原发性骨质疏松是一种退行性病变。常见的病因有以下五个方面：
（1）内分泌紊乱。内分泌紊乱主要是性激素、甲状旁腺素、降钙素、前列腺素、活性维生素D等的代谢失调。甲状旁腺激素和降钙素是影响骨代谢的两个重要激素，维持血钙在正常范围内。当血钙低时，就会分泌甲状旁腺素，把骨内钙动员出来，补充血钙；如甲状旁腺素分泌过多，就会造成骨质疏松。降钙素作用正好相反，它可促进小肠对钙的吸收，促进钙向骨内转移，有利于骨形成。前列腺素被称为“骨吸收因子”，体内前列腺素产生过多，可促进骨盐溶解，把骨内钙动员出来，造成骨质疏松；同时前列腺素还是一种强烈致痛物质，也是造成骨痛的原因之一。食入的维生素D在体内经过肝和肾才能合成有生理活性的物质，叫做活性维生素D，它可以促进小肠钙的吸收和骨的形成。常说的小儿佝偻病，就是维生素D缺乏引起的。
（2）营养不良。食物中缺钙，造成钙摄入不足，或钙吸收不良，都会造成骨营养不良。例如，绝经后妇女由于雌激素降低，钙吸收减少。此外，慢性胃肠炎、肝病、肾病也会妨碍钙吸收。一般说来，成年后每增加10岁，小肠对钙的吸收降低约10％，这也是老年人容易患骨质疏松的原因之一。
（3）活动减少。就是大家常说是“用进废退”。老年人活动量减少，骨骼失去刺激，此时负责骨建造的成骨细胞活动降低，而负责骨破坏的破骨细胞活动增加，破骨作用占上风，造成骨质疏松。所以长期卧床不活动的病人也易发生骨质疏松。
（4）遗传因素。骨质疏松的发生与种族和遗传有关，如白种人、黄种人骨质疏松发生率高于黑种人。维生素D受体基因、雌激素受体基因等与钙吸收和骨建造有关，它们具有遗传性，其缺陷可引发骨质疏松。
（5）生活习惯。过量饮酒和吸烟都与骨质疏松有密切的关系。酗酒会损害肝功能，并影响钙的吸收。吸烟也会影响骨代谢；妇女吸烟更有双重危险，不但会降低雌激素水平，还会影响胎儿的发育，产生不良后果。