少年出众
1879年3月20日，于右任在陕西三原县出生。他出生时，父亲于宝文因家境贫困，已经去四川谋生一年了，所以，家中只剩下母亲赵氏以及同样孤单一人的伯母房氏。家中的重担落在赵氏一人身上，家境不好，奶水不足，这都使幼小的于右任体弱多病，而赵氏身体也日渐虚弱，整日卧病在床，最终撇下了丈夫和幼儿撒手而去。
赵氏临终之前，托付嫂嫂房氏照顾于右任，从此，善良的房氏便将于右任视作己出，含辛茹苦地抚养他。房氏的丈夫于宝铭，也长年在外谋生，生活的困难，使房氏做出了回娘家的决定。
于右任五六岁时，就和村里的大孩子们一起去放羊。在一次放羊的时候，这群孩子遇到了狼，大一点的孩子都跑了，而小右任幸亏得到了一名青年农民的救助才脱离狼口。经过这次意外，房家兄弟觉得让孩子们放羊游荡不安全也不利于孩子的成长。于是在与村里人商量过后便开办了一所私塾，收容那些孩子。
就这样，于右任也进入私塾开始启蒙读书，放学后又帮舅舅到田间拾麦。虽然于右任是个孤儿，但伯母视他为亲生儿子，无微不至地照顾他，所以于右任与伯母的感情特别好，童年生活也很幸福，因此更加发愤读书，以报答母亲和伯母。于右任11岁时，伯母房氏把他带回三原县城，投奔一位族祖于重臣，并将于右任送入毛氏私塾读书。
于右任在毛氏私塾读书，学习经书、诗文以及书法，尤其还学习了老师“勤能补拙”的治学之道。1889年，于右任的父亲带着第二个妻子刘氏回到三原，于右任父子终于团聚了。每天晚上，父子二人便在灯下互相背诵诗文、经书，父亲的教诲更加使于右任的学业有了长足的进展。此外，伯母房氏“望侄成龙”，对于右任要求严格，每晚都要陪于右任学习到深夜。对于房氏的养育之恩，于右任终其一生，都念念不忘。
在毛氏私塾求学期间，于右任家虽然得到了族祖于重臣的资助，但经济仍然十分拮据，所以于右任常常利用课余时间去一家鞭炮作坊打零工，一方面贴补家用，另一方面用于购买书籍、文具等学习用品。可是，鞭炮作坊在一天晚上突然失火，掌柜全家都被烧死了，于右任也随之失去了这份工作。恰好当时陕西学政当局为奖励文章写得好的学生，在一些书院开设“考课”，对考得好的学生发一点奖金。
于是，于右任也和一些比他大一点的学生到三原学古书院去参加“考课”，并且经常得奖，这使他非常高兴。他17岁那年参加了童子试，考取了第一名，成为一名为数不多的年轻秀才。之后，于右任又先后到三原宏道书院、泾阳味经书院和西安关中书院读书，这使他的眼界更为开阔，阅历更为丰富。
踌躇满志
1898年，叶尔恺出任陕西学政提学使，他对于右任写的文章大加赞赏，并让于右任阅读薛福成的《出使四国日记》，让他学习其中的治国做人之道。由于叶尔恺的重视，于右任名声渐大。继叶尔恺督学陕西的是沈淇泉（沈钧儒的叔父），面对陕西严重的旱灾，筹集奖金开设了三原粥厂，于右任被推荐任粥厂厂长，负责救济灾民。不久，他进入西安的陕西中学继续学习。
青少年时的于右任，接受了新思想，并对清朝的腐败统治极度不满，曾作四首杂感诗，以表自己的爱国情怀。那时的于右任，公开反对清政府，甚至披散着头发，光着膀子提着一把刀照了张相，这张照片和那些激进的诗集成了于右任反对朝廷的“罪证”。幸而三原县盐店街恒盛药店主人李雨田事先得到了清政府要拿办于右任的消息，他要于右任去自己在河南禹县开的商号去躲避，但于右任早就向往革命党人云集的上海，于是他决定到上海去。
到了上海后，于右任举目无亲，囊中羞涩，天无绝人之路，一天，于右任遇到了一位陕西泾阳的同乡吴仲祺。两人闲聊之后，吴得知于的困境便邀他到自己家去住。这样，于右任既解决了生活问题，又结交了许多新朋友，并在马相伯的帮助下，有幸进入震旦学院就读。1905年，震旦学生因反对教会而集体退学，于右任也在其中。因此，他在震旦学习还不到一年，但震旦却给他留下了深刻的印象。
之后，马相伯等联系了一些热心教育事业的仁人志士，募集资金，创建新校。在于右任的建议之下，从《卿云歌》中取“复旦”二字为校名，表示不忘“震旦”之旧，也暗含恢复中华之意。1905年中秋节，复旦公学在吴淞开学，马相伯为监督（校长），于右任则作为马相伯的书记（秘书）兼授国文，共同创建新校。此后，于右任始终与复旦休戚与共，只要复旦有困难，他必挺身而出，全力救援。
1906年9月，于右任怀着要办一份革命报纸的愿望，乘船从上海来到了日本。当他在马关登陆时回想《马关条约》的签订，感慨万分，并写了一首诗，题为“马关”。
于右任到了东京，与陕西籍的同盟会会员康心孚见了面。康心孚带领于右任参观了《朝日新闻》、《每日新闻》等报社，了解了一些办报的经验。之后，经康心孚的介绍，于右任先后结识了胡汉民和孙中山。1906年11月13日，于右任正式加入同盟会。孙中山任命于右任为长江大都督，负责中国中部的革命重任，在上海相机行事，以推动革命的进行。
于右任回到上海后，与一些同学奔走两个多月，终于在1907年4月2日发行了《神州日报》创刊号。之后，《神州日报》大受欢迎，销路大好，业务蒸蒸日上。但是，一场无情的大火将报社及机器毁于一旦。正当于右任准备再度筹款重振《神州日报》时，报社又发生人事纠葛，调解无效后，于右任自动退出了《神州日报》。随后又创办了《民呼日报》，揭露清政府的昏庸无能，批评时政。《民呼日报》被封后，于右任又先后办了《民吁日报》和《民立报》。
宦海沉浮
1912年1月3日，中华民国临时政府宣告成立，于右任被任命为交通部次长，由于交通部长汤寿潜迟迟未到任，于右任实际上成了代理部长。4月1日，孙中山辞去了临时大总统的职务，于右任也卸去了交通部次长一职，回到《民立报》，仍致力于办报。
1913年3月20日，宋教仁被刺。之后，袁世凯的真面目终于暴露出来了，他以北京检察厅的名义，通缉孙中山及二次革命的重要分子，于右任也在被通缉者之列。他只好避居日本，结束了长达7年的报人生涯。
在护法战争期间，陕西靖国军起义，邀请于右任返陕领导，他欣然答应，并担任了靖国军总司令。为了把这支松散的队伍组织起来，他费了不少脑筋。于右任知道，自己作为一个文人，带兵打仗并非特长，必须建立一个有权威的司令部。他请辛亥革命时任炮兵排长并作为国民军先锋进入西安，1914年出任过陕南镇守使的张钫担任副总司令，请英勇善战的胡景翼出任作战总指挥，建立了一个强有力的总司令部。
1920年7月，直皖战争后，皖系失败，直奉两系入主北京，开始了新的明争暗斗，亦无暇顾及陕西的战事，靖国军因此有了休整的大好时机，而于右任则利用这段时间致力于家乡的政府设施及教育的建设。
1921年9月21日，胡景翼等人在三原召开会议，宣布取消陕西靖国军的名义，接受直军改编，并推举于右任为陕西自治筹备会会长。于右任本人并不愿意接受直军的改编，更不愿担任什么筹备会会长，于是离开了靖国军总司令办公处。尽管于右任在杨虎城的帮助下于1922年春重新建立了靖国军司令部，但是直军力量强大，靖国军寡不敌众，缺粮少弹，面临着极大的压力和困难。在万般无奈之下，于右任在1922年6月1日启程，辗转抵达了上海。此后，他以卖字所得的微薄收入维持生计。
1922年10月，于右任在上海《民国日报》上发表了《教育改进的要义》的文章，认为救国必先从教育着手，这篇文章也成了他创办上海大学的媒介。于是，他很顺利地当上了新创办的上海大学的校长。
1924年1月20日至30日，中国国民党一大在广州召开，于右任出席了大会，并与廖仲恺、胡汉民、汪精卫、张静江等24人一起当选为第一届中央执行委员。大会结束后，于右任被派往上海执行部任工人农民部长。
1926年，北方局势发生了重大变化。国民军在河北、山东相继失利，冯玉祥部退向察哈尔。在直奉军的强大攻势下，冯玉祥宣告下野，后只身去了莫斯科。李大钊见形势对国民革命不利，便请于右任前去莫斯科，敦促冯玉祥回国完成国民革命的伟大任务。于是，于右任肩负中国共产党之托，从上海搭船到了莫斯科。
在莫斯科，冯玉祥与于右任会谈之后，同意了李大钊提出的进军两北以解西安之围，出兵潼关以策应北伐的意见。冯、于回国后，成立了国民联军总司令部，由冯玉祥任总司令，共产党员刘伯坚为总司令部政治部部长，于右任则被任命为国民联军驻陕总司令。国民联军在经过多方周折之后争取到了杨虎城一部，西安之围也顺利解除。由于于右任认真执行孙中山的三大政策，真诚地与中共合作，使得陕西出现了空前大好的国共合作的局面，工农运动也得到蓬勃发展。