中医除“百日咳”病名外，根据患者咳嗽的性质、咳嗽的证候特征以及具有传染性的特点而有很多的命名。如由于咳嗽呈阵发性，故名“顿咳”、“顿呛”、“顿嗽”。由于咳嗽伴鸡鸣声，故名“鸡咳”、“鸬鹚咳”。由于有传染性，故名“疫咳”、“天哮呛”。由于呈痉挛性咳嗽，故名“痉咳”。
中医认为，本病是因为内蕴伏痰，外感时疫。时行疠气侵肺，夹痰交结气道，致肺失宣肃所致。若婴幼儿体禀不足，肺气娇嫩，可合并肺炎喘嗽，甚则可致昏迷，抽搐之变症。
中医治疗百日咳主要以化痰降逆，清热泻肺为原则。根据疾病的发展过程分为初咳期、痉咳期和恢复期三期，分别治以宣肺、泻肺、润肺。初咳期（早期）采用疏风解表，宣肺止咳的治法，用三拗汤或小青龙汤加减治疗。痉咳期（中期）治以泻肺清热，解痉镇咳，采用桑白皮汤合葶苈大枣泻肺汤加减治疗，重在清热泻肺镇咳。
恢复期（后期）治以益气健脾，滋阴润肺，采用人参五味子汤或沙参麦冬汤加减治疗。中成药小儿百部止咳糖浆具有清肺，止咳，化痰的功效，适用于小儿痰热蕴肺所致的顿咳。口服，2岁以上一次10毫升，2岁以内一次5毫升，一日3次。
百日咳除采用中西药综合治疗外，民间还有很多验方、偏方、饮食疗法，可以作为本病的辅助疗法，对疾病的恢复很有帮助。近年来治疗百日咳的单验方主要有：①胆汁及其制剂。如熊、蛇、羊、牛、鸡、猪胆等。经研究证明胆汁有抗百日咳杆菌和缓解平滑肌痉挛的作用。比如熊胆组方（熊胆、朱砂、姜半夏、橘红、川贝、冬花，研末，每次1～2分，一日3次）。清胆丸，也叫百日咳丸（法夏、陈胆星、浙贝、玉竹、陈皮，各一两，研末，炼蜜加牛胆汁或猪胆汁一个，调丸，青黛为衣，每丸4分）。三蛇胆、陈皮末，有缓解支气管痉挛作用；②百部及其制剂：祖国医学很早就有关于百部这味中药治疗百日咳的记载，如百部丸（《证治准绳》）、百部散（《太平圣惠方》）、百部酒（张文仲验方）、百部煎（葛洪方）、百部膏（续十全方）、百部片（普济方）、百部饮（图经方）、百部水（景岳应用方）等。现代研究证实，百部有减轻呼吸中枢兴奋性、杀灭百日咳杆菌作用，并可通过抑制咳嗽反射中枢神经以达镇咳的目的；③其他：如紫皮大蒜、何首乌、马鞭草、天文草、鹅不食草、僵蚕、全蝎、钩藤、三头草等都有抑制百日咳杆菌的作用。