罪犯改造设计是一项复杂而要求又极高的工作，因此在进行罪犯改造设计时，必须精心组织，认真对待，并遵循下列原则。
（一）从实际出发，有的放矢的原则
该原则是我国监狱罪犯改造工作所必须遵循的原则，当然也是罪犯改造设计所必须遵循的原则。实践证明，罪犯改造和罪犯改造设计只有遵循这一原则，才能收到工作的预期效应和圆满结果。执行从实际出发、有的放矢原则的基本要求是：
第一，从设计对象的实际出发，既不能要求太高，也不能要求太低；既要考虑改造目标的实现，又要考虑本人的基础；既要有一般的改造措施，又要有适合罪犯特点的特殊措施和方法。
第二，从监狱机关的实际出发。这种实际主要是指监狱机关的形势、任务和条件。既要考虑到设计方案的实施与监狱中心工作的配合，又要考虑设计指标实现的可能性；既要考虑监狱、大、中队已有的物质设施条件，又要考虑它们未来可能投入的经济条件；既要考虑监狱、大队全盘工作计划的要求，又要考虑中队监管改造工作的需要。
第三，从监狱干警的实际出发。罪犯改造设计方案的实施，离不开基层干警，特别是中队干警。中队干警的数量、质量情况对设计方案的落实起决定性的作用。因此，制定设计方案时，一定要从现有干警的实际情况出发，既考虑中队干警的总体数量和水平，又要考虑分工主管干警的数量和水平；既要考虑每个干警应有的水平和能力，也要考虑个别干警的实际工作能力和工作责任心。
（二）目标明确、措施具体原则
进行罪犯改造设计的目的，是为了加强监狱对罪犯的改造工作，提高改造质量，减少废品率。目标，是罪犯改造设计要达到的具体目的。只有设计目标清楚明确，才便于干警实施。如果目标含糊笼统或似是而非，则改造工作必然会受影响。措施，是实现目标的保证。单有明确具体的目标，而无科学具体的改造措施，罪犯改造设计目标就必然落空，罪犯改造设计方案也等于一纸空文。目标明确、措施具体的基本要求是：
第一，指标便于考核。为了便于工作，各种指标应尽可能量化。做到既定性又定量。多年来的罪犯改造实践证明，单有定性没有定量，或者虽有定量，但过于笼统，实践中难于操作，结果等于“软指标”“空指标”。
第二，工作便于检查。罪犯改造设计方案的实施与其他工作一样，必须定期或不定期地对实施情况进行检查，否则就很可能虎头蛇尾，收不到应有成效。然而检查可以有硬有软。如果设计方案的各种指标、要求、措施过于含糊笼统，不便于具体检查、公布，罪犯改造设计方案的效应就必然会受到影响。
第三，方案便于实施。罪犯改造及有关科学理论与实践都证明，一项计划、一个方案实施成效的大小及顺利程度，往往与计划、方案的可操作性有关。如果方案目标清楚，界限清晰，措施具体，责任明确，实施起来就相对顺利，预期效果也好；反之，既不可能顺当，效应也不可能好。
（三）协调配合、综合治理原则
所谓协调配合、综合治理原则，是指进行罪犯改造设计，特别是在安排工作措施的指导思想上，要站得高，看得远，调动一切可能调动的力量和手段对设计对象进行综合治理的法则。坚持协调配合、综合治理的原则，既有利于提高设计方案质量，又有利于提高方案的实际效应。协调配合，综合治理原则的基本要求是：
第一，要运用各方面的力量，调动一切可能调动的促进罪犯改造的积极因素。罪犯改造是一项系统和综合的工程。罪犯的改造设计在一定意义上就是对改造力量、条件和促改因素的综合调配。设计者如果头脑清晰、技艺高超，就能充分调动各种有利因素来为实现设计目标服务，收到良好成效；反之，则可能事倍功半，成效极微。
第二，要运用各种形式的改造措施。对罪犯的改造方案，特别是对反改造尖子和顽固落后罪犯的改造设计，在一般情况下，措施的使用都只能是采取一项为主、多项配合的安排。方法既要有主攻措施，也要有第二线的措施；既要有治本措施，又要有治标措施。
第三，要在坚持方针、政策和法律规定的条件下，灵活运用改造方法。改造设计中的罪犯，不仅本人处于动态之中，而且往往还都处于与监狱干警对抗之中，各种情况也在不断变化之中。罪犯改造设计方案的制定既要防右，更要防左；既要以静态思维来对待已经发生的问题，又要以动态思维来对待可能发生的问题。要采取灵活措施或允许执行干警在政策法律规定范围内用灵活方法处置可能发生的特殊问题。