微生物工程是利用微生物的特定性状和机能，通过现代化工程技术，生产有用物质或直接应用于工业化生产的一种技术体系；是将传统的发酵技术与现代的基因工程、细胞工程、代谢工程、生物信息工程和计算机控制等新技术结合并迅速发展的现代发酵技术。
微生物工程是生物技术的基础和重要组成部分，是生物技术产业化的重要环节。《微生物工程原理》课程是生物工程专业必修的一门专业课程，它是从微生物工程的范畴出发，阐明生物产品生产的工艺原理。通过本课程的学习，使学生掌握微生物产品生产工艺的基本理论，能进行发酵工厂的工艺设计和解决产品生产过程中出现的主要问题，并为从事生物新产品和新工艺的研究与开发打好应有的理论基础。
一般而言，微生物工程可分培养基制备、无菌空气供应、菌种及种子扩大培养、发酵培养、发酵产品下游加工过程和微生物过程废弃物处理等六部分。其中发酵培养反映了微生物发酵生产的水平，是微生物工程的核心部分；培养基制备、无菌空气供应和菌种扩大培养是发酵生产的基础；发酵产品下游加工过程是发酵生产的保证；而发酵废弃物的综合利用和处理是实现发酵工业可持续发展所必不可缺的重要环节。本书第二、三、四、五章为发酵生产的基础部分，第六、七、八章为发酵生产的核心部分，由此构成本书的基本内容；本书第九章、十章扼要介绍发酵产品的下游加工过程和发酵废弃物的利用和处理（清洁生产），详细内容请读者参阅《生物工业下游技术》和《发酵工业废水处理》等书籍；最后，在本书第十一章讨论微生物过程的经济问题。
本书第一、十一章及第九章第一节由肖冬光编写，第二、七章及第九章第四、五节由赵华编写，第三章由张云瑞编写，第四章由彭新邦编写，第五章第一节由王岁楼编写，第五章第二、三节由马歌丽编写，第六、八章由李长文编写，第九章第二、三节由刘凤珠编写，第十章由王兰芝编写。
由于生物技术的发展很快，有许多微生物工程的新技术、新成果来不及消化吸收编入本教材，加上编者水平有限，错误和不足之处在所难免，诚恳希望读者批评指正。
肖冬光