HP治疗常用的药物有以下几类。研究和临床证实对HP有杀灭作用的抗生素：羟氨苄青霉素，每日30～50毫克/千克；克拉霉素，每日15.20毫克/千克；甲硝唑，每日25—30毫克/千克；替硝唑，每日10毫克/千克；呋喃唑酮，每日3—5毫克/千克。以上抗生素每日早晚分2次服用。铋剂：对HP有杀灭作用，胶体次枸椽酸铋（CBS），每日6—8毫克/千克，每日分2次早晚服用或分4次三餐前和睡前半小时服用。质子泵抑制剂（PPI）：已证明奥美拉唑（洛赛克）亦具有抑制HP生长的作用，每日0.3～0.5毫克/千克，一次服用。H2受体拮抗剂（H：RA）：雷尼替丁，大于8岁使用，每日3—5毫克/千克，一次服用。
由于HP栖居部位环境的特殊性，不易被根除，目前多主张联合用药。儿科专家推荐以下治疗方案：①CBS+H：RA+1种抗生素，②CBS+2种抗生素，③PPI+2种抗生素，④H：RA+2种抗生素。
推荐1—2周短疗程疗法，有90%左右根治效果，不良反应少，依从性好。临床上常用②③治疗方案。有活动性溃疡应选用奥美拉唑为主的方案，抗生素选用克拉霉素HP根除率可提高10010.