重视品德教育
杨石先十分重视学生的品德教育，认为品德不好的人在学术上也是不会有很高成就的，更不可能对国家和人民做出大的贡献。几十年来，他总是循循善诱，诲人不倦，鼓励学生在特定的领域内发展成才，做一个品德高尚、努力为祖国争光的人。他还一直鼓励他的学生们要敢于超越老一辈科学家，一再强调要发扬“人梯”精神，这样才能使我国的科技事业兴旺发达，不断向世界最先进的水平前进。他不仅是这样说的，也是这样做的。他以自己的行为为学生树立了光辉的典范。因此，他的学生不仅从他那里学到了建设祖国的知识技能，同时也感受到老师对他们的关怀与期望，更受到了德育上的教诲，从而更加尊敬和爱戴自己的老师。杨石先与学生的关系，充分体现了为人称道的“尊师爱生，教书育人”的师生关系，而这种融洽的关系又进一步促进了学生良好道德的形成与发展。
重视实验教学
化学是实验的科学，杨石先早已深刻地认识到了这一点。他在美国留学时，兼管过实验室工作，曾亲眼看到有些中国留学生疏于实验操作，以致常常用饭费赔偿损坏的仪器，结果不得不忍痛改换专业。所以他不仅非常重视基础理论的教学，而且一贯重视实验教学，注意对学生实验操作能力的培养。他认为良好的实验技术是科研人员必要的素质。他常常告诫学生，只在读书方面下功夫而忽视实验能力的训练是不行的，任何理论和假设都必须通过实验来加以验证，真正的知识是从实验中获得的。为此，他亲自从国外购买仪器，不断完善实验设备，并经常到实验室指导学生做实验。他对实验操作非常严格，要求学生装置仪器横平竖直，仔细认真地观察反应，整洁、正确地记录，爱护和珍惜仪器、药品。40年后，他针对教学和研究工作中不重视实验的时弊，又多次重申上述主张。由于他的努力倡导和躬亲示范，重视学生的基本科学训练已成为南开几十年来师承的传统，并在国内化学教育领域中有着很大的影响。
依靠教师办学
杨石先一贯认为，“办好一个大学，主要体现在学生的质量上，而提高教育质量，必须首先提高教师的水平”。20世纪40年代末，他从美国回国任教时，就聘请了一批在国外已经学成或即将进修完的中国学者中的有机化学、无机化学、物理化学、分析化学、高分子化学诸方面的专家、教授来南开大学任教，为南开大学化学系的发展、壮大奠定了良好的基础。同时邀请了一批物理、生物方面的专家，加强了其他系科的教育力量。其中包括有机结构化学家高振衡、昆虫学家肖采瑜、农药学家陈天池、植物学家崔戳等。1955年，杨石先听说何炳林即将从美回国，便写信告诉他，解放后，新中国非常重视教育与科学，到处在搞建设，南开大学化学系发展很快，准备以农药为科研重点，盼望他回国后到南开大学工作，一起进行农药科研。
在“文化大革命”结束之后，鉴于国内科技水平与世界先进科技水平差距拉大的事实，杨石先首先要求教师结合教学和科研逐步提高自己的业务水平，同时对现有的教师队伍采取在职学习、脱产进修和出国培养等多种方式。经过两三年的努力，大部分讲师的业务能力达到指导研究生的水平，青年教师能胜任日常教学、科研的基础工作。其次他鼓励有基础的老教师多招研究生，他自己就招了二十来名研究生，积极培养年轻的后备力量。第三，他把在“文化大革命”中被迫调出化学系和元素所的十几名业务骨干重新调回来。第四，他亲自与欧美、日本、澳大利亚等国的著名大学建立校际合作关系，邀请具有真才实学的国外知名科学家和学者来校兼职培养研究生或讲学。在杨石先的领导下，经过全校师生员工的共同努力，南开大学无论从规模上，还是在教育科研上，都得到了空前的发展和提高，拥有了一支较强的教育和科研队伍。