纷纷响应，起义军先后攻占了大塘、长行铺、永绥、乾州，杀死了前来镇压的永绥副将伊萨纳、镇篁总兵明安图。到二月份，起义军已发展到八九万人，形成了一支巨大的反清势力。清政府连忙派云贵总督福康安率安笼镇总兵花连布、参赞额勒登保、德楞泰，动用云、贵、川、湘等省兵力数万人前往镇压。
当福康安率军到达苗疆时，义军正围攻正大营、嗅脑营、松桃厅三城。福康安由贵州铜仁出发，先打败了盘塘坳义军，解了正大营之围。正大营东面是苗寨聚集的地方，而且通四川，福康安集中兵力攻打此地区，焚大寨26个，获粮食万余石。
同年闰二月，福康安领兵绕行至高陇坡，然后向嗅脑进军。从高陇坡至嗅脑有苗民寨子数百个，其中岩门寨、地所坪最为险峻。福康安命兵士们用火攻，先克官舟营木城，然后又克倬山等百余寨，又解嗅脑之围。
福康安转而奔松桃厅，乘夜进兵，先后焚毁野牛山、白岩圭等寨，以清后路。天明时分到达松桃厅。当初义军在围松桃时，在城周围建了不少寮寨。福康安命兵士将寮寨尽行烧毁，松桃城中的清军也乘势冲出城来，围攻义军，义军不敌，撤走，松桃厅之围亦被解。不几日，福康安便连解三围，乾隆帝为奖励他，赏戴三眼花翎。
这时，得探报，知义军首领石柳邓驻大溏汛、大寨营，于是他与川督和琳合力前往搜剿，先后焚寨40余处。石柳邓不敌，率义军渡河投靠石三保的黄瓜寨中。
当清军到达河岸时，义军已在对岸筑无数石卡据守。福康安没有立即渡河，而是命部分兵士潜至上游水田坝，绑好木筏待命。另外，让当地居民在河岸上放牛，命投降的番兵和屯练兵埋伏在周围。义军百余人乘船渡河来抢牛，伏兵突起，夺过船只，趁机渡过河去，上游的官兵也乘木筏顺流而下，一齐登岸，夺取了对岸的石花寨，义军皆弃卡逃走。在这之前，福康安已派总兵花连布去攻打围永绥的义军，这时，福康安便领兵与其会合，经三日激战，打退了义军，解了永绥之围。
三月底，福康安领兵进抵竹子山，义军大多数聚在山中兰草坪西北崖的板寨中。义军假装在东南山凹中竖立旗帜，以给清军造成错觉，使清军误入山凹中，他们以便乘势歼之。福康安则将计就计，命大部分兵士在山凹的对山石间埋伏，并安好火炮，命另一队兵士佯作误入山凹。结果义军以为清军上当，便全部出动，来迎击清军。伏兵待义军全部进入伏击圈时，突然发炮，并冲下山去，义军惊慌失措，无力抵抗，逃出山凹，坪上的义军也丢弃木城，退守趾木陀山。四月，福康安率部攻下此山，并屯驻山梁之上。
此山之西有一登高坡，与黄瓜山对峙，坡的右面有一老虎湾，可通黄瓜寨。福康安将所部分成五路，冒雨进攻黄瓜山，将义军逼至山后，清军遂占黄瓜山梁。当天夜里，福康安又率兵士冒雨向山下冲去，掷火药，焚其寨56个，擒其兵士百余人。石柳邓、石三保弃黄瓜寨，逃往吴半生处投靠，在藕麻寨、鸦酉、鸭保等处驻扎。
福康安领兵由小红岩抄近路攻打藕麻，先夺取大小喇耳山，然后用火攻其寨，不少义军当时被烧死，侥幸逃出藏入山间的，也被烟熏死。清军先后毁寨40余个。
这之后，义军首领吴半生、石三保隐于西梁、雷公山、盘基坳山、竹山坳等山中与清军周旋。福康安领兵“越险进，或分或合，步步为营，昼夜不少息”，攻克大小寨子几百，歼敌几千。九月，吴半生由高多寨出降。乾隆为表彰福康安的功绩，破例晋封他为贝子。这样，他就是宗室之外第一个活着封此显爵的满人，享有与同爵皇子们相同的特权。
同年十月，福康安领兵开始攻石三保据守的鸭保。他们趁夜发兵，时值初冬，一场大雪之后又刮起了西北风，天寒地冻，天色昏暗，福康安命兵士们在黑暗中摸索前进，天未明即抵达木城下，兵士们一齐向城中掷火，木城顿时火起，义军四下逃走，清军遂得垂藤、董罗诸寨。十一月，克卧盘寨生擒义军首领“吴王”吴八月。随后，又连克 木营、地良、八荆、桃花、普定、擒头坡、骡马峒、两岔河、川峒等处的大小苗寨几百处。
嘉庆元年正月，福康安继续向义军聚集地平陇、乾州进军。一路连克吉吉寨、大陇峒诸寨、斗角岩尾坡、巴金湾寨、平逆坳、结石冈、牧牛坪、官道溪、火麻营、廖家冲。他们或以火攻，或用炮击，或者偷袭，夺得七道山梁，百余处寨子，距平陇和乾州厅已经不远了，“成功当在指日”。就在这时，由于一年多不分昼夜的艰苦跋涉和紧张作战，加之苗疆“雾雨连绵、气候蒸热”，福康安病倒了，连续泻肚，虚弱不堪，但他仍督师进军。五月，病逝军中。
乾隆闻讯十分痛心，为表彰福康安这种“宣劳超众，体国忘身”的精神，特晋封其为郡王，赏内帑银一万两办理丧事，赐陀罗经被，并亲往赐奠。命在富察氏宗祠之旁建立专祠，以时致祭。同时追封其父傅恒为郡王，其子德麟亦晋袭贝勒。
福康安被赐谥“文襄”。为表彰他在金川、台湾、廓尔喀战役中的战绩，图其形于紫光阁。
然而，嘉庆皇帝并未像他父亲那样褒奖福康安，多次追谴他在军中挥霍无度。嘉庆十三年（1808年）又将其子德麟从世袭贝勒降为贝子。