因年龄不同，机体的易感性有差异，因此儿童真菌感染的病种和发病率也不同，根据感染部位的不同，儿童常见的真菌感染可以分为儿童浅部真菌感染和儿童深部真菌感染两大类。前者通常由酵母真菌（例如念珠菌、马拉色菌）和皮肤癣菌引起，感染存在于表皮死亡的角蛋白中，极少侵犯表皮以下组织。后者指通常在有易感因素存在的情况下，如果经过看上去合适的抗生素治疗，病情持续没有控制者，应该考虑真菌感染的可能。儿童浅部真菌感染性疾病包括体癣和股癣、手癣和足癣、甲真菌病、花斑癣、皮肤念珠菌病（包括指趾间糜烂、念珠菌性间擦疹、丘疹形念珠菌病、念珠菌性甲沟炎、甲床炎、慢性皮肤黏膜念珠菌病）、黏膜念珠菌病（包括鹅口疮、念珠菌性外阴阴道炎和念珠菌性包皮龟头炎，后两型儿童少见）
和头癣（通常可分为黄癣、白癣、黑点癣和脓癣四种）；儿童深部真菌感染中念珠菌感染最常见，曲霉病是第二位的系统性真菌感染，隐球菌病主要在HIV感染中，毛霉病主要在免疫缺陷的儿童中，或有糖尿病、白血病、肾衰的患儿中多见，其它在儿童中可以出现的真菌感染包括组织胞浆菌病、芽生菌病、球孢子菌病等。
治疗上体癣和股癣以外用药物治疗为主，对婴幼儿体、股癣患者宜选用较温和的外用药物，口服药物须慎用。儿童手足癣皮肤相对成人薄，因此外用药物治疗仍然可以达到较好的疗效，如果无效，可酌情选用口服抗真菌药物治疗。儿童甲癣可外搽30%冰醋酸液或3%～5%碘酊，对于年龄偏大的儿童，可以考虑口服抗真菌药物治疗。花斑癣为正常皮肤的腐生菌感染所致，仅在某些特殊情况下如高温、潮湿，局部多脂、多汗等情况下，儿童则以面部常见，外用药要慎重。皮肤、黏膜念珠菌病都可以采用外用药物治疗，2010克霉唑、咪康唑或酮康唑霜，制霉菌素霜，联苯苄唑霜，特比萘芬软膏以及复方雷锁辛搽剂，均可应用于皮肤念珠菌病。制霉菌素搽剂（制霉菌素100万单位，甘油10毫升，蒸馏水加至60毫升）主要适用于鹅口疮及生殖器念珠菌病，外搽，每日2～3次。制霉菌素栓剂（每个5万～10万单位），适用于念珠菌性阴道炎，每晚一次，连用1～2周，必要时可考虑抗真菌口服治疗。对于头癣，口服抗真菌药物治疗是必须的，外用药物不能穿透毛发，不能阻止真菌继续侵袭毛发。灰黄霉素有效，至少要用6周，其他替代药物包括氟康唑、伊曲康唑、和特比萘芬。
全身使用抗真菌药物主要包括深部和浅部真菌感染的治疗以及免疫缺陷病人的长期预防。常用的药物有两性霉素B（AmB）、5-
氟胞嘧啶（5-FC）、酮康唑、伊曲康唑、氟康唑、灰黄霉素，具体用药遵从从医师建议。