李瑞清的宗教思想，见于《世界宗教会小引》、《跋陈根儒尊人与金刚经册》及《诸生课卷批》。
肯定宗教之价值，肯定儒家为宗教
李瑞清肯定宗教乃群学之母，认为宗教有使人团结爱国之作用，但其宗教思想不涉鬼神，乃以儒家心性之说代之。他赞美孔子为宗教之革命家，称扬儒家为“地球上纯粹完美的第一宗教”，又视释迦牟尼与耶稣基督为教育家，故知其宗教思想是以儒家思想为主导，侧重于宗教在世界上的实际作用——教育作用及辅助政治之作用，而略去宗教的出世一面及宗教的神秘经验。因此其宗教思想，是从实利的角度出发的，是以一种先入为主的观念替宗教下定义，并非一种客观的研究，始终离不开儒家“孝弟”、“忠恕”之说，这种思想，表现在以下这两段话中：凡人之心，必有所归，而后乃能定。归即止也，昔孔子知后世人心知识日开，必非鬼神之说所能范围，于是著《孝经》，以立天下之大本。孩提之童，无不知爱其亲，及其长也，无不知敬其兄，环球之所同，盖天性也。因其性以立教，故曰：以顺天下，即《书》所谓“驯德”也。今中国之贫弱，果因孝弟而贫弱乎？是犹尪夫恶其体弱而绝食，吾恐其体未充而先以饿死也！且万物皆黏合力所结而成，不者，世界皆野马尘埃而已！夫孝，黏合力之原料也，人苟不能爱其亲，而能爱国，吾不信也！《记》曰：“莅官水敬，非孝也；朋友不信，非孝也；战陈无勇，非孝也。”故孝弟者，仁之本也。凡今之人，莫不推服欧西矣。欧西学术大明，何以至今不肯去其宗教？中国奈何先自弃其孝弟？此则吾所大惑不解者也！
谓孔子为教育家，非宗教家，时论皆如是，故西人讥我为无教之国，又曰：宗教家必有崇拜鬼神之性质，不知孔子者，宗教之革命也。殷，宗教立国者也。殷之开国，伊尹、巫成、巫古，於官属谏职，假神道以规君教民者也。殷人又尚鬼，墨子口传大禹，实殷学也。伊尹重任，墨子尚同，抱朴子有墨子符，墨子有尚鬼篇。孔子知后世哲理日明，鬼神不能使众人迷信，人心不可无所注意，故以孝弟革鬼神之命。宗教，国粹也，教亡则国亡。崇之者，至以耶稣纪年，至谓时移势易，孔子之论，不必字字珠玑，愿收三教之精英，不作六经之奴隶，古人读书，本不禁后人之迷信，孔子与颜渊论为邦，采择四代礼乐，不泥一朝，择善而从，不善而改，方为孔教之真，故颜渊于言无不悦，孔子有非助我之叹。盖学以反对而日进，凡学，必具一个体段，以成其一种之学问，故有一时之学问，有一种之学问。孔子之学，不局于一定之时代，不囿于一个之体段，因时因地以立学，所谓凡宜于今之学，皆孔子之学，凡不宜于现今之学，皆非孔子之学，《春秋》分三世之治，无一定死法也。何也？孔子之学，以时为宗旨者也，以孝弟为本，以忠恕为用，以改良进化为目的，其所用，以达其目的者，知、仁、勇也，其迹则载在《春秋》、《孝经》，吾非为孔子讼，直吾断断奉孔子为中国宗教家，吾愿吾全国奉孔子为教主。现今灭国之公例，必先灭吾文字、灭吾言语、灭吾宗教，语言、文字，知有保之者矣，至于宗教，则忽之。何也？宗教者，群学之母，使人之有爱力合群者孰与？于宗教也。况孔教又无一切之魇魔，又无缚束人之才智之桎梏，为地球上纯粹完美之第一宗教乎？愿子毋以哥白尼、达尔文之言遂疑宗教之可废，毋惑于远藤隆吉、白河次郎之言而自破坏我宗教。
李瑞清是儒家学说的忠实信徒，但他不停留在名相的表层，他对儒家学说也颇具卓识，他对《孝经》的认识是：“《孝经》为治国教民之书，非弟为家人言也。先王者，大禹也，孔子祖述尧舜。何以《孝经》独称大禹？禹盖八年于外，三过其门而不入者，言孝之大者，在拯民於水火之中，故不知者，虽日以三牲之养，犹为不孝也。”
有人认为“蔡元培美育代宗教之思想乃受李瑞清之启发”。李瑞清虽首倡中国本土之美育，但他并没有否定宗教之存在价值，故此说是不能成立的。美育与宗教各有自身之范围与作用，是可以互相补足而不可以互代的。
五教融通之观念
李瑞清看重宗教的社会作用，略去各教之世界观、生命观、修持观而不顾，故能等视五教。他的看法与一般的宗教信徒有所不同，他是从现实的角度出发，从大处着眼，看各宗教在精神上的共通处。他在《世界宗教会小引》中云：盖闻天无二道，人无二性。道耶？儒耶？释耶？耶耶？回耶？其导善禁恶，救世觉民之心。一也。辟彼援溺，或以手、或以绳、或以勾、或以舟楫，其援溺之心，一也。是以亚、美、欧、非之异洲，黄、白、黑、棕之殊种，发致虽别，而潜相影响；出处虽异，而终期则同。但妙迹隐于常用，指归昧于末节，遂令学徒不察，是丹非素，教无论美恶，异己者攻，将使孔、佛操戈，耶、老对垒，因形色之细故，忘先师之本心，不亦悲乎！顷者诈伪萌起，大道郁灭，灾害繁惨，众生沉沦、愿我环球教主，互相研复，去其忮争，节彼离滞，吸此共实，庶几达义俱举，析符复合，澡斯民之垢滓，脱众生之桎梏。上慰先师之苦心，下拓同人之宏愿，窃在下风，薰沐以俟。