1922年6月。广东军阀陈炯明背叛革命，炮击总统府。孙中山只身走驻永丰舰，孙夫人宋庆龄与卫士在总统府抗击叛军，弹尽援绝，始化装脱险到沙面。钟荣光接到电话后派电船把她接到岭南，转船到黄埔与孙中山会合，然后经香港转上海。
1923年，孙中山返广州重建大元帅府后又曾两次偕孙夫人视察岭南，并发表演说，勉励“学生要做大事，不要做大官”和学习黄花岗七十二烈士的革命精神，为国家为人民服务。由此可见孙中山对钟荣光创办岭南大学的高度关怀和亲切期望。
收回帝国主义在中国的教育权、中国学校由中国人自办的主张，钟荣光早在五四时期就已提出，其后不但在国内、而且在出国募捐的各种集会上，屡次宣传这个主张，受到各界人士和广大华侨的热烈拥护。
1924年初，钟荣光与香雅各一同任岭南大学监督（不分正副）后，他前往南北美洲为岭南农科筹款时，就更加积极宣传收回教育权的主张。他在美国芝加哥城青年会上演说：“兴办学校，实为现在救乡救国之事”，“岭南为中西合办，但靠人终非久计，应当尽量发达，以便将来接收华人自办”。同年六月，他在致书美国芝加哥少年报主笔时又指出：“中国教育何以免外人管辖？外国政府及教会在中国所办学校，如与国际条约无背，不容易收归吾人自办，吾政府但按教育部章取缔之足矣。日本对于外这国人在日本所立学校亦如此。岭南则非美国政府及教会所办，其始只一位美国传道中国之牧师发起，托某教会管理，其后脱离教会，在纽约改组董事局（1893年）担任筹款与派教员等事，至今董事屡易，全赖三五名望人物勉力维持，并加入中国董事三人协助，至执行部则投在岭南校内，中国任部员者逐年增加人数，随时可以收回自办。”他说：“论情应该感谢，在理则不应该长期倚赖他人，论事实则本校非美国政府所办之学校。”他认为收回岭南之第一步，即今岭南农科大学。再进而收回岭南之教育科、商科各立一大学，更进而收回岭南全校。钟荣光还申明，他多年经营“期以逐渐脱出外人管辖者”，盖出于“念吾家子弟学生何以全靠邻人教育，吾国土地（农场）何以得交与外国管辖”。又说：“光服务岭南二十五年，由学生而教习而至今职，自信深知底里，苦心全力，收回岭南自办为唯一之目标。幸农科大学成立，第一步已达到矣。”他向华侨呼吁：“大家鼎力由收回外人在中国所办学校，当以岭南为嚆矢。”钟荣光多年来苦心经营，力求从外国人手中收回岭南大学教育权由中国人自办的爱国主义精神，是十分值得后人称赞的。
1926年6月9日，岭南大学师生开盛大欢迎会，欢迎为农科大学筹款遍历南北美洲两年半归来的钟荣光监督，在公宴会上，钟荣光发表演说，再次表明他“此次出洋捐款，完全为农科大学收回我华人自办，向华侨募捐。近年来收回教育权之呼声日高，予不敢说有先见之明，但六七年前已觉教育有收回自办的必要”。岭南大学师生，在钟荣光的热爱祖国的精神影响下，积极参加了历次政治运动。据一位在五四当年参与省学联领导的广东高师学生回忆说：“广东在五四运动中，高师和岭南的学生，成为反日反军阀的有力群众。”“岭南学生都和我们在一起，并不后人！”他还说，作为广东小教育会和岭南大学领导人的钟荣光，曾策划组织学生军配合粤军驱逐盘踞广州的桂系军阀，要他去上海向孙中山报告，因孙中山不同意而作罢。
1924年第一次国共合作形成后，钟荣光积极支持孙中山的三大革命政策。当时帝国主义者和国民党右派在华侨中散布广东“赤化”的谣言，攻击国共合作。钟荣光在美国芝加哥向华侨演说：“粤省现有八省客军……中山政府擘画自属不易，我人为粤省计，皆应协助之，而多加谅解”。
1925年，岭南大学师生与广州各学校生响应上海五卅反帝运动，举行六·二三游行示威，在沙基被沙面租界的帝国主义者开枪杀害游行群众，死伤一百余人，酿成历史上著名的“沙基惨案”。岭大教师区周、学生许耀章中弹牺牲，十余人受伤。岭南学生会为此出版《沙基惨案真相》分发国内外，以揭露帝国主义屠杀中国人民的罪行。领导这次爱国运动的岭南积极分子中有李少石烈士和廖梦醒、廖承志等人。17位美籍岭南教授也联名通电美国，要求主持公道，支援中国。独有英籍副监督白士德，发表为帝国主义暴行辩护的反华言论，受到全体师生的强烈谴责，被逐离学校。这时钟荣光还在美州为岭南农科大学募款，闻讯，悲愤异常。次年6月，他从美返校，在纪念沙基惨案一周年大会上演说，满怀激愤地公开发表反帝声明：“传教西人挟不平等条约而来。故我同学应继续努力，与群众一致奋斗，以期打倒帝国主义。总之，对外人之侵略，取抵抗主义，对内部之攻击，取不抵抗主义，欲达吾人之目的，必持以必死之决心……，人谁不死，只死得其所耳。”当时有些人在左思潮影响下，误以为凡在外国教会学校任职或读书的，都免不了充当帝国主义文化侵略的工具，对岭大人也不无微词。钟荣光这种对敌人恨，对人民和的高尚品德和反帝爱国的精神可见一斑，他受到岭南师生的拥护，是理所当然的。
这年10月10日，钟荣光在双十节纪念会上勉励岭大师生要真诚信仰中山主义，拥护孙中山的三大革命政策，只要大家实力奉行，革命自然成功。他说：“现在我国尚为帝国主义者所压迫，不平等条约尚束缚我们的国家。但是我们如果遵从孙先生之遗嘱，唤起民众及联合世界上以平等待我之民族，共同奋斗，这也不久可以达到解放目的的。”他又说：“现在非快乐的时期，是奋斗的时期。在这革命时代中，最不可中立，最不可旁观，因为辛亥革命至今中立和旁观的两派人，可东可西，不冷不热，已弄成今日不清不楚之政局。我们到今只有分别是非，今日之北伐战争是是非之争，应该一齐加入革命战线，然后反对外打倒帝国主义，对内打倒军阀。本校有工界，有学界，总要两家携手协助，同走上革命战线，以辅助革命之进行。”最后他告诫学生：“学生时代，旨在求学，但在求学之中，应不忘救国；有可以为国民利益的事，我们就要加以赞助，那么，我们今晚恭祝国庆始有意义。”可见钟荣光在孙中山逝世后，仍然一贯坚决支持孙中山的三大革命政策，号召学生拥护工学团结，拥护北伐战争。
在北伐战争的高潮影响下，经过钟荣光和爱国师生的奋斗，岭南大学终于从美国人手中收回中国人自办。1927年1月，岭南大学生在国内成立了新的校董会。同年8月1日，新旧校董会举行交接典礼，原纽约董事局改名美国岭南大学基金会。以新成立的校董会为岭南大学的最高行政机关，钟荣光作为新校董会主席兼校长在会上指出接收此任的原因是：（一）尊重本国政府教育法令；（二）顺应中国民族运动潮流。表示希望旧董事局改名基金会后，将来为友谊上之助力。并宣布接收后的方针是：（一）最低限度要维持现在之成绩；（二）保存基督教牺牲服务精神；（三）一切科学注重实用；（四）实行学生工读制度；（五）施行农村教育，以加惠农民。钟荣光办大学始终念念不忘于改进我国农业生产和农民生活。
钟荣光接岭南后，改岭南农科大学为岭南农学院，继续出国为学校募款。这时岭南学生包括大学、预科、结侨班、高初中和小学总计一千余名，中西教职员二百余名。在20世纪二三十年代，它为祖国培养了大批人才，我国著名音乐家冼星海、画家司徒乔、诗人梁宗岱以及革命烈士李少石，革命活动家廖承志、廖梦醒，乃至日本著名诗人草野心平等都曾在岭南受过钟荣光的教育。
1927至1928年间，国民政府先后聘钟荣光为教育行政委员，华侨教育委员会常委，侨务局长。由于他看不惯南京官场的腐败，辞职返校办学。
1929年，上海圣约翰大学特赠钟荣光名誉法学博士学位。那时岭南校董孙科任国民政府铁道部长，下属骨干和总工程师等多出身岭南。钟商得孙科同意，由铁道部拨款创办岭南工学院，以培养铁道公路专门技术人才。并先后在上海、香港等地设立分校，宋庆龄为上海岭南分校校董之一。孙科把两个儿子志平、志强送岭南念中学。钟荣光可说与孙中山一家三代都有过不同寻常的关系。
1930年，岭南接收广州长堤外国教会创办的博济医院，这是孙中山青年时代学医的地方，钟荣光为纪念这位中国革命的伟大先行者，积极筹办孙逸仙博士经念医学院。1935年他带着计划书向南京政府请款，领得五十万元的建筑费，建成了当时广州最堂皇美观的新型建筑物——孙逸仙博士纪念医学院。从而使岭南大学成为拥有文理学院、商学院、农学院、工学院、医学院的多科性大学。为中国培养专门人才，作出了重要贡献。
岭南大学自1927年收回自办至1937年，钟荣光一直担任岭大校长职务。
抗日战争爆发后，钟荣光在庐山养病一年，他已逾七十，体力衰弱。1938年6月，他被任为岭南大学名誉校长，宣告退休。同年7月，国民参政会在汉口成立，钟被任为参政员，出席了这次会议。会后返广州办了岭南大学校长移交手续，旋迁居越南海防；岭南大学亦于1939年迁往香港以避日寇。其后他几次飞重庆出席参政会。1940年秋，日军进犯越南，钟荣光偕夫人抱病返香港疗养。第二年9月7日，留港岭南同学发起为他七十五岁寿辰祝寿。钟荣光从来没有做过生日，这次他打算借此为岭南开展百万基金募捐运动。他出任基金募捐运动会主席，亲作小启，对抗日战争的胜利和恢复岭南旧业充满信心。由于太平洋战争爆发，香港沦陷，岭南基金募捐受阻，钟荣光身陷敌境，心脏病日重，就医于养和医院，延至1942年1月7日逝世，终年76岁。
钟荣光生前产撰一联自挽：
三十年科举沉迷，自从知罪悔改以来，革命，无党勋；作过官，无政绩；留过学，无文凭；才力总后人，唯一事工，尽瘁岭南至死。
两半球舟车习惯，但以任务完成为乐，不私财，有日用；不养子，有徒众；不求名，有记述；灵魂乃真我，几多磨炼，荣归基督永生。
这副自挽联充分表现出他毕生为祖国富强，尽瘁岭南教育，以学校为家的爱国献身精神。他没有子女，没有遗产。他的遗嘱念念不忘扩建孙逸仙博士纪念医学院和岭南校园内建筑纪念陆皓东、史坚如、郑弼臣三烈士的中学校舍；除了要求岭南赡养他年迈的夫人钟芬庭外，还要求把他的棺柩葬在岭南校园旗杆下梁发牧师的墓旁。抗日战争胜利后，岭南大学迁返康乐。1947年1月，遵照钟荣光的遗嘱，将其灵柩迁葬于岭南校园内。在文化大革命的十年浩劫中，钟荣光的坟墓也不幸受到了破坏。
钟荣光生活朴素，不事衣饰。态度和蔼，平易近人。他每晚必写日记，在庐山还写若干回忆录，可惜都在战争年代和动乱中散失了。他曾为人书写一联：“孔、佛、耶、回，有教无类；亚、欧、非、美，天下一家。”颇能反映他那崇尚学术自由，不怀畛域的民主教育思想。
钟荣光提倡宗教自由。学校里既有基督教牧师，也有天主教的神父。他不强求教师、学生入基督教，学校中大多数教师和学生是不信教的，这与一般的教会学校不同。对教员的聘任，如钟荣光所说：“本大学是基督教的、国际的，已如上述，帮乐意接受外国教育与学术团体之热诚扶助，英之伦敦会、循道会，美之长老会、同寅会，现均资送有教授或医师为其代表，长年驻校，担任义务。日本去年曾一度派茂雄博士来校演讲数星期，此外，无论何国人士，凡抱世界学才之宏愿，认本大学可与合作者均受欢迎。”
钟荣光毕生献身于教育事业，他的学生遍布全国和海外，在不同岗位上作出成绩，为祖国争光。他不仅为祖国建设培养了大批专门人才，而且为密切华侨与祖国的关系，团结港澳同胞，作出了重要贡献。他不愧为中国著名的爱国教育家，他的业绩将永远为人民所怀念。