影响浓醪发酵的因素有很多，概括起来可分为两个方面：一是菌种方面的原因，包括渗透压、底物抑制、产物抑制及副产物的形成等；二是工程方面，包括醪液输送的限制、传热限制、供氧能力限制等。
一、菌种方面的原因
发酵生产的水平首先取决于微生物菌种的性能，选育适合于浓醪发酵的优良菌株是实现浓醪发酵的技术关键。
（一）渗透压的影响
微生物细胞只有在适宜的渗透压环境中才能进行正常的生长繁殖。如果渗透压太低会造成胞内物质流失，菌体生长受到影响；反之培养液渗透压太高，则易造成菌体细胞脱水，也会影响微生物的新陈代谢。
微生物细胞的平衡渗透压为0.85%的食盐水或2.60%的葡萄糖溶液，微生物可适应一定范围内的渗透压变化。就葡萄糖而言，多数微生物的最适生长糖含量为2%～5%，生长和代谢受到明显抑制的糖含量为10%～12%，致死糖含量为20%～28%。从这个意义上说，糖含量大于12%即可认为是浓醪发酵。
（二）底物抑制
某些微生物，当底物（营养物）浓度达一定值时，细胞的生长和代谢受到抑制，使发酵速度下降，这种现象叫做底物抑制。不同的微生物和不同的底物，其抑制作用的机理不尽相同，其中有的是多种抑制作用的综合效果。如以葡萄糖为底物进行酒精发酵时，当糖浓度大于50g/L时，酵母的生长和发酵都受到抑制，其抑制作用包括高浓度底物的竞争抑制和葡萄糖阻遏效应。高浓度底物抑制是指多个葡萄糖分子倾向于与转移酶结合，导致输送系统阻塞，从而抑制了总的结合效果和底物的吸收速度，进而影响发酵速度。葡萄糖阻遏是阻止mRNA的生成，从而阻止相关代谢酶的合成。此外，高浓度的葡萄糖还对酒精脱氢酶的活性有影响。
（三）产物抑制
在发酵过程中，随着产物浓度的提高，微生物的生长和代谢速率逐渐下降，这种产物抑制现象是普遍存在的。在酵母菌的酒精发酵过程中，当酒精含量4%时，开始有明显的抑制作用，随着酒精含量的升高，酒精发酵速度逐渐下降；当酒精含量>；10%～12%时，酵母菌的生长和发酵即停止。酒精对酵母菌的抑制作用主要表现在酒精对细胞膜结构的影响，高浓度的酒精削弱细胞膜对极性分子的屏蔽能力，使胞内物质流失，进而影响细胞生长和酒精发酵。
此式表明，随着青霉素浓度的上升，抑制作用越来越明显。当产物浓度达一定值时，青霉素的生成即停止。
（四）副产物的形成
提高底物浓度是实现浓醪发酵的必要条件之一。但在发酵过程中随着底物浓度的提高，一方面生成目的产物的酶系受到抑制，另一方面生成副产物的酶系被激活，从而导致目的产物的生成速率下降。即使微生物能够保持正常目的产物合成酶系的活力，但由于随着底物浓度的提高，微生物合成副产物的酶系被激活或酶活增加，也会导致副产物生成量增加，目的产物的收得率下降。例如，在酵母生产中，培养液糖浓度高时，会产生大量乙醇，使细胞对糖收得率下降；在青霉素生产中，培养液糖浓度高时，会产生有机酸，使青霉素产量减少。
二、工程方面的问题
（一）供氧问题
在许多情况下，供氧问题是限制浓醪发酵的主要因素。随着发酵浓度的增高，一方面所需的供氧速率增大；另一方面发酵液的黏度增大，影响氧的传递，在相同的搅拌和通风条件下供氧速率将有所下降，最终导致发酵过程供氧的不足。一般发酵过程的耗氧速率为0.5～3.0kgO2/（m3？h），对于耗氧速率<；1.0kgO2/（m3？h）的场合，采用一般的通风搅拌即可满足供氧要求；对于耗氧速率在1.0～3.0kgO2/（m3？h）范围内的发酵生产，则可采用溶氧效果较好的机械搅拌。浓醪发酵过程的耗氧速率达3.0～10.0kgO2/（m3？h），如不采取特殊措施，一般发酵罐的供氧速率往往不能满足微生物的耗氧要求。如酵母细胞高密度培养时的生物量达60～100g/L，如不限制生长速率，则高峰期所需的耗氧速率达5.0～10.0kgO2/（m3？h）。显然，一般发酵罐是不能满足其供氧速率的。在实际生产中，为了满足酵母生长的耗氧要求，当发酵罐的供氧能力达最大时，就不得不采用限制流加糖速率的办法来控制酵母的生长速率，以保证培养过程的顺利进行。
（二）热量传递问题
微生物在生长代谢时，会产生大量的生物热，在常规发酵时，高峰期放热量为5×103～5×104kJ/（m3？h），而浓醪发酵时高峰期放热量达5×104～1×105kJ/（m3？h）。随着发酵浓度的增加，一方面放热量增加，另一方面传热效果下降，给冷却带来困难。
（三）流体输送问题
在浓醪发酵过程中，随着底物浓度的增加，醪液的黏度增大，导致醪液流动的阻力加大，给输送带来困难。同时，醪液黏度大也给产品提取带来难度。特别是以玉米面、豆饼粉等粗制原材料为培养基时，发酵醪非常黏稠，采用浓醪发酵时，醪液的输送和搅拌都成问题。