与其他教育人士不同的是，于右任没有完整成型的教育专著，他的教育思想多蕴含于诗文、言谈之中，贯穿于他的全部教育实践过程。可以这样说，他不是纯粹的教育理论家，但提出的有关教育方面的见解却是丰富而深刻的。
厘定教育方针
于右任认为，教育固然是立国的命脉，但若误用了，则是亡国灭种的祸根。因此，“教育普及不普及是一个问题，所普及的是什么教育却是另一个问题。”教育不普及，会造成人民的愚陋，人民愚陋，还有方法使他们远离愚陋而近于开通，但“若普及了一种落后时代、拂逆思潮、妨害人群进化的教育，流弊要比愚陋大十百倍了。”因此，要发展教育事业，首先应当“力谋教育的普及”，这是所有关注教育事业者所必须注意的，但问题不限于此，若不知道普及什么教育，没有正确的教育方针，教育普及不仅不能收到教育的善果，甚至普及的结果等于洪水猛兽。他指责中国封建社会的教育是“愚民的教育”，诗、赋、制议、八股，形式不同性质无异。统治者正是利用这种教育愚民，若能远离这种教育，是中国的最大幸福。这类教育是万万普及不得的。同样，当时世界实际存在的“暴民的教育”，也是普及不得的。这是帝国主义、军国主义的教育，“过去的德意志”，“将来的日本”，都是如此。教育的目的是为人类的生存、发展和进步服务，但“暴民的教育”却将教育作为铁鞭，将人们驱迫到国际战场上去，完全与现代教育原理相悖。
教育的精神、本质思想是根本的方向性问题，规定了教育的取向，制约着教育的其他方方面面。由此，于右任明确提出了“决定教育方针，更急于谋教育普及”的观点。其精神实质就是反帝、反封建，这是当时时代的主题。于右任主要从事政治及宣传活动，取得了丰硕的成果，但他不是一位职业教育家，他关于教育方针的思想虽然没有深厚的理论及广阔的内容，却抓住了当时教育的根本性问题。他又提出教育目的既要有现实性又要富有前瞻性，认为儿童所受的教育、所学的基础知识，应该能够保证他们今后的运用，所以若单将眼前觉得所需要的教给学生，考虑不到今后的需要，则“妄想支配二十年以后新生活”。因此，他断言：“教育家是站在人类前头的，最少也须站前十年，那么，制定教育方针时，便不作百年计，最少也须作十年计。”这种关于教育方针问题的思想，既着眼于当前，也从战略高度进行设计与把握，颇有见地。
规范教育内容
教育目的的实现，教育任务的完成，基本途径是学校的各科教学活动，因此，教育内容的选择和教材的编写是十分重要的一环。对此，于右任有高度的认识：“教科书是教育的基本，凭你有多少教育家，高谈阔论到三十三天。若一旦教科书在儿童心窝中种下祸根，总是教育家的罪案。”于右任对当时的教材和学科教学内容中所存在的流弊深有感触，斥之为脱离现实与生活，缺乏时代感，不是指导人“怎样做人”，“不论什么教科书都会很浓重地发出一股陈腐气息来，搬弄几件十九世纪以前的故事，与二十世纪的做人方法有甚相干。不论什么教科书，都会发出一股汗臭来，铺陈几处繁华都会。又与二十世纪的做人方法有甚相干？”触及了当时教科书考虑不到地区、环境等的差异，严重脱离民众生活，以致激发不起一般学生的兴趣，难以达到教育应有的成效等深层次问题。为此，必须着手进行旧教科书的检查和新教科书的编订工作，成立一个“官厅书肆”以外的大规模的教科书审订会，利用社会力量来切实实现真正意义的教科书革命。他根据当时社会时代及人生的实际需要，提出了教科书应具备的内容：“人类的互动、生活机会的均等、人类本能的发挥、艺术的创作和进步人生康乐的计谋、人类在自然界的平均发展。”从这种设想中可以清晰地看到，于右任希望通过教育来寻求人类的全面发展和进步，以教育来改变人类生活的不平等，利用教育来提高人类的思想道德素质，激发人类的创造力，立意之深跃然纸上。
军国民教育
于右任是一位忠实的民主革命者，在早年的《半哭半笑楼诗草》中，就有“爱自由如发妻，挽太平以颈血”的诗句，对社会现实的透视和对国计民生的忧虑，使他青年时代起就富于民主、民族革命精神，这必然影响他对教育的理解。任职复旦公学时期，于右任极力提倡“学生自治”，吸收学生直接参与学校的行政管理，如自办食堂、合作社和储蓄银行以管理经济生活，而后，还有“民主法庭”的设立，以锻炼学生的自治能力。由于民主气氛浓厚，各种“研究会”、“讨论会”、“演讲会”如雨后春笋，争相竞出。上海英文《大陆报》称赞复旦学生“最富民主精神”。他参与创办的中国公学，力主发扬民主自治的精神，学校“注重德学，以谋造成真国民之资格”，力谋“鼓铸强健文明之国民，创自主之环境，谋实用于国民。”于右任认为一民众教育不能限于知识经验的传授，应与救国和革命紧密结合，广泛开展军事教育，以补国民教育的缺憾。他指出国民教育“非待使举国之民读书识字而已也，必使全国之民有军国民之精神，有军国民之能力”。“辅之以军队之教育，以补国民教育之不及，其尤为一举而两得者乎！”这种将军事教育渗透到国民教育之中的教育就是军国民教育，它是近代富国强兵、抵御外侮历史条件下产生的一种进步教育思潮，抗战时期又再度受人青睐。于右任认为，军国民教育的目标在于培养国民实际斗争人才，实现“三民主义”，达到世界革命。受这种思想的影响，于右任主持的“驻陕总部”创立了中山军事学校和中山学院两所军事院校。
智能并重教育
在教育活动中，于右任主张，学生在校期间学习广泛的科学知识，具备宽厚的文化素养及坚实的专业基础，同时知能结合，培养发展个体及服务社会的各种能力。他鼓励学生牢记马相伯先生“不读书不足救国，不研究深邃科学，更不足以救当前之中国”，告诫学生“临渊羡鱼，不如退而结网”，只要“国人能秉先生努力读书之诫，则中国必有长足之进步。于右任创办的上海大学，开设广泛的课程，注重基础知识的训练，使学生掌握各门科学的一般原理、历史及现状，体现了他反对学科间孤立、隔绝，注重交叉、渗透与综合，尤其是与社会现实相结合。例如，学习文学专业除了学习有关的专业知识外，还开设社会学、伦理学、社会心理学、科学方法论、社会进化论、中国哲学史等课程。社会学系的课程与现实紧密结合，内容丰富，仅必修课就有社会学原理、中外社会变迁史、法律学及法律学史、历史哲学、生物哲学、中国近百年史等，同时还加强马列主义基本理论的教育，为学生们提供了认识社会、改造社会的理论武器，引导不少学生走上了革命道路。
当时的中国，帝国主义与封建军阀“率兽食人”，社会处于风雨如磐的境地。反帝反封建的国民革命浪潮汹涌，改革的洪流浩浩荡荡。在这种背景下，学校与社会联系是广泛而深刻的。于右任倡导实用之学，使上海大学在课堂教学方面贯彻了理论联系实际的原则。当时社会各阶级动向的分析、中国政治经济现状的探讨、现实社会问题的研究都在课堂教学中占有重要位置。在教师的引导下，培养学生“读活的书，使读书与生活（尤其是社会的、民族的）打成一片”。“褊狭而死的方法，上海大学的学生是不甘采用的。”在于右任的倡导下，学生们以学实用之学服务社会为目的，正如一位社会学专业的学生所说：“我们研究我们的社会学知识，参考外国的社会学学说，预备实用于中国社会。”上海大学的课外学术活动也是其教学的重要组成部分。讲座、读书会、讲学会等是经常开展的。学校还鼓励学生组织各种类型的社团。为了宣传革命道理、唤起民众，1924年3月31日，上海大学为平民及其子弟开设了平民学校，以“普及教育、提高国民程度”为宗旨，积极投身到国民教育与国民革命的洪流之中。