动物试验研究表明甲硝唑对啮齿动物的确有致癌作用，但人体中尚未证实。一般来说，科学合理的应用不会导致癌症等严重的不良反应产生。要正确使用认识和使用甲硝唑，首先要了解它的不良反应。常见不良反应有：①胃肠道反应，如恶心、呕吐、腹泻、腹部不适、味觉改变、口干、口腔金属味等。②可逆性粒细胞减少，一般停药后就可以恢复。③过敏反应，如皮肤出现皮疹、荨麻疹、局部感到瘙痒等。④中枢神经系统症状，如头痛、眩晕、晕厥、感觉异常、肢体麻木、共济失调和精神错乱等。⑤其他有发热、阴道念珠菌感染、膀胱炎、排尿困难、尿液颜色发黑等，均属可逆性，停药后自行恢复。⑥最严重不良反应是大剂量使用时可引起癫痫发作和周围神经病变，后者主要表现为肢端麻木和感觉异常。其次应在医生指导下科学选用。
