许崇清回国后，长期从事教育工作，把毕生精力献给了我国的教育事业。他掌握日、英、法、德几国文字，在研究各家各派的哲学中，逐步认识和走上辩证唯物主义哲学的道路，成为他的世界观的基础。他对马克思、思格斯著作的研究，主要是根据德文原著，领会得比较准确，造诣甚深，他后来运用到教育学、教育哲学的研究中去，做到有所发展，这是非常难得的。
关于教育的本质
许崇清根据辩证唯物主义的基本观点，认为人的本质是人自己的实践的活动所构成诸关系的总汇。教育是一种社会现象（人对人的行为），教育是教人自己去学习，自己去从实践中教育自己，人就是他自己的实践的活动的成果。他指出，人在改变环境以适应自己的同时，也改变自己的本性，这是人的发展的基本事实。如果教育单纯传授知识技能，则是违离了人的本质的非教育的做法。
许崇清认为人类通过生产劳动创造了自己的历史。人类的感性是有目的和对象的活动，是在一定社会关系中发挥其机能的。这种变革客观世界的活动，称为社会实践或简称实践。人在变革现实的过程中，人类自己的本性也随着实践的活动而变化，教育学的出发点就在于此。
他认为，人类的认识是历史的和发展着的，理论与实践是本于实践而统一在实践里。教育是人实践的一个形态，是以生产力与生产关系的实践的高度意识作为条件的，一切历史现象都是人类积极活动的成果。
许崇清还指出，教育起源于实践，教育是促进人类发展的一种社会实践的形式。教育如果忽视了对象的运动，就远离了对象自身发展的根据，这样的教育及效果，只是由于教育过程外在必然性的偶然性而产生，人类的教育是依人类的社会实践及其生产力与生产关系的发展而发展。教育学是在改造现实的实践过程中而增益其科学性。
他进一步指出，劳动创造了人类本身，教育也产生于劳动过程之中，人们为着生活而生产出必需的生产手段和间接的生产出他们的物质生活，这种永不停止的感性的活动，劳动、生产、创造才是我们的教育的基础，也是教育学的基础。
许崇清根据辩证唯物主义的认识论，指出实践是理论与实践的统一的基础，而教育也是理论与实践的统一过程。人改变他的环境而人自身亦为他的环境所改变，这过程是进行在人的实践中，也进行在认识与实践的统一中，这是人的自己发展的过程。从而，他认为，教育活动就应该是促进理论与实践的辩证的统一的运动，从前的旧教育学都捉摸不着人的发展的物质的实践的基础。
在教育与政治和经济的关系方面，他主张教育绝对不能与国家的社会的政治经济相脱离。他认为欧洲的工业革命曾推动新教育的发展，但欧美是社会先进化而改造教育以适应社会，而中国则是社会不发达，应先改造教育以助成社会的进化。他指出学校与社会的关系，不外乎教育与产业的关系，今日教育的基础是在产业，他主张教育要与国民经济的发展相结合，中国民族的命运才会生机勃勃。
1925年，他在《新教育思潮批判》中，曾针对当时教育界的一种思潮：“以为教育者只要依教育原理去办教育，教育超脱于政治影响之外，教育事业才得到发展”，他批封地指出教育的根本原理包含形式和实质两方面，形式的原理注重个人的活动方面，实质的原理注重国家的社会方面。他主张教育不能与国家的社会的政治相脱离。
许崇清在1934年对姜琦的《教育哲学》的论战中，指出：姜琦对教育概念的理解，局限于赫尔巴特的陈套，以为教育是一种技术，是个人对个人的有意行动。他认为现代的教育学者已把教育概念扩大了，把教育作为一种社会现象，是社会发展的机能等等。同时他指出，不能把教育与生产力和经济生活等概念混淆起来。他认为生产力是教育一方面的成果，而不是教育的本身。
在教育实践方面，他真正认识到革命的社会的实践对改造社会、教育人与改造人的伟大意义。1925年，许崇清在国共合作的形势下，希望实践他的以辩证唯物主义理论为基础的教育理想，在广州参加了一系列革命青年讲习班，担任的课程为《革命与教育》，他较早地提出了反帝反封建的教育思想。当时，在左派青年的帮助下，他还展开了工人群众的识字运动。
他认为中国当时深受封建主义与帝国主义的压迫，只有超脱旧制度向前跃进，才有发展的可能。所以他当时拥护孙中山的节制资本、平均地权及发展实业的计划，主张教育方针、教育内容与方法，都应与政治的革命的一般改革相一致，才是确有实效的教育。在此时期，他负责起草了国民党第一次代表大会宣言中的教育部分，并发起收回外国人主办的教会学校的教育权的运动和禁止在学校内传教的斗争。
1927年蒋介石叛变革命，导致大革命失败以后，许崇清认为他的教育理想只有在未来的理想社会才能够实现。于是，他便转而致力于教育理论的研究，想在辩证唯物论的基础上建立教育学的一个新体系。他在研究教育的本质的过程中，是我国开展批判杜威教育思想的先驱者。
许崇清教育方针
许崇清在1925年曾向当时的国民政府提出一个《教育方针草案》，认为中国过去的教育是阶级统治的教育，对于科学技术的教育，在中国是从来所无的。他指出，现代新教育的特征，不外是科学知识与科学技术的修习。日本明治维新后实施产业政策，模仿欧美科学技术，产业和新教育制度都发展较快。俄国社会主义革命，其经济进步的成绩，同为世界所惊异。
许崇清主张实施产业教育（科学技术教育），他从初中开始，课程依地方生产事业的需要而逐步分化，半工半读，人人成为具有常识兼备科学知识的生产者。他在1928年写的《教育方针讨论》中进一步指出：我国在辛亥革命以后，实施新的教育制度，才开始附加科学技术教育。但由于中国受帝国主义侵略，经济落后，科学技术落后，所以，上述新教育措施未能彻底推行。他主张教育配合孙中山提倡的节制资本、平均地权、发展实业的政治路教，发展科学技术教育，实行学校社会化。
1930年，他在《农村学校改造的五个要则》中，还希望通过农村学校的改造，去促进灰村经济的发展和农村生活的道德化。
他认为教育的目的应求诸社会而不是求诸个人，教育决不是发展个人潜伏的一切性质和能力，而是选择那些特定的性质和能力，以促进他们的发展，其余则任诸自然或加以抑制。1942年，他在《学园新辟告年青朋友们》中，鼓励青年人要站在时代前头，披荆斩棘，做一个开路先锋；要摄取旧文化的成果，把它与获得的现代一切实际知识综合起来，这些综合就是过去所未曾有的文化的一个新的阶段。这是许崇清对青年们的期望与爱护。
新中国建立以后，在《人的全面发展的教育任务》中，许崇清系统地论述了“人的全面发畏”是无产阶级专政的任务，指出：“作为社会主义社会的教育任务的‘人的全面发展’是与建立在生产资料私有制的基础上和人剥削人的基础上的资本主义社会里所喊叫的‘全面’教育，两者间存在着本质的差别。”并对斐斯塔罗齐提出的“体力与智力的和谐发展”，蒲鲁东主张的“完整的、综合的”教育以及巴枯宁喊叫的“全面教育”等进行了分析批判。并指出，我国曾有些人把全面发展理解为“平均发展”，这也是不对的。
根据辩证唯物主义教育学说，许崇清认为消灭体力劳动与脑力劳动的对立，实现体力与脑力发展的统一，是人的全面发展的唯一手段和基本原理。这个原理是学校与政治结合，学校与生活结合，教学、教育与生产劳动结合，乃至理论与实践结合等教学和教育的基本原则所由制定的出发点。学校教育对于人的全面发展的任务，是贯彻执行上述的基本原则来保证年青一代的脑力与体力的统一的发展。
根据马克思和恩格斯的主张，许崇清认为人的全面发展的教育任务，是智育、体育、综合技术教育、德育和美育的统一。根据列宁的观点，他主张学校工作应与社会主义建设的现实任务联系起来。他还认为要从人的生理，心理和社会生活的相互作用中来了解人的整个发展，全面发展的人的教育，才能走上正确的道路。