杨昌济生活的时代，恰处国际资本主义从自由竞争进入垄断资本主义，即帝国主义时代。为了瓜分市场，攫取中国廉价的资源和劳动力，地处中国近邻的日本帝国主义表现得特别贪婪。其突出表现就是1894年对朝鲜的侵略和辛亥革命后与袁世凯的勾结。对此，杨昌济始终抱有警惕。
杨昌济曾回忆，在日本东京高等师范学校听到讲西洋历史的日本老师说，中国人与罗马人同，惟宝爱其文化；虽外人入主其国，苟不伤其文化，即亦安之。当时他心里就感到，日本人不怀好意，颇有入主中国的思想，值得国人注意。所以杨昌济在讲课时经常联系现实，以王船山的民族主义教育其学生。杨昌济的这些教诲，在青年毛泽东心中留下了深刻的印象。所以当1915年1月日本政府向袁世凯政府提出灭亡中国的“二十一条”时，立即激起了毛泽东等人的愤慨。他在悼念亡友的挽诗和挽联中曾痛切地写下了“东海有岛夷，北山尽仇怨”；“胡虏多反复，千里度龙山，腥秽待湔”等语句。他还在一师师生编印的揭露日本侵华和袁世凯卖国罪行的《明耻篇》一书的封面上写下豪言壮语：“五月七日，民国奇耻；何以报仇？在我学子！”正是这种崇高的爱国主义情操，激励着青年毛泽东在追求救国救民真理的道路上，披荆斩棘，百折不回。
杨昌济道德高尚，对伦理学有很深的造诣。因此，他不仅在人品和人格上给毛泽东等学生以潜移默化的影响，而且在伦理学理论上给毛泽东的影响突出地表现在两个方面。
一方面是杨昌济对封建道德的批判。由于杨昌济对宋明理学有深刻理解，对中国传统礼教知之甚深，又长期在国外留学，对西方伦理史，特别是对西方近代资产阶级启蒙思想家的伦理思想很有研究，所以他在批判封建道德时，往往能一针见血，击中要害。他说过：“中国三纲之说，严责卑幼而薄责尊长，实酿暴虐残忍之风。君子之为教也，与父言慈，与子言孝。卑幼者自由之意志、独立之人格，尊长者固不可蔑视之。人有自重知耻之心，乃能以进德修业相尚。过度之压制，固非训育之所宜也。”正是从重人格独立和进德修业的立场出发，杨昌济曾尖锐地挟击封建的家族主义及社会上的种种陈规陋习，诸如欺诈虚伪、好逸恶劳、铺张浪费、无谓的应酬、打牌赌博、不讲卫生等等。这些均影响到青年毛泽东。毛泽东在《〈伦理学原理〉批注》中对“三纲”的批判，以及他和战友们在新民学会成立时提出的“不虚伪”、“不懒惰”、“不浪费”、“不赌博”、“不狎妓”等纪律就鲜明地反映了这种影响的痕迹。
另一反面，杨昌济宣传和介绍的西方近代资产阶级思想家关于自由、平等、博爱、个性解放、人格独立的思想，也深刻地影响了青年毛泽东。这种影响突出地表现在毛泽东的《〈伦理学原理〉批注》之中。针对中国封建社会的专制主义的弊端，杨昌济极力宣传资产阶级个人主义，但为了避免极端利己主义的弊病，他提出了一个“有公共心之个人主义”的概念。这一概念为青年毛泽东所继承，即《〈伦理学原理〉批注》中的所谓“精神之个人主义”。
在教育思想方面，除前面说到的教育救国论之外，杨昌济其他一些教育思想也曾影响毛泽东。其一，是人格主义的教育思想。按杨昌济的说法，人格主义者“谓教育宜发达个人之人格，同时宜使个人得能与社会调和之性质。”这一思想与杨昌济在伦理学上主张培养“有公共心的个人主义的人”是一致的，与青年毛泽东“精神之个人主义”也是一脉相承的。基于这种认识，毛泽东认为，学校之设就是要使学生“自完成自发展自创制他们各个及全体特殊的个性和特殊的人格”。
其二，从人格主义出发，杨昌济和青年毛泽东均批判资产阶级学校的“坏处”。杨昌济说：“现在学校钟点，总不免太多，学生负担过重，大有害于身体。女学尤甚。此事关于国民之体力甚大。“毛泽东则更尖锐地指出，旧学校“用一种划一的机械的教授法和管理法去戕贼人性……蔑视学生的人格”，“钟点过多，课程过繁，终日埋头于上课，几不知上课以外还有天地，学生往往神昏意怠，全不能用他们的心思为自动自发的研究。”
其三，他们认为要使人格主义的教育思想得以贯彻，就必须实行德、智、体三育并重的教育方针。杨昌济说：“自来论教育者，往往分为智育、德育、体育之三部。”毛泽东则认为“体育一道，配德育与智育，而德智皆寄于体，无体是无德智也”。（《体育之研究》）只有三育并重，才能达到“身心并完”，这正是杨昌济和青年毛泽东所提倡的“自我实现论”在教育上的反映。
在治学态度和修养方法上，杨昌济的“以久制胜”被其学生奉为“达化斋的法门”。他说：“吾无过人者，惟于坚忍二字颇为著力，常欲以久制胜，他人以数年为之者，吾以数十年为之，不患其不有所成就也。”早在1913年的《讲堂录》中，毛泽东就记下了这一法门：以久制胜。即恒之谓也，到底不懈之谓也，亦即积之谓也。1920年萧子升在致毛泽东的信中，也提到“以久制胜”，并特别注明“这是达化斋的法门”。