在吕思勉众多的学术著作中，1923年由商务印书馆出版的《白话本国史》是他的史学成名作，也是我国历史上第一部用白话文写成的中国通史。《白话本国史》曾长期被用做大学教材和青年“自修适用”读物，仅1933年至1935年间就重版了4次，对20世纪二三十年代的中国史坛产生了极大的影响。
吕思勉曾在中华书局和商务印书馆任过编审历史教科书、参考书的编辑，又长期从事历史教学工作的实践，对当时流行的通史教材状况有很深的了解。他认为，“中国历史是很繁的。要想博览，很不容易。专看其一部分，则知识偏而不全。前人因求简要，钞出的书，亦都偏于一方面。如《通鉴》专记理乱兴衰，《通考》专详典章经制等。且其去取的眼光，多和现在不同。近来所出的书，简是很简的了。但又有两种毛病：其所谓简，是在全部历史里头，随意摘取几条。并不是真有研究，知道所摘出的事情，都是有关紧要的。在措词的时候，随意下笔，不但把自己主观羼入，失掉古代事实的真相，甚至错误到全不可据”，这样的著述既不能适应历史教学，又不能满足学生求知的欲望。鉴于此，吕思勉本着“把中国的历史，就个人眼光所及，认认真真的，将他紧要之处摘出来，而有用极严谨的法子，都把原文钞录，有删节而无改易。自己的意见，只注明于后”的原则撰写了《白话本国史》。
《白话本国史》是吕思勉在历年教学讲稿和史学研究的基础上完成的，全书分4册，约60万字。内容框架由绪论和五编构成，在每一编里又分若干章，详细地记叙了上起远古时代，下至民国十一年华盛顿会议期间的中国历史，既有政治史事又有社会经济、文化现象，而且还叙述了东南亚中西亚各国、各民族与中国的关系，具有世界史的眼光。全书按照中国社会经济发展和社会组织的变化分为六个不同的时期，即：上古（秦以前）；中古（秦汉至唐朝全盛）；近古（唐朝安史之乱至南宋）；近世（元朝至清朝中期）；最近世（西力东渐至清朝灭亡）；现代（辛亥革命以后）。这种按照社会进化的观点划分历史阶段的做法明显区别于以往的史书，对时人和以后的史学界都产生了深远的影响。在《白话本国史》出版以前，严格地说，当时的中国并没有一部真正的新式通史。1902年出版的柳诒徵的《历代史略》是在日本学者那珂通世著的《支那通史》的基础上改编而成的。由于《支那通史》是专为日本人而写，虽经柳诒徵改编，从总体上看仍然不能很好地反映中国的历史。1904年出版的夏曾佑的《最新中国历史教科书》和刘师培的《中国历史教科书》都是未完成之作，夏曾佑的书下限只到隋朝，刘师培的书下限只到西周末年。而《白话本国史》则是从远古时代写到了民国初年，是一本完全意义上的通史。
由于吕思勉的《白话本国史》无论在研究方法还是在内容体例等方面都明显地具有新意，高于时人的地方很多，因而受到了人们的赞誉。著名史学家顾颉刚就说：“中国通史的写作，到迄今为止，出版的书虽已不少，但很少能够达到理想的地步，本来以一个人的力量来写通史，是最困难的事业，而中国史上须待考证研究的地方又太多，故所有的通史，多属千篇一律，彼此抄袭。其中较近理想的，有吕思勉《白话本国史》”，“编著中国通史的人，最易犯的毛病，是条例史实，缺乏见解，其书无异变相的《纲鉴辑览》或《纲鉴易知录》之类，极为枯燥。及吕思勉先生出，有鉴于此，乃以丰富的史识与流畅的笔调来写通史，方为通史写作开一个新的纪元”，“《白话本国史》四册，书中虽略有可议的地方，但在今日尚不失为一部极好的著作”。《白话本国史》为中国通史的编撰开创了一个新纪元。
另外，就《白话本国史》对秦桧和岳飞的评价而引起的诉讼案实际上属于学术争鸣的范畴，很多学者如明代的丘、清代的赵翼等对秦、岳二人都有过不同的看法。吕思勉对这一问题做了如下说明：“此书（《白话本国史》）曾为龚德柏君所讼，谓予诋毁岳飞，乃系危害民国。其实书中仅引《文献通考·兵考》耳。龚君之意，亦以与商务印书馆不快，借此与商务为难耳。然至今，尚有以此事诋余者，其实欲言民族主义，欲言反抗侵略，不当重在崇拜战将，即欲表扬战将，亦当详考史事，求其真相，不当禁遏考证也。”表明吕思勉十分注重自己独立思考所获得的见解，主张“治学要根据自己研究的心得，不要妄从一般人和什么权威的说法”。这场诉讼案在学术界可以见仁见智，但沸沸扬扬的修改事件也从一个侧面反映了《白话本国史》在当时的影响是很大的。
吕思勉是一位时代意识很强的史学家，他在史事考证方面继承了乾嘉学派的传统，但又不同于乾嘉学派的为考证而考证，其思想能够紧紧跟上史学进步的潮流。《白话本国史》产生于20世纪20年代，因此有着中国传统的史学观念与西方著史风格交互影响的特征。《白话本国史》之所以有很大的学术魅力，与该书的独特风格和吕思勉的治史方法是分不开的。
第一，《白话本国史》热情地宣扬进化史观。19世纪末20世纪初的中国学术界是一个变革的时期，中西文化交融为史学研究输入了新鲜的血液。进化史观最先由严复通过翻译《天演论》介绍到了国内，与此同时梁启超在1901年和1902年先后发表了《中国史叙论》和《新史学》，系统地向国人论述了进化论历史观，发出了“史界革命”的号召，要求推翻旧史学，建立新史学，从而使中国史学的传统受到了猛烈的冲击，进化史观一时成为史学研究的指导思想。吕思勉热情地接受了进化史观，并以进化史观作为指导思想撰写了《白话本国史》，以此来声援新文化运动。在《白话本国史》里，吕思勉热情地宣扬了进化史观，将整个世界看成是一个不断运动和变化的实体。他说：“历史者，研究人类社会之沿革，而认识其变迁进化之因果关系者也”，“研究社会进化现象的一部分，就唤做历史学”，“现在研究史学，是把所存的材料，用种种科学的眼光，去研究他，以便说明社会进化的现象”，“这是朴素的正确的历史发展观点。”他运用进化史观对中国远古的历史进行探讨，认为中国可考的历史起于三皇五帝，燧人氏代表渔猎时代，伏羲氏代表游牧时代，神农氏代表农耕时代，人类社会是由野蛮逐步走向文明的。这种用进化观点诠释传说中历史的做法虽然有不确切之处，但运用进化论的观点把上古时代作阶段性的划分，这在前代是没有出现过的，读来使人耳目一新，用吕思勉自己的话说就是“颇有用新方法整理旧国故的精神”。此外，吕思勉还依据进化观点对婚姻、官制、赋税、兵制等进行了论述。《白话本国史》全书就是以进化史观作为指导思想叙述的中国历史，证明了人类社会是在不断的进化之中走向发展的，从而打破了古人的循环之见和崇古卑今的观念。这在当时是一种很大的进步，反映了“新史学”的发展方向。也正是基于此，《白话本国史》成为了中国史学界第一部有系统的新式通史。