农药的运输工具主要有汽车、船、飞机等，运输时最好有专门的运输工具。所运输农药的包装必须完好无损，不要在运载乘客和粮食的车上装农药。在不得不混装的情况下，应将农药和乘客及其他货物分隔开来。
搬运和装卸农药时要轻拿轻放，发现包装破裂、农药渗漏时，要把农药改装封严后再运。车上伸出的钉子、金属薄片和木头会刺穿包装袋而引起渗漏，因此在装货前应先将其排除。不要使装农药的圆桶从高处跌落下来，装载的货物要用绳子固定，装载的高度不能太高。卸货后应检查有无渗漏、松盖和标签破损等现象，如有损坏，应在贮存以前及时修理或进行重新包装。
有时在运输过程中，容器破损，农药溢漏，污染运输车、船或飞机。这时，要将溢漏的农药尽可能收集起来，并妥善处理污染物。如果逸散的是粉剂或颗粒剂，应尽可能把大部分收集回来，然后进行清扫；清扫前，先洒上潮湿的沙子，以防清扫时起尘。
对于溢漏的液态农药，不要用大量水来冲洗溢漏物，这样只能使农药扩散到更大范围；应该用沙土或锯木屑覆盖住溢漏物，然后小心地扫入有标记的圆桶或塑料袋中以便进行处理。扫除后用肥皂和水清洗被污染地。
溢漏物和受染物必须埋入地下至少50厘米深，掩埋污染物的地方要远离井和下水道。