马耳他岛位于利比亚与西西里岛之间，距离两地都不足100 公里。
但是在这座岛上却有三个神秘的不解之谜。
一、轨迹之谜
马耳他岛上留下了一条令人匪夷所思的轨迹，它们出自史前文明还是来自地外？这一条奇特的轨迹，凹槽深度达72 厘米，这些轨迹很像某种轨道，当地土著人称之为大车辙。从表面来看，这些轨迹好像是车辙。有人认为这些轨迹就是实际使用的车轨，或许在某个时候湮没在地面之下，后来才又逐渐露出地面。但这也不可能。因为这些轨迹显示出了不同的辙宽。还有人认为这些轨迹只是大车辙，比如说某种双轴大车在地上压出的槽，这种说法也不对。双轴车的4 个轮子在转弯时，后面一对轮子划出的曲线肯定要比前面的小一些。因此，如果真是双轴大车，一定能找到与前面轮子辙印不同的后轮辙印，事实上却没有。也有人认为是单轴车，这一猜想同样不对，因为辙宽各不相等，这些单轴车得有活动的轴才可以留下这样的印迹。也有人提出其他想法。他们认为，这些轨迹或许是某种动物，比如牛，将树枝绑在背上拖曳而形成的。这些树枝下面有分叉，在分叉的枝干上放置沉重的货物，比如神庙中的巨型石雕。然而这种理论也不可能。马耳他岛的地面主要是石灰岩，如果某种动物的确曾经年复一年地拖着分叉的树枝走过而在地面上留下印记，那么，首先我们应看到这种动物踏出的小路，其次树杈必须具有相同的宽度。这些都使得这种理论不大可能成立。
还有人认为某种球状物体也许是解释轨迹之谜的钥匙，这种理论认为轨迹是某个球状物体在地面上滚动时压出的凹槽。不过这也不正确，因为实际球体在滚动时在凹槽低点留下的痕迹与人们在马耳他岛上的轨迹中所发现的特征完全不同。
对轨迹的另一种设想是，它是一种输水管道系统。这一想法也没有多大意义，因为轨迹的凹槽越过了高山与峡谷，并始终保持非常紧凑的曲线。
更有人大胆推测：马耳他岛地面是风化的石灰岩，它在潮湿的时候变得非常松软，也许就在这期间某种不明飞行物以一种特殊的方式接触过马耳他岛的地面留下了痕迹。
二、太阳神庙之谜
“蒙娜亚德拉”神庙又被称为“太阳神”庙。一个名叫保罗·麦克列夫的马尔他绘图员仔细地测量了这座神庙后发现，这座神庙实际上是一座相当精确的太阳钟。根据太阳光线投射在神庙内的祭坛和石柱上的位置，可以准确地显示夏至、冬至等一年的主要节令。而更令人震惊的是，从太阳光线与祭坛的关系推测，可以毫不犹豫地得出结论：这座神庙是公元前10205 年建成的，距今整整1.2 万年了。
这座神庙的存在，又一次打乱了人们的正常思维方式。1.2 万年以前， 神庙的建造者们居然能有那么高深的天文学和历法知识，能够周密地计算出太阳光线的位置，设计出那么精确的太阳钟和日历柱。这一切该怎么解释呢？
马尔他岛的面积很小，仅246 平方公里。但在这样一个小岛上，却发现了30 多处巨石神庙的遗址。不少学者的研究表明，这些巨石建筑的建造者们在天文学、数学、历法、建筑学等方面都有极高的造诣。有些研究者甚至推测判断节令的历法标志，而且还可用作观察天体的视向线，甚至能当做一副巨型计算机，准确地预测日食和月食。
三、神秘的地下建筑1902 年， 马耳他岛繁荣兴旺的佩奥拉镇发生了一起轰动世界的大事。当时一群建筑工人正在为一家食品店盖房， 几个工人正在努力地凿着地下的岩石。突然，脚下的岩石露出一个洞口，待凿开一看，竟是一个通过凿通硬石灰岩而建成的宏伟的地下室。闻讯赶来的考古学家们对洞穴仔细地进行了挖掘和清理，一个规模宏大、设计独特的史前建筑逐渐清晰地呈现在世人面前。沉寂的马耳他岛由此而名声大噪。
这座巨大的石制地下建筑共分三层，最深处距地面12 米， 错综复杂， 仿佛一座地下迷宫。它由上下交错、多层重叠的多个房间组成。里面有一些进出洞口和神奇的小房间，旁边还有一些大小不等的壁孔。中央大厅耸立着直接由巨大的石料凿成的大圆柱、小支柱，支撑着半圆形的屋顶。整个建筑线条清晰、棱角分明，甚至那些粗大的石架也不例外，没有发现用石头镶嵌补漏的地方。它的石柱、屋顶风格与马耳他其他许多古墓、庙宇如出一辙，但别的庙宇都建在地上， 这座建筑却深藏于地下的石灰岩中。由于构造奇特， 人们借用希腊文“地窖”一词来形容它，意为“地下建筑”。这座“地下建筑”是“庙宇”还是“坟墓”？在生产力极其落后的石器时代，马耳他的岛民为何耗费如此巨大的精力来建造这座庞大的地下建筑？ 有人认为它是一座地下庙宇。在这座地下建筑中，有一个奇妙的石室，人们称之为“神谕室”。由于设计独特，石室内产生了一种神奇的传声效果，因此石室又被称之为“回声室”。这个石室的其中一堵墙被削去了一块，后面是状似壁龛、仅容一人的石窟，一个人坐进去照平常一样说话，声音会传遍整个石窟，并且完全没有失真。由于女人声调较高，不能产生同样的效果，设计者就在石室靠顶处沿四周凿了一道脊壁，女人的声音就沿着这条脊壁向外传播。正是因为有这个石室存在，考古学家断定这座地下建筑是一个在宗教方面有着特殊用途的建筑物，说不定它就是祭司的传谕所。
然而，这座建筑真的就是一座地下庙宇吗？事实并非如此简单。越往地下深层发掘，考古学家发现它越不像是庙宇所在，尤其是在一个宽度不足12 米的小石室里竟然发现埋藏有7000 具骸骨。这些骸骨并不完整，骨殖散落在狭小的空间中，说明是以一种移葬的方式集中起来的，这种埋葬方式在原始民族中很普遍。地下室难道是善男信女们的永久安息之地吗？
据推测，此地下建筑约建于公元前2400 年前后， 当时岛上正处在石器时代。那么， 岛上居民什么时候把骨殖放到这个地方来的？马耳他的居民又为什么要如此安放骨殖？ 没有人知道。也没有人知道这座地下建筑在什么时候变成了墓地。兴许初建时它就兼有庙宇和坟墓的双重用途。也许这是一座仿效地上建筑而建的一座地下庙宇，也许它就是死者的安息之地。
这些问题均无答案，难以确定，很多解释也都在两可之间。