曾国藩和郑敦谨到江宁接到案子后越审越奇，疑点重重，传闻四起。曾国藩试着一层一层揭下去，这个像谜一样的案子，竟然与湘军、与天津教案，甚至与他自己也有关联。这还了得，曾国藩被惊得一身冷汗，不敢再审下去了。
无奈，曾国藩只好遵照慈禧太后的指示，处决了张文祥，而把马新贻树立为大清官员的楷模，还给予了厚厚的抚恤金。总之一句话，马心仪是百里挑一的好官，张文祥是万恶不赦的发逆（发逆，是清朝时期对太平天国起义者的蔑称）。
然而，纸是包不住火的。大量的野史、笔记、小说、戏曲都记载了马新贻被刺原委。原来，马新贻靠假报军功，才官运亨通。他在所谓的“剿匪”战斗中，本来是个败军之将，被俘后，为了活命，便与“匪首”成了拜把兄弟。接着，便由把兄弟导演一幕幕马新贻收复失地的闹剧，欺瞒了朝廷，才当上了封疆大吏。后来，这些把兄弟千里迢迢来投靠他，马新贻却奸占了把兄弟的妻室，诱杀了把兄弟。张文祥侥幸逃脱后，决定为惨死的兄弟报仇，才弄出这一出刺马的大案来。
可见，清廷所倚重的大臣，欺上瞒下，忘恩负义，禽兽不如。这正是清廷官场腐败的缩影，这种丑闻见不得天日，难怪慈禧太后费尽心机掩盖事情的真相。
不过，野史总归是野史，历史到底发生了什么，只有老天爷知道了。
总之，空前绝后的刺杀总督一案，就这样草草结案了，可连结案的曾国藩都不知道到底发生了什么事。结果，这个案子成了中国历史上难以破解的疑案。
忧郁离世
虽然，调查刺马一案让曾国藩暂时忘记了一些烦恼，但刺马案若隐若现的内幕又深深刺激着他的大脑神经。
曾国藩开始为大清的前途忧心，郁结在心中的闷气让他感到连呼吸都成了问题。
同治十年八月（公元1871年9月），趁秋高气爽的好天气，曾国藩和好友踏上停泊在下关码头江面上的“威靖”号轮船，开始了为期两个多月的军事检阅活动。
曾国藩一边巡视，一边欣赏江南的秀丽风景，心情自然也好了许多。
十月七日（11月19日）曾国藩一行到达上海，在当地官员的陪同下，开始视察江南制造总局的各种机器和轮船。
看到江南制造总局的造船技术在不断改进，曾国藩很高兴，但对木制舱板还是很不满意。因为打起仗来，木板很容易起火燃烧。既然洋人能造出铁甲舰，那么中国人也不能落后。
曾国藩要求他们尽快造出铁甲舰来，并说如果中国能有50艘铁甲大舰，就敢和洋人在大海上一争高下了。然而，当他进一步了解江南制造总局的情况时，他的情绪就没有那么高涨了。因为江南制造总局不仅效率低、成本高，而且浪费也太大。所以，没准哪一天就会有人提议，停办江南制造总局，干脆向洋人去买军火兵舰算了。这好像一股冷风，把曾国藩吹得清醒了不少。
既然出现了问题，就要解决问题，没什么可怕的。只要提高效率，降低成本，不就万事大吉了吗？
可洋人办工厂，都是厂方自己经营管理，以盈利为目的，所以效率很高。而中国正好相反，江南制造局全由公款生产，产品又全部直接调拨给军营、炮台，不讲求盈利和效益。
经营体制的不同，导致了不同的结果，这是问题的关键所在。
曾国藩万万没想到是这个结果，脸色开始阴沉了。因为只要大清存在一天，这个办工厂的体制就不会改变。照这样下去，工厂总有一天要停办。然而，如果中国不设厂自造武器，一切都靠买外国的，中国还拿什么来自强？
大清已经腐败到骨髓，本以为依靠先进的工厂，制造一些坚船利炮，和洋人一争高下，结果却是如此。
曾国藩越想越苦恼，制造铁甲舰遥遥无期，复兴强国也只是一个梦而已。他只觉得浑身乏力，忽然觉得一阵眩晕，接着便是张口结舌，不能完整地说出一句话来，再下去便什么都不知道了。
经过全力抢救，三天后，曾国藩才慢慢清醒过来，但感觉这一次病得更加严重了。乔迁之喜，庆祝、摆宴自然不能少，但曾国藩却一点也提不起精神来。
江南的冬天虽然温暖如春，但曾国藩觉得内心空旷无比，病情也逐渐加重。两个月后，曾国藩突发脚麻之症，头晕目眩，舌头僵硬不能说话。他意识到自己将不久于人世了，但对大清的未来还是不放心，于是赶紧写信给自己的接班人李鸿章，想交代一些后事。
接信后的李鸿章冒着严寒，由保定赶到江宁。
师生见面后商议了幼童出洋的事情，并联名上奏，强调这是中国自强的根本大计，希望朝廷能够重视。曾国藩为大清真是殚精竭虑，自己即将不久于人世，却还想着大清的前途，不愧为一代名臣。
曾国藩还归纳了自己的人生教训，向李鸿章交代了三点：一是湘军裁撤的事情，他自认自己顾虑太多，自剪羽翼，做法欠妥。他让李鸿章切记手里的军队只可加强，不可削弱。二是希望李鸿章以一身为天下表率，多多培养种子，才能正人心，淳世风。三是办洋务之事一定要抓紧，但有一点要注意，就是冯桂芬说的：“以中国之伦常名教为原本，辅以诸国富强之术。”
看着侃侃而谈的老师，李鸿章放心了，认为老师的病没什么大碍。由于年关临近，他不得不辞别曾国藩赶回直隶，但怎么也没想到这次竟然是和恩师的最后一次见面。
和李鸿章一番长谈后，曾国藩极度兴奋，他已经好久没有这么兴奋了，但紧接着旧病复发了，头昏眼花，耳鸣不止，一连几天不能开口说话。直到大年三十，过节的气氛让曾国藩感到轻松了许多。
同治十一年二月初四（3月12日），在花园散步的曾国藩突然脚麻不能动，接着两眼看东西模糊不清，肢体偏瘫，当晚便不治身亡，享年62虚岁。
当月，清廷闻讣，辍朝三日。追赠太傅，谥文正。
大清的确应该好好地嘉奖一下这位功臣，如果没有这个汉人的努力，大清朝可能已经被太平天国踩在了脚下，正因为有了这个汉人的忠诚，大清才又苟延残喘了50年。
几个月后，曾国藩的灵柩被运到长沙，葬在长沙南门外的金盆岭。后来，又改葬在善化县（今望城县）湘西平塘伏龙山，和夫人欧阳氏合葬。
一代名臣，就这样陨落了。成功过，也失败过；辉煌过，也失落过，一切都成了历史，只留下了是是非非，任后人来评说。
附：曾国藩遗嘱附：曾国藩遗嘱
余通籍三十余年，官至极品，而学业一无所成，德行一无可许，老人徒伤，不胜悚惶惭赧。今将永别，特立四条以教汝兄弟。
一曰慎独则心安。自修之道，莫难于养心；养心之难，又在慎独。能慎独，则内省不疚，可以对天地质鬼神。人无一内愧之事，则天君泰然，此心常快足宽平，是人生第一自强之道，第一寻乐之方，守身之先务也。
二曰主敬则身强。内而专静统一，外而整齐严肃，敬之工夫也；出门如见大宾，使民为承大祭，敬之气象也；修己以安百姓，笃恭而天下平，敬之效验也。聪明睿智，皆由此出。庄敬日强，安肆日偷。若人无众寡，事无大小，一一恭敬，不敢懈慢，则身体之强健，又何疑乎？
三曰求仁则人悦。凡人之生，皆得天地之理以成性，得天地之气以成形，我与民物，其大本乃同出一源。若但知私己而不知仁民爱物，是于大本一源之道已悖而失之矣。至于尊官厚禄，高居人上，则有拯民溺救民饥之责。读书学古，粗知大义，即有觉后知觉后觉之责。孔门教人，莫大于求仁，而其最初者，莫要于欲立立人、欲达达人数语。立人达人之人，人有不悦而归之者乎？
四曰习劳则神钦。人一日所着之衣所进之食，与日所行之事所用之力相称，则旁人韪之，鬼神许之，以为彼自食其力也。若农夫织妇终岁勤动，以成数石之粟数尺之布，而富贵之家终岁逸乐，不营一业，而食必珍馐，衣必锦绣。酣豢高眠，一呼百诺，此天下最不平之事，鬼神所不许也，其能久乎？古之圣君贤相，盖无时不以勤劳自励。为一身计，则必操习技艺，磨练筋骨，困知勉行，操心危虑，而后可以增智慧而长才识。为天下计，则必己饥己溺，一夫不荻，引为余辜。大禹、墨子皆极俭以奉身而极勤以救民。勤则寿，逸则夭；勤则有材而见用，逸则无劳而见弃；勤则博济斯民而神祗钦仰，逸则无补于人而神鬼不歆。
此四条为余数十年人世之得，汝兄弟记之行之，并传之于子子孙孙。则余曾家可长盛不衰，代有人才。