发挥国有经济的主导作用与实现国有经济的市场化，是国有经济改革与发展的两个主要目标，而这两个目标在一定程度上又是相互矛盾的，那么，应当如何处理两者之间的关系呢？如何在保持国有经济的主导作用的前提下推进国有企业改革呢？又如何在推进国有企业改革的过程中保持国有经济的主导作用呢？问题的关键有两个方面：
1.发挥国有经济主导作用的方式要适应市场经济的要求。
在社会主义市场经济条件下，国有经济实现其主导作用的方式要与市场经济的要求相适应，要根据市场经济的要求不断调整和改革。
第一，在社会主义市场经济中，国有经济的主导作用不应当通过对其他所有制实行外在的行政强制而确立，国有制经济与其他所有制经济的关系不是相互对立和排斥的，而是相互渗透、相互依赖、相互促进的，多种所有制经济的共同发展，是社会主义市场经济健康发展的必要条件。因此，发挥国有制经济的主导作用的关键不在于使国有企业在数量上占绝对优势和垄断地位，而需要在提高国有经济的控制力、竞争力和影响力上下大功夫，按照生产力发展的要求调整国有经济的布局、结构和组织形式，在多种所有制共同发展中实现其主导作用。
第二，在社会主义市场经济中，国有经济的主导作用不应当通过国有企业的全面扩张来实现，而要坚持有进有退，有所为有所不为，集中力量，加强重点，提高国有经济的整体素质。从总体上看，可以把国有经济的分布领域分为两种情况：即有控制的领域和一般性的领域。在有控制的领域，国有经济要起支配作用，国有企业的范围、制度和行为的选择不仅要考虑市场化的短期目标，而且要考虑宏观调控的总体要求和约束。在其他一般性的领域，国有企业的范围、制度和行为的选择则要完全以市场竞争为导向，国家对此一般不进行直接干预和约束。
第三，在社会主义市场经济中，国有经济的主导作用不应当以压制和扭曲市场机制为代价，深化国有经济的改革是发挥其主导作用的必要条件。国有经济中存在的政企不分、政资不分、行政垄断、价格扭曲现象不仅降低了国有经济的效率，而且阻碍了社会主义市场经济的发展，不利于有效发挥国有经济的主导作用。因此，应当根据市场经济的要求深化国有经济的改革，使企业成为适应市场的法人实体和竞争主体，尽快实现从传统计划经济向社会主义市场经济的过渡。
第四，在社会主义市场经济中，国有经济的主导作用不应当仅仅通过国有独资企业来实现，而应当充分利用股份制等资本组织形式，通过国有控股和参股等形式吸引和组织更多的社会资本，放大国有资本的功能，提高国有资本的控制力、影响力和带动力，同时增强公有制与市场机制的兼容性。随着改革的不断深入和社会主义市场经济的不断发展，国有独资企业在国有经济中的比重将明显减少，国有控股和参股企业在国有经济中的比重将会明显增加。
第五，在社会主义市场经济中，国有经济的主导作用不应当主要依靠国有经济的数量优势而应当主要依靠国有经济的质量优势来实现。发展适应社会化大生产需要的具有技术优势和竞争优势的大型企业集团，是国有经济发挥主导作用的基本力量。因此，要按照抓大放小、以大带小、着眼于从整体上搞好国有企业的原则，对国有企业进行战略性改组，以资本为纽带，通过市场形成具有较强竞争力的跨地区、跨行业、跨所有制和跨国经营的大企业集团，加快放开放活国有小企业的步伐。
国有经济主导方式的这种转变，既能适应市场经济发展的要求，有利于公有制与市场机制的结合，又可以弥补市场的不足，克服市场的缺陷，在国民经济的发展中发挥其主导作用。
2.国有经济的市场化改革要考虑其发挥主导作用的要求。
国有企业改革的一个重点和难点是如何在推进市场化和竞争化的过程中保持国有经济的主导地位。从20世纪90年代起，国有企业改革的基本思路就是大企业的股份化和小企业的民营化，而这两方面的改革如果没有国有经济的主导作用作为前提，其实质就是全面的私有化。以股份制为例，它的性质取决于控股权的性质，如果国有企业股份制改造完全按照市场化的原则，国家只以盈利为目标而不需要掌握企业的控制权，那么，从理论上，国有股份可以在适当的价格下全部出售，这样国有企业也就完全不存在了。
因此，国有经济的改革除了要以实现企业的市场、竞争性化外，还要有利于发挥其在国民经济中的主导地位。一般来说，在市场经济条件下，国家的所有权与企业的经营权应当是分开的，企业是一个独立的商品生产者，自主经营，自负盈亏，这是国有企业改革的基本方向。但是，从国有制产生的基础和它的内在本性来说，所有权与经营权的分离又不可能是绝对的，无条件的，而只能是相对的，有条件的。根据国有经济的不同类型，现实的国有企业的产权结构大体上可以区分为两种情况：
第一种情况适用于一些需要由政府直接进行控制的关键性的国有大型企业，这些企业具有重要的宏观意义。它的主要特点是：
（1）范围的有限性。从范围上看，这类企业主要又包括两种类型：一种类型是与特殊部门相联系的，它主要存在于基础性产业、主导性产业以及垄断部门和公用事业等不完全竞争部门，如金融业、铁路、民航、邮电、能源、核工业和军工业等；另一种类型是与企业性质相联系的，存在于竞争部门中的少数国有大型企业，这些企业一般是具有国有资产所有权代理职能的企业集团、控股公司、投资公司和资产经营公司。这两类企业虽然也要考虑市场经济的要求，实行独立核算、自主经营，服从供求、价格和竞争的调节，但是，从国有功能上说它们并不完全是微观性的、商业性的，而是具有很大程度的宏观意义和社会功能，是实现政府主导作用的经济基础。这部分企业在数量上是少量的，但在经济发展中起主导作用。因而，在实行股份制改造中，国家需要在这类企业中保持绝对或相对的控股权。
（2）相对自主性。这类需要政府一定程度上直接控制的国有企业不可能像非国有企业那样，实现完全的自主经营和自负盈亏，它的重大的投资决策、领导人的选择和发展战略要或多或少地受政府有关部门的控制和协调。这些企业改革的目标不是完全的商业化，而是要建立集中与分散、统一性与灵活性相结合的企业制度，提高资本使用效率，更好地发挥政府的主导作用。在改革过程中既要赋予企业较大的经营自主权和独立的财产权，又要强化国家所有权的约束，加强对国有财产运营的管理和监督；既要强调政企分离，又要强调政企合作，对于这类企业政府要加强监督和管理，提供必要的支持和帮助。
第二类企业是一些不需要由政府进行控制的一般性国有企业，包括存在于竞争比较充分和市场化程度比较高的部门中的大部分国有大中型企业和不完全竞争部门的部分国有中小型企业。在这种类型的企业中，企业完全是按照市场竞争的要求依据效率的原则从事活动的，一般不承担特殊的社会责任，政府和企业实现了比较完全的分离，企业获得了充分的自主权，实行比较完全的自主经营和自负盈亏。对于这类企业，政府一般不进行直接的控制和干预，只是通过维护竞争秩序，稳定经济宏观环境，为企业正常的经营活动创造外部条件。这部分国有企业的生存和发展完全取决于市场竞争。从发展趋势上来说，这部分国有企业特别是中小企业，比较适合采取个体的、私营的和集体的等非国有经济形式，因此它们中的相当数量的企业将会通过租赁、拍卖、兼并等方式，转变为非国有企业。
与上述两种不同性质的企业相对应，国家作为所有者对国有企业产权的管理也应当按照两种不同的方式来分别进行。在第一种类型的企业中，国家直接作为所有者与企业发生联系，直接行使所有者的职能，如向企业直接注入资本金或对企业的重大投资项目进行控制，监督企业履行保证国家财产保值和增值的义务；直接任命企业的领导人；对经营不善的企业进行改组或宣告破产，等等。在第二种类型的企业中，国家与企业的财产关系是以国有资产所有者的代理机构为中介的，国家把国有资产所有权职能委托给企业集团、投资公司、控股公司等中介性组织，使它们以所有者的身份与这些下属的企业发生联系，从而具有了双重性质，即在国家与它们的关系中，国家是所有者，它们是经营者；在它们与下属企业的关系中，它们是所有者，下属企业是经营者。如果国家与这些代理组织的产权关系是清楚合理的，这些代理组织的经济行为是有效的，那么，由国家所有权的代理按照市场化的方式来组织和经营管理具体的国有资产也是有效的。