章炳麟三入牢狱的大致情况是：
第一次入狱是因为1903年的“苏报案”。章炳麟应蔡元培之邀到上海推进教育会活动，并变《苏报》为江南喉舌。为驳斥康有为的保皇论，章炳麟发表了《驳康有为论革命书》，并为邹容的《革命军》一书作序。日本学者岛田虔次在《章炳麟的事业及其与鲁迅的关系》中评论：“在这个改革主义和革命主义的最初论战中，作为革命的争辩家的太炎面目，已毫无遗憾地发挥出来了，而最为轰动的是他在论战中，直呼当代皇帝的名字，骂以‘载湉小丑，不辨菽麦’。”显而易见，这种言论虽然发表在上海的租界内，也不能不引起清廷的震动和愤怒。清政府遂向租界提出控告，租界工部局（警察局）于1903年6月30日上午到报社捕人。章炳麟器宇轩昂，明言相告：“余人俱不在，要拿章炳麟，就是我！”章炳麟为此付出三年牢狱之苦。
第二次入狱是因为1908年的“民报案”。章炳麟出狱后即被孙中山迎至日本，由孙中山主盟，加入了同盟会，接任《民报》主编。在章炳麟的主持下，《民报》成为揭露帝国主义、封建主义，抨击改良主义和无政府主义的阵地，“所向披靡，令人神往”。引起清廷的恐慌和仇视。清政府派唐绍仪与日本政府交涉，日本政府出面封禁了《民报》，将章炳麟传入警署。太炎先生二入牢狱，时在1908年10月20日。11月26日，东京地方法院裁判厅开庭审讯，章炳麟据理辩驳，无懈可击；裁判长张口结舌、理屈词穷。但是，东京地方法院对章炳麟仍作出罚金150元或服役150天的判决。鲁迅、许寿裳等人代交了罚金，章炳麟获释。
第三次入狱是指章炳麟被袁世凯在北京禁锢三年。1913年3月，宋教仁被袁世凯指使赵秉钧派人刺死于上海。章炳麟怒不可遏，先在上海发表反袁文章，后又只身赴京当面讨袁。“虽经友人力阻，而先生则谓‘不入虎穴，焉得虎子’，遂于八月冒险入京。”章炳麟到京后，曾摇着用勋章做扇坠的折扇，径闯总统府，以示对袁世凯的反对和蔑视，大有弥衡击鼓骂曹的气概。
袁世凯先将章炳麟拘于共和党本部，继又囚于龙泉寺，最后则禁于钱粮胡同。1916年3月，袁世凯忧惧而死，太炎先生才获自由，又是三年牢狱之苦。
在中国近代史上，章炳麟是革命先驱，也是国学泰斗。历史学家侯外庐说：“章炳麟对于中国学术文化遗产的论述十分丰富。他是古经文学派最后一位大师，同时又是儒家传统的拆散者。他的思想的发展变化及其矛盾的性格，反映了中国近代历史发展的辩证法。”
章炳麟对待治学就像对待革命一样，充满激情，百折不挠。因为，二者的目的是一致的。化用弘一法师的一句名言——“念佛不忘爱国，爱国必须念佛”，章炳麟则是“革命不忘治学，治学必须革命”。黄季刚在《太炎先生行述记》中说：“其授人国学也，以谓国不幸衰亡，学术不绝，民犹有所观感，庶几收硕果之效，有复阳之望。故勤勤恳恳，不惮其劳”。
1908年《民报》被禁，章炳麟在东京创办“章氏国学讲习会”，“专务历学”，“弟子至数百人”。1913年至1916年，章炳麟被袁世凯幽禁在北京，他又在今钱粮胡同19号续办“章氏国学讲习会”，听讲学子，约100多人，大部分是北京各大学的教员。与此同时，袁世凯雇用一些人组织“孔教会”，以“孔礼”为“国教”，为袁世凯称帝制造舆论。章炳麟“甚非之”，在钱粮胡同“章氏国学讲习会”门外贴出告示，言明“凡参加‘孔教会’者，不得入内听讲”。1935年9月，章炳麟以年老体弱之身在苏州再办“章氏国学讲习会”，章炳麟授课之时，“听者近五百人，济济一堂，连窗外走廊等地，也挤满了人。”
尤其令人称道的是章炳麟的胸怀，为革命能抛弃私谊，为国学能不计前嫌。刘师培的汉学修养和才华很为章炳麟欣赏，他变节投靠两江总督端方曾令章炳麟惋惜，他捏造伪证、落井下石更令章炳麟愤怒。但是，当1911年刘师培随端方逃往四川被革命军拘留之时，章炳麟则多方营救，发表宣言：“今者文化陵迟，宿学凋丧，一二通博之材，如刘光汉辈，虽负小疵，不应深论。若拘之党见，思复前仇，杀一人无益于中国，而文学自此扫地，使禹域沦为夷裔者，谁之责耶？”
惟大英雄能本色，是真名士自风流。章炳麟当之无愧。