慈禧忙着筹划废立之事的时候，义和团运动就逐渐兴起了。义和团运动的主角是在大多数情况下惯于沉默、甘于顺服的下层民众。它起源于秘密宗教组织，反对外国侵略，演绎了一段悲壮的历史。当然，义和团身上带有浓厚的封建迷信和愚昧、盲目排外的色彩，比如他们借口天神附体可刀枪不入，认为洋人筑路乃是控制了“龙脉”、洋人开矿是泄漏了地下的“宝气”，逢洋人就杀，等等，但义和团的高层领导，贪生怕死，卑鄙恶劣，毫不足取。
在袁世凯及他的武卫右军派到山东镇压义和团之后，山东义和团暂时沉寂下来，却发展到直隶一带，京城的气氛顿时紧张起来。清政府派刑部尚书兼顺天府尹赵舒翘与军机大臣刚毅等先后到涿州，以便对义和团相机开导解散。此时，清廷各派对立逐渐尖锐化，执掌朝政的军机处认为对拳会“不可操切从事”“毋得轻伤民命”；但地方权臣刘坤一、盛宣怀等却力主“剿”。而作为最高统治者的慈禧，当义和团的势力迅速发展至京畿时，感到左右踯躅、剿抚两难。
在这种纷繁复杂的矛盾之中，荣禄虽然觉得其实拳民的本意，“不过自卫身家，其仇教嫉洋尤见乃心”，但其来势汹汹，如果不严拿重惩，危害太大。他向慈禧提出了两条意见：一是讲究方法，分别良莠首从，不要过分镇压而生变，对为害大者要严惩不贷；二是他认为严禁义和团，本来就是朝廷应该做的，并不是虐民媚洋，这一点是为了消除慈禧的顾虑。
1900年5月，荣禄抱病到丰台、马家堡一带巡阅，为加强对义和团的防范和镇压，他派出其武卫中军五个营前往丰台，三个马步营前往马家堡，另外三个马步营驻扎永定门内。驻守天津一带的聂士成也派出步队一营赶到丰台驻防。虽如此，但荣禄并不坚持自己的看法，他紧紧地观察慈禧的态度，从不直接发出命令，每遇难缠之事时，“屡请皇太后睿识独断”。
此时，义和团易旗改帜，宣称“扶清灭洋”。考虑到义和团从来没有形成全国性的大组织，没有强有力的中坚力量与强大的领导阶层，更没有高深的战略与谋略。我们可以认为这个口号不是义和团的深层战略布局，只是一个现实性策略。
在这一阶段，有些官员对义和团起事表示出了某种理解，但又觉得如不严禁，危害朝廷安全，洋人这边如闹起来更加不利；而有些官员则似乎看到了反击洋人的希望，向慈禧密奏“民心可用”，可尝试将义和团编为团练。
随着义和团的发展，列强紧张起来，看到朝廷举措不力，他们决定不顾清政府的反对，立即以保护使馆的名义调兵入京，这实际上是践踏了我国的主权。5月31日至6月2日，英、俄、法、美、意、德、日、奥八国第一批军队，共计450余人由天津分批到达北京。此外，他们还陆续增兵于大沽口外，这就使形势更加剑拔弩张了。
就在列强从天津调兵进京之时，义和团在沿途发动了袭击，还焚毁铁路、电线，荣禄认为，这样做，既有伤政体，又会使中外震动，必须及时防堵。于是他命杨慕时、邢长春各营自涿州、定兴、涞水一带撤回，全力保护自天津至卢沟桥的铁路。又派中军提督孙万林率步队五营、马队三旗，由卢沟桥移扎良乡、窦店一带，妥为布置，责成聂士成和裕禄组织兵力，一起弹压义和团，保护洋人。
与此同时，慈禧不断召集大臣，商讨该怎样对付义和团，在这期间，荣禄一直在生病，先请了20天的假，勉强上朝议事，后又请了40天的假，但他仍组织调动兵马，并七次上书，请求鉴于义和团发展迅猛，赶紧剿灭，使列强没有进兵的借口。但慈禧等人没有接受他的建议，原来他们的态度已经开始转变成想“利用”义和团对付列强了。荣禄调兵遣将的做法最终落得个“大学士勿得孟浪”的训诫，好不憋屈。慈禧派出协办大学士刚毅等人前往涿州一带，明为宣旨解散，实际上是查看义和团的发展状况。刚毅回朝后，密陈团民可用。慈禧默许，一些王公大臣也主抚主战，形势开始发生变化。
之所以会如此，原因就在于慈禧、载漪等人自策划废立以来对各国使臣越来越强烈的不满和愤恨的情绪，而洋人在义和团问题上的不断施压，使得这种情绪迅速膨胀。义和团的迅速发展，使慈禧觉得似乎找到了报复洋人的机会，义和团不是“扶清灭洋”吗？正好可以利用他们出出气，但她当时还是不敢与列强公开挑衅，还在观望之中。对于大阿哥的父亲载漪来说，如能借义和团的力量扫除洋人这个障碍，他的儿子就可以早日取光绪而代之。还有一些王公大臣则因义和团的壮大而变得盲目自大起来。
义和团在慈禧默许自由活动后，迅速进京。6月，义和团大规模涌入京城，一时间京城内义和团民遍布大街小巷。荣禄销假上朝，形势已一变至此，无论是列强还是义和团，都已经很不好对付了。他感慨万千，在给友人的信中写道：“力疾销假，而拳、洋之衅已成。拳以姑息而致蔓延，洋以情急而图自卫，遂致杆、路全毁，夷兵纷来而不可止矣。”他再次请求不要激化与列强的矛盾，尽力镇压义和团，但慈禧已经倾向于主抚主战派了。当时主剿主和派引荣禄为援，认为他能在慈禧面前说上话，但是载漪等人可是“己亥建储”后的新贵，以荣禄谨小慎微、明哲保身的态度，他是不太敢得罪这帮人的，也不敢贸然违背慈禧的心意。他在给袁世凯写的信中就这样表述过：事有可言者，仍有难尽言之时。虽然他反对主抚主战派，也只能满腹牢骚，唯慈禧之命是从。
情况变得越发不可收拾。6月10日，列强再次派兵从天津出发赶往北京，而义和团也在途中发动了更猛烈的袭击。11日，日本使馆的书记生杉山彬被董福祥部士兵击毙，先前以保护使馆名义强行进京的侵略军们肆意抓捕、枪杀义和团及无辜居民，义和团也给予回击。15日，义和团开始围攻西什库教堂。中外冲突此起彼伏，清政府还在左右摇摆。荣禄向军机处提出，应速调两广总督李鸿章接任直隶总督。慈禧接受了这一建议，但李鸿章看到情况复杂，找了个借口迟迟不动。荣禄还亲赴日本使馆就杉山彬被杀一事表示道歉。
慈禧决定召开御前会议筹划对待义和团及列强的方略。6月16日，第一次御前会议召开，袁昶等人建议剿灭义和团，竟被端王载漪厉声叱为“此即失人心第一法”。如此一来，荣禄便很少说话了，但经过主剿主和派的据理力争，最终朝廷采取了比较明智的决策：命荣禄派武卫中军保护各国驻华使馆，命刚毅、董福祥开导义和团，勒令解散，年轻力壮者，编入军中。
但是，载漪等人不甘心就此作罢。为了达到个人目的，他们决定推波助澜，刺激慈禧太后下决心反对洋人，他伪造了一份外国公使团挑衅性的照会，里面声称“要皇太后归政”。16日午夜，这封假照会由江苏粮道罗嘉杰送到荣禄处，载漪知道由荣禄进呈，慈禧是不会相信有假的。荣禄拿着照会，焦急万分，送还是不送呢？如果送到慈禧那儿，慈禧肯定会怒火中烧，说不定就会和列强开战，可是要是不送，怪罪下来，这可是死罪。犹豫了一晚，他还是抱着一丝希望把这封照会送至慈禧处。慈禧一见之下，果然悲愤万分，荣禄哪里能劝住她冷静下来呢。就在这种状态下，17日，第二次御前会议召开了。慈禧决然表示：“现在洋人首先挑衅，国家灭亡就在眼前，假若把江山拱手让给洋人，我有何面目去见列祖列宗，就是要送，也要拼死打一仗再送！”她还不准群臣进谏，如有表示反对的，要受到处罚。载漪等人也大声疾呼：“身为皇室宗族，我们要以社稷为重，祖宗留下的基业，岂能白送，誓死也要一拼。”在如此疯狂的场面中，荣禄哪里还敢公开反对慈禧。
6月18日，慈禧再次召开第三次御前会议。载漪请求攻打使馆，慈禧表示同意，此举遭到一些官员的强烈反对，荣禄也表示了明确的意见，认为“攻杀使臣，中外皆无成案”，不可如此。慈禧一概不听。在19日的第四次御前会议上，清廷最终决定对列强宣战。之后照会各使馆，限其人员及其家眷等24小时内起行赴天津。荣禄决定作最后的努力，20日慈禧单独召开的枢臣会议上，荣禄又提出不要攻打使馆，不然各国会联为一气，必欲置我方于死地，以一国而敌各国，“不独胜负攸关，实存亡攸关”，慈禧正在气头上，什么话都听不进去，她严厉申斥荣禄，并强令他担任围攻使馆的总指挥。
1900年6月20日，慈禧命清军及义和团开始围攻东交民巷的各国使馆，董福祥部攻使馆区西北两面，义和团也主要在这儿参与进攻。荣禄则指挥武卫中军攻打使馆区东、南两面。这里面以荣禄的兵力最强。下午4时清军正式开火，这次围攻至八国联军攻入北京止。第二天，即21日，朝廷正式发布宣战诏书。诏书洋洋洒洒数百言，极尽慷慨之能事，诏书中大表决心，言之旦旦：“与其苟且图存，贻羞万古，孰若大张挞伐，一决雌雄。”甚至还说，如有人临阵退缩、甘当汉奸，朝廷将“即刻严诛”，并连发谕旨嘉奖、召集义和团，特意声明对义和团应从“攻剿”改为“联络”。当我们把慈禧日后所说的“量中华之物力，结与国之欢心”这句经典台词，以及因列强没有让她下台而感激涕零的生动表演，和上述言行作一对照，就会发现是个天大的笑话。
慈禧及载漪等人把个人私欲置于国家安危之上，实为国之大害，而且围攻使馆的行为违反了国际法，并给了列强扩大进兵的借口，确是极为不智之举，荣禄主张剿灭义和团，反对围攻使馆，都是从维护封建统治的目的出发，我们虽不能苟同他镇压农民运动的观点，但作为一个有其历史局限性的人物，他显然还是很明智的，在客观上为保全民族利益做出了努力。荣禄虽然明智，却无力劝阻盛怒中的慈禧，只能听从懿旨，绑在这辆疯狂的战车上，走一步看一步了。