此时浙大和厦大还发生了争夺教授的佳话。二战结束前夕卢嘉锡还在美国时，就先后收到厦门大学校长和浙江大学理学院院长胡刚复发来的信函和电报，邀请卢回国后到各自学校任化学系主任兼教授。盛情难却，加上远隔万里，又是战时联系困难，卢两边都没法回绝。一踏上故土，正在上海的浙江大学理学院院长胡刚复教授就亲自给卢送来了聘书。可是回到厦门后，母校厦门大学也坚决不放卢走。两校谁也不让谁，卢一时处于“情”与“义”两难的境地。幸好有人两边说和，让卢同时在两校任教，常住厦门、在厦门大学化学系任课，隔些时间到浙江大学化学系讲一段课，这才使两校的争端得以解决。于是，卢1946年先在厦大讲课，11月底再赶赴浙江大学任课（浙大刚由贵州遵义迁回杭州，12月份才开学）。1947年春当卢在浙大第一次讲课结束离开学校前，140多名师生联名写信挽留，连当时的代理校长郑晓沧也在挽留信上签了名。1948年秋天，卢又再次来到浙江大学讲课。至1949年，卢才辞去浙江大学化学系主任和教授一职。至1948年3月底，浙江大学已发展成为拥有文、理、工、农、师范、法、医7个学院、25个系、9个研究所、1个研究室的综合性大学。
1948年底，浙大同事为解决子女上大学之问题，办了一个补习班，提出只要在补习班学习成绩合格，既可免试入浙大。这一要求在校务会上得以通过。竺可桢得知此事之后，颇不以为然，这是“不顾公平是非舆论”，如果浙大子女可免试入学，“我们就成为特殊阶级”，在竺可桢持下，这个决定被否决了。
1949年3月7日，是竺可桢六十华诞。虽然竺可桢己生日历来秘而不宣，但还是被人探听出来，广为宣传。气象学界准备为他出专集、辟纪念室。浙大更为热闹，校内和各地校友送来不少贺函、贺电、贺仪，以至于竺可桢浙大日刊》刊登启事：礼品一概不收，开会一概不到。3月6日，学生自治会开盛大祝寿晚会，竺可桢不往；3月7日，学生提出建竺可桢图书室，竺可桢说：人尚健在，何必有此举。3月8日，学生为他生日大做广告，他将贺礼一律退还。学生又向他献旗，上书“浙大保姆”。
从1936年4月25日至1949年春，竺可桢担任国立浙江大学校长已13年。期间他曾在庐山受训，却没有参加国民党，国民党对他十分不欣赏，国民党的教育部几乎每年都要考虑更换他。只因为竺可桢在浙江大学很得人心，管理有方，另外由于陈布雷与他私人有深交，才得以留下来。
如此一直到1949年春，中国人民解放军在辽沈、平津、淮海三大战役中已获全胜，并开始准备渡江，此时国民党政府教育部部长杭立武来电催他赴台湾。竺可桢决心留下，此事他当然不能公开宣布。就在4月下半月，国民党教育部又下了一道命令，要竺可桢去巴黎联合国教科文组织工作。竺可桢经过考虑，用拖延法应付，按兵不动。但事与愿违。在杭州解放前几天，国民党又来了一道命令，内容和上次一样，但文件是由浙江警备司令部转来的。此时竺可桢觉得这一次由军方转，是一个信号，如果不去，军队就可以抓他去，“再四思维，不得不出之一走”，于是竺可桢决定去上海，但家属仍留在杭州，他到上海后再想办法。临别之际，留信给浙大应变委员会，言及保安司令已答应不入学校捕人，又勉励委员会诸君“发扬浙大”。到了上海，他还是住枫林桥中央研究院。按照惯例，他下榻于楼梯对面的贵宾室，那是他每去上海必住的地方。此时的中央研究院也已慌乱一片。有几个所已经搬去台湾，化学所已决定不搬。所长吴学周早已接待中共党组织从东北派来上海招聘人才的张大煜先生，当然，他会设法去帮助竺可桢。
5月1日，浙大全校师生来电，请竺可桢立即回杭，此时此刻竺可桢已身不由己，无从回杭。5月6日，竺可桢从楼梯上下来，正碰见蒋经国，蒋问：“你怎么还没有走？”竺可桢正在支吾，蒋补充说：“我叫人去为你买机票”。竺可桢说：“历史兴替，大势已去，台湾能维持多久？您与令尊经历不同，依我看，您也不必去台湾了”。蒋经国生气地说：“人各有志”。不欢而散。
5月17日，台大傅斯年来电邀请赴台，竺可桢婉言辞谢。竺可桢与吴学周商议，为确保安全，吴建议竺可桢立即从贵宾室搬到一间实验室中。竺可桢住进以后整日闭门，一天三餐定时送，在房中看书消遣。上海小报一度报道竺可桢失踪。那时上海已很不安定，国民党上海市政府官员忙于逃跑，所以没有人注意。1949年5月3日杭州市解放，同年5月27日上海市解放。
竺可桢在沪逗留期间，浙大师生和上海浙大校友会多次请求竺可桢返回浙大继续主事。特别是7月3日上海浙大校友会举行常年大会，内容之一便是热烈欢迎竺可桢校长。出席校友达600余人，盛况空前。两周后，北平中山公园又有浙大校友两百余人集会，恳切竺可桢回浙大继续长校。情真意切，竺可桢为之动容，言不能答。然竺可桢认为自己盛年不再，虽浙大师生一再挽留，最后终于无效。不过，他非常希望今后能有一位合适之人出任校长。直至9月1日，得知国家派任马寅初任浙江大学校长后，竺可桢才略感宽慰。
10月16日，为建设新中国科研事业，竺可桢出任中国科学院副院长。竺可桢想不到，此次一别，竟再也没有能踏回浙大半步。他更想不到，马出任浙大校长不到2年，旋即调至北京大学任校长，此后的浙大竟因种种原因分崩离析，鼎盛不在。
新中国的成立，百废待兴，国家决定抽调浙江大学部分师生参与组建中国科学院。随着竺可桢出任中国科学院副院长，浙江大学理学院院长贝时璋离开浙江大学到上海中国科学院实验生物研究所任所长。浙江大学物理系主任王淦昌调至中国科学院物理所、苏联联合原子核研究所后任中国科学院近代物理所副所长。浙江大学教务长王葆仁调至上海任中国科学院有机化学所副所长。浙江大学农学院院长蔡邦华调至中国科学院动物研究所任副所长。罗宗洛离开浙大，任中国科学院上海植物生理所所长。陈述彭奉调到中国科学院地理研究所，后任中国科学院遥感所名誉所长。姚錱调至上海中国科学院细胞生物学研究所，后任室主任、副所长。钱人元调至中国科学院物理化学研究所任研究员，后任中国科学院化学研究所副所长、所长。沈善炯调至上海中国科学院抗生素工作委员会，现任中国科学院上海植物生理研究所研究员。邹元燨调至中国科学院工学实验馆（中国科学院上海冶金陶瓷研究所前身）任研究员和室主任，后出任中国科学院上海冶金研究所副所长兼室主任。
接着，1950年胡刚复辞去了浙江大学的教职，应茅以升之聘去唐山交通大学和北洋大学任教。1952年前后，国家进行院系调整，并对浙江大学进行了调整。这次院系调整中，物理系教授何增禄并没有随浙江大学物理系调到复旦，而是留在浙大带领一批青年教师和技术员筹建了全国第一个光学仪器专业，担任主任，为国家光学研究培养了一批杰出人才。但至1955年，何还是被调到清华大学工程物理系筹建高真空技术专业。同样在这一年，从浙大毕业，到英国伦敦大学攻读博士学位，又于1949年回国在浙江大学任教的胡济民被调到北京筹建和主持我国第一个专门培养原子能科技人材的“物理研究室”，后来该室改为北京大学技术物理系，胡济民担任首任系主任直至1986年。
虽然浙江大学农学院农化系调至南京工学院，浙江大学农化系奉命撤销，停止招生，但原浙江大学农化系主任朱祖祥仍坚信，农学院终将恢复土化系。因此，在农化系撤销后，朱祖祥一直未应聘去南京农学院和其他邀请单位工作，仍坚持在原校教授普通土壤学。此后，浙江大学农学院独立成浙江农学院，至1955年，朱祖祥终于受命重建浙江农学院农土化系。1980年，朱成为在杭高校当选的第一位中科院院士（学部委员）。1996年，朱还和苏步青、谈家桢提议将浙大分离出在杭州的几个院校合并。可惜尚未如愿，朱便辞世了。
偌大一所浙大经此调整，拆得七零八落，科研地位一落千丈。直至1968年，浙大才恭添国家重点院校之列。在1952年到1968年这16年间，浙大至多也只是在地方性院校中差可比拟。
这个境况的尴尬，使得1956高教部杨秀峰部长到浙大做中国高等教育的报告时，也不得不说，1952年的院系调整，把综合性的浙江大学拆散了，变成单纯的工科大学，对浙大，对浙江来说，是很大的损失。杨说对于一所学校，校风至关重要。而好校风的形成，决非一朝一夕之功。浙大有很良好的求是校风，是国内不多的知名学府，如果当时不将她拆散，而是完整地保留下来，也许意义更大。
这些人员自调出之后，很少再回到浙大团聚。唯一一次，可能就是文革期间，将浙大旧时人员三百多人都集中在浙大六和塔三分部学习数月。不过，其中的境况可不甚妙，经此一劫，浙大教授或死或伤，郑晓沧、孟宪承、夏承焘、赵九章、蔡邦华、苏步青、谈家桢、谷超豪、施雅风、钱人元等等，都有一番不忍回首的遭遇。回忆1939年，浙大西迁途中，曾得到党国密令，就地解散，师生可并入中央大学。这个电令激起了浙大师生的愤怒，经历艰难险阻，长途跋涉，却面临要求解散之残酷现实，部分师生以至恸哭失声。竺可桢经与浙大师生商议，拒绝了电令，最后迁至遵义湄潭办学。虽然这再次令蒋介石不悦，但是，浙大仍能够从政府获得教育经费，这其中，或许有校友陈布雷从中斡旋不无关系。
然而，这样的运气终不再有。当年获许政治不干预教学方才上任的校长挂职北上，过去竺可桢被称为“浙大保姆”，言下之意，乃是师生受其庇护颇多。然而，这个“保姆”五十年代看着任职校长十三年的浙大分崩离析，而无法施以援手；六十年代以后，自身便身处险境，更遑论他顾了。1948年的开学典礼上，竺可桢尚言道：“目前苏联供给我们以马列主义，美国供给我以白米面包，但吾人生而有知，应该有独立之思想，不能人云亦云，食人唾余更属可鄙”，然而，数年之后，浙大终于无法再秉承独立办学，自由民主的宗旨，“民主堡垒”、“东方剑桥”俱已成为昨日云烟，工科学校的定义，倒是符合此时的内涵。
现在的浙大，是1998年由原浙江大学、杭州大学、浙江农业大学、浙江医科大学四校合并而成。当初一体而分，现在重新团聚，也了却了部分老校友的心愿，虽然当初分出的部分院系已经无法复归。