吕叔湘是一位地地道道的学人，非迫不得已，不参加社会上种种应酬，而是一门心思研究学问。吕叔湘治学态度严谨，他的著作总是理论联系实际，处处体现严肃认真、实事求是的作风。无论是长篇巨著，还是一两千字的短文，都要逐字逐句地仔细推敲，从不马虎敷衍。
他在读书的时候，遇到有用的材料，从来不放过，一定抄录下来，“说不定什么时候有用”。他在《这、那考原》这篇札记里，为了证明“这”字的前身“者”字在宋朝时已经跟现在的“这”字一样念去声，引用了两个例子。一个是杨万里的诗“只者天时过湖得，长年报道不须愁”，作者在“者”字底下自己注上“去声”。一个是《朝野遗记》里有一条，记刘攽请客，苏轼要先走。刘说：“幸早里，且从容。”苏轼说：“奈者事，须当归。”各以三果一药为对（杏、枣、李，苁蓉；柰、蔗、柿，当归）。有人问吕叔湘：“这么巧的例子是怎么找来的？”吕叔湘坦率地说：“说实话，找，未必找得来。这是还没有写这篇札记的时候就摘录下来的。”
吕叔湘对中国学生学英语也很关心，在开明书店出版了《中国入学英语》、《中级英语法》、《英译唐诗百首》等书，在正中书局出版了《英华集》。吕叔湘原来将《英华集》题作《中诗英译比录》，出版社把它改了，到1980年上海外语教育出版社重印时才恢复原名。
1948年12月，吕叔湘由南京迁居上海，任开明书店编辑。解放后，他随开明书店迁往北京。
1950年2月，吕叔湘应聘任清华大学中文系教授。1952年高校院系调整，改任中国科学院语言研究所研究员，同时也是中国文字改革研究会（1954年改为中国文字改革委员会）的委员。
新中国刚成立不久，领导考虑到机关干部以及报刊来稿上都存在着语言混乱现象，约请吕叔湘和朱德熙合写了《语法修辞讲话》在《人民日报》上连载。这个讲话不作理论上的阐发，尽量少用术语，主要通过举例来说明。全书六讲中除第一讲简单介绍语法体系外，其他各讲都是举出报刊杂志、课本、文件、文稿等时常出现的病句，分别从语法、修辞、逻辑等不同的角度一一加以解释说明。《人民日报》于1951年6月6日起开始连载，并发表了《正确地使用祖国的语言，为语言的纯洁和健康而斗争》的社论。社论明确指出：“我们的学校无论小学、中学或大学都没有正式的、内容完备的语法课程。”“正确地运用语言来表现思想，在今天，在共产党所领导的各项工作中具有重大的政治意义。”一段时间内，在全国范围掀起了学习语法、教学语法、研究语法的高潮。也就在这个时候，《中国语文》、《语文学习》、《语文知识》等刊物相继创刊，有力地推动了语法知识的普及。不仅学校普遍地加强了语法教学，就是机关干部、工人、解放军战士等也开始以《语法修辞讲话》和其他语法著作为教材，纷纷学习语法，范围之广，在中国历史上是前所未有的。
1953年3月至5月，吕叔湘参加中国科学院访苏代表团，6月兼任语言研究所副所长。担任行政职务以后，吕叔湘写作的时间少了，但还是在《中国语文》上发表了几篇论文，其中《汉语研究工作者的当前任务》比较重要，它围绕现代汉语讲规范化问题，提出了语音、语汇、语法、修辞、方言、汉语史、文字改革、语文教学、工具书和参考资料的编辑等十个方面的具体任务，并对每一个方面的研究重点、应当达到的目标进行了详尽地论述。
这个时期，他还参加了两项与语文教育有关的工作。一项是参与拟订《暂拟汉语教学语法系统》的工作，另一项是指导和校订初中《汉语》课本。后者是应当时将语文课分为《文学》和《汉语》两门的需要而编的，试用两年之后，这两门课又合并为《语文》一门，但六册《汉语》课本仍然继续在学校内外发挥相当作用。至于《暂拟汉语教学语法系统》的影响就更大了。
在1955年召开的现代汉语规范问题学术讨论会上，决定要编一本《现代汉语词典》，1956年开始筹备，1958年开始编写，吕叔湘负责主编，到1960年印出“试印本”，向各方征求意见，这项工作后来就由丁声树负责。
十年动乱初期，吕叔湘也参加劳动学习，后来也下干校。1971年回北京，住在家里，很少外出，一度从事丹阳方言的研究，也阅读了好些英国文学作品。“文革”后期，他和几位同志代中华书局校勘标点本《资治通鉴》的标点，后来把其中有代表性的一百三十多条分三十类，写成《资治通鉴标点琐议》，许多研究古书标点的人为之震动。同时，他又反复考虑现代汉语语法体系的问题，这是他从60年代初就一直放在心上的。后来他把自己的种种想法写成《汉语语法分析问题》，于1979年出版。
经过几乎完全沉默的十年之后，语言学界逐渐活跃起来了。1978年以后，有些省市组织了语言学会，1980年在武汉开会成立了全国性的中国语言学会，吕叔湘被推举为会长。在成立大会上，吕叔湘发表了题为《把我国的语言科学推向前进》的长篇讲话，提出要处理好中和外、虚和实、动和静、通和专四个关系，这既包括治学态度，又包括研究方向、方法和人才培养，可以说是他数十年来从事语文工作的经验总结。
1978年3月16日，吕叔湘在《人民日报》上发表《语文教学中两个迫切问题》，引起极大震动。1979年12月教育学会邀请各省市代表到上海开会讨论成立中学语文教学研究会，吕叔湘被推举为理事长，并在会上发表了长篇讲话。
1980年，由吕叔湘主编、有十几位学者参加的《现代汉语八百词》出版，这是我国第一部现代汉语用法词典，全书五十多万字，适合非汉族人学汉语时使用，也可供方言区的人学普通话时参考。选词以虚词为主，也收部分实词；每个词按意义和用法分项说明。这部词典在某种意义上说是个创举，过去虽然有过《经传释词》和《词诠》等书，但都以文言为对象。
1980年出版的《语文常谈》和1984年出版的《语文杂记》都是篇幅不大的“小书”，但很能表现吕叔湘讲学问能够深入浅出的特色。这一时期吕叔湘还把以前发表过的文章结集为《汉语语法论文集》（增订本）和《吕叔湘语文论集》。更重要的是1985年出版的《近代汉语指代词》。吕叔湘在20世纪40年代就有写一部近代汉语历史语法的计划，1947至1948年他把搜集的材料里面关于指代词的部分分类排比，略加贯串，写成初稿，作为近代汉语历史语法的一部分。后来因为工作有了改变，就把稿子搁了下来。1983年取出旧稿，经过整理和补充，写成《近代汉语指代词》一书，1985年由上海学林出版社出版。出版后在国内国外都获得好评。
1985年是吕叔湘从事语文教学与研究的第六十年，《中国语文》杂志社第一、二期出版特辑，以表庆贺。4月下旬至5月上旬，他应邀访问香港。4月27日他在香港中国语言学会演讲《汉语句子结构的灵活性》，受到与会者的好评。
1986年10月14日至18日，在北京西山第四次现代汉语语法学术讨论会上，吕叔湘讲了话，主要是推荐一篇《光明日报》上报道杨振宁教授谈要研究活的物理学的文章。他抑扬顿挫地朗读了报道的全文。与会的四十多名中年同志和三十多名列席旁听的青年同志领悟了吕叔湘这番话的深刻含意：搞语言学也应该追求新的、活的、与现实直接发生关系的东西。吕叔湘引杨振宁的话：“一个青年人应该将他的大部分时间用于解决简单的实际问题，偶尔做一些难的问题，而不应该专一处理深奥的根本问题。”
吕叔湘追求进步，热爱祖国，先后从事语文教学与研究工作。他非常关心中青年语文工作者的进步，对他们寄予极大的期望。通过开会、作报告、个别谈话、给他们修改文章、为他们的著作写序等多种形式与中青年语文工作者保持密切的联系。他的优良学风、高尚品德，受到学术界的普遍赞扬。为了推进祖国语言研究的发展，鼓励对中国境内的语言文字的现状和历史进行调查研究有成绩的中国青年学者，吕叔湘于1983年5月捐献多年积蓄的6万元，作为中国社会科学院青年语言学奖金的基金。从1984年开始每年进行评奖（最近改为每两年进行一次）。
1987年10月23日，在北京中国人民大学建校五十周年庆祝大会上，举行了吴玉章奖金首次发奖仪式。吴玉章奖金这次评选出特等奖三项、一等奖五项、优秀奖四项。获奖作品是哲学社会科学的优秀著作。吕叔湘的《汉语语法论文集》（增订本）荣获语言文字学特别奖。发奖以后，吕叔湘代表获奖者讲了话。他希望吴玉章奖金基金将日益增多，获奖作品也越来越多，并表示，他要把这次所得的奖金五千元转为中国社会科学院青年语言学家奖金。吕叔湘这种高瞻远瞩、寄希望于未来、奖掖后学的崇高精神，受到了与会者的热烈欢迎。
吕叔湘在耄耋之年还参加大百科全书语言文字卷的审稿工作和语言学界的其他集会，仍十分关心国内外学术界和教育界的动态和发展。1987年3月他去香港，接受香港中文大学颁发的荣誉文学博士学位。1994年当选为俄罗斯科学院外籍院士。他是第二、三届全国政协委员，第三、四、五、六、七届全国人大代表，第五届全国人大常委会委员，法制委员会委员。他是当代中国杰出的语言学家、语文教育家、翻译家。他从事语文教学与研究70余年，学贯中西，博大精深，撰述宏富，专著和编译近二十种，论文和其他文章六百余篇，现已有《吕叔湘文集》六卷由商务印书馆出版，并将由辽宁教育出版社出版十八卷本《吕叔湘全集》。他研究的内容广泛，涉及一般语言学、汉语研究、词典编纂、文字改革、语文教学等领域，为中国语言学作出卓越贡献。
1998年4月9日，吕叔湘因病医治无效，在北京逝世，享年94岁。