章炳麟被誉为中国近代史上“有学问的革命者”，他曾是杰出的资产阶级革命者的代言人，又是近代中国文化学的巨匠。作为一位有深度和广度的思想家，他在文、史、哲、经、政等诸方面都自成一家之言，独立于当时。他的有关教育的活动及言论都是与他广博的思想体系密不可分的。其中最基本的思想为爱国思想、民本思想和依自思想。众所周知，章炳麟把传统的思想文化即“国粹”标为可以“增进爱国的热肠”的法宝。他的一生确也牢牢抓住这个法宝不放，每当论及他爱国的情思便不能自抑。章炳麟继承和发展了古代的民本思想，反对封建禁锢，也反对资本奴役，尽管在寻找人的自身价值和人性的解放方面颇有与众不同以致引人误解之处，但他的“民众本位”的思想恒常未变。在文化学术方面，他也一向以学在民间为贵。他把“依自不依他”提为中国思想文化的优秀传统和共同的民族心理，因此依自思想被贯彻在他思想的各个方面。
教育为革命服务
在早期，章炳麟主张教育必须为革命利益服务，通过学校宣传革命思想和培养革命志士，认为革命是开通民智的最好办法。一方面，他把新式学堂的建立视为变法之本，“学堂未建，不可设议院；议院未设，不可以立民主”。在爱国学社任教时，他常以“扬州十日”、“嘉定之屠”等历史事实为教材，激发学生反对清王朝的革命热情；另一方面，他曾多次表述对当时新式学堂的看法，“学校在官，其污垢与科举等”，他这种提法是出于反对官办的思想。在他看来，清政府办的新式学堂虽然也能给学生传播近代科学知识，但其向学生灌输陈腐思想，不利于培养革命所需的人才。辛亥革命后，章炳麟认为政权、教育权的问题已经解决，于是思想来了一个大转变，强调“教育方针，以不离道德为宗旨”。
重视道德教育
章炳麟重视道德问题，认为中国人“自然谈守中国的道德”。在章炳麟那里，道德学说是其一切思想（政治的、经济的、文化的、宗教的）归聚点。他认为，人性本恶，人生来就具有我爱（好适）、我慢（好胜）、我见（好真）、我痴（迷妄）这样一些本能，只有依靠后天“仁义”的熏陶，礼义的教化，人才能踏上进步之途。由此可见，章炳麟在承认人的自然因素与生理因素在人性形成中的作用的基础上，突出强调社会环境与社会教育的决定性作用，“一人之行，固以习化，而千世之性，亦以习殊”，“学可以近变一人之行，而又可以远变千世之层”，认为教育不仅能改变个人的品行，而且能改变一个民族于百年形成的特质；这就把人的本质的改变与社会环境及社会环境的改变、社会自身的变革紧密结合了起来。章炳麟也谈到了学校应该怎样才能有效进行道德教育的问题。他认为清末国内的新式学堂过于奢华，让学生“优其居处，厚其资用”，结果“适足以为病”，而这样培养出来的学生即使学术上会有所成果，但却不能投身于中国广袤的社会变革中。所以，他认为教育不能与社会脱节，学校生活条件应与社会物质生活水平保持一致，让学生与社会保持联系，这才是学校有效进行道德教育的关键。还有，学校的道德教育，不能只讲书本上的理论，要善于发现“开人感情的路”，且教师应该“为学生做表仪”。但是他也认为道德主要是靠社会熏染，而不是靠讲解。
文化观
章炳麟不为传统文化所禁锢，不对西方近代文化盲从的态度也反映在其教育观点上。他固然非常重视西方的学术与文化，并以西方近代文化为一个主要的参照物，但是他又十分注意尊重中国自身文化的发展，将这些异质文化的不同表现结合各自不同的社会条件认真地分别加以研究。他反复说明“自国的人，施自国的教育，像水、火、柴、米一个样儿，贵也是要用，贱也是要用”；他认为“必合中西之言以化民”，而不要“以西人之长技皆出于我，则适以助学者之虚矫自满也”。他倡议“译五洲之书以仿政治以开民智”，以期“微虫之为珊瑚与赢蛤之积而为巨石”的效果。
学生观
章炳麟重视学生独立治学的能力，提倡百家争鸣。在他看来，除客观之学外，凡属寻求心理的主观之学，都要敢于提出“义证坚密”、“持论强盛”的自成一说来。他的这种治学思想，对于学术的发展是有利的。
孔子观
章炳麟在对经学的重新研究中，给予孔子以不同于自己早年的评价。他认为孔子是一个杰出的历史学家和教育家，他首次系统整理了古代文献，撰写了我国第一部编年史《春秋》，打破了过去贵族对文献的垄断，使竹帛下于庶人，对中国文化的发展作出了贡献。他反对神化孔子，因为这样不但不能使人们的思想真正解放，反而会将人们的精神禁锢起来。
重视教育普及
章炳麟重视中国教育的普及问题。1910年他在日本发行《教育今语杂志》时，就提出“以保存国故、振兴学艺、提倡平民普及教育为宗旨”。1912年5月，他与于右任、王正廷、张謇、田桐、张继等共同发起成立“通俗教育研究会”，“以研究通俗教育实施方法，为普通人民灌输常识、培养公德，并启发有关社会教育之各事物为宗旨”，提出以“注重卫生、练生、公众道德、国家观念四主义”为主要任务，参与发起了通俗教育运动。
章炳麟思想体系的一个重要特征是其立论随着时代的变迁而有变化，他在教育方面的观点亦是如此。他重视道德问题，并对学校如何有效进行道德教育提出了自己的看法。他注重用中西文化之精髓来开启明智，反对夜郎自大或盲目崇拜。他关注中国的教育普及问题并亲自参与通俗教育运动。他推崇“国粹”，并为近代中国培养了一批享有盛誉的学者。